; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc03G19360 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc03G19360
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionC3H1-type domain-containing protein
Genome locationClcChr03:31587898..31589195
RNA-Seq ExpressionClc03G19360
SyntenyClc03G19360
Gene Ontology termsGO:0005689 - U12-type spliceosomal complex (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR003604 - Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger
IPR013085 - U1-C, C2H2-type zinc finger
IPR036236 - Zinc finger C2H2 superfamily
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004135569.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 [Cucumis sativus]2.3e-6680.89Show/hide
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XP_008450521.1 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 3 [Cucumis melo]1.2e-6782.28Show/hide
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XP_022931617.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 [Cucurbita moschata]3.3e-6079.35Show/hide
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XP_022989487.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 isoform X1 [Cucurbita maxima]5.0e-6180Show/hide
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XP_038879279.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 [Benincasa hispida]7.2e-7689.74Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0M1B0 C3H1-type domain-containing protein1.1e-6680.89Show/hide
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A0A1S3BQ25 zinc finger CCCH domain-containing protein 36.0e-6882.28Show/hide
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A0A5D3CFN3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 36.0e-6882.28Show/hide
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A0A6J1EU59 zinc finger CCCH domain-containing protein 31.6e-6079.35Show/hide
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A0A6J1JFY8 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 isoform X12.4e-6180Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0JP11 Zinc finger CCCH domain-containing protein 34.7e-3849.43Show/hide
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                S P+A         PN      ADGSSF+G+++    G TSWGNLPPSL PPPEGGYPP PFVDWG
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Q2TA39 Zinc finger matrin-type protein 52.8e-1430.77Show/hide
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        +Y+CDYC++ FQD    RK+HL  L H KAK LW+D F    +   D  + R   C +FL TG C +G +C++ H +  +    S               
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        +A +PE         +   +   P +       ++    +G      LPPSL  PP GG+P  P V WG
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Q6AXL8 Zinc finger matrin-type protein 54.9e-1127.42Show/hide
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        +YYCDYC++ FQD    RK+HL  + H +AK  WFD+F    +     R +  C +F+ TG C +G SC++ H                      P+ + 
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Query:  TTHNS---------------TSHPIANIPENNQPPNIPVNPFADGSSFTGSLVSDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
        ++  S               TS  +  + E     NI + P+                  S  +LPPSL PPP GG+      +WG
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Q9CQR5 Zinc finger matrin-type protein 51.2e-1230.18Show/hide
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        +Y+CDYC++ FQD    RK+HL  L H KAK +W+D F    +   D  + R   C +FL TG C +G +C++ H +  +    S            P+ 
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Query:  -ANIPENN-------QPPNIPVNPFADGSSFTGSLVSDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
         A +PE +       +   +   P +       ++    +G      LPPSL  PP GG+  L  V WG
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Q9UDW3 Zinc finger matrin-type protein 56.5e-1141.33Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G26749.1 C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein5.4e-3750.97Show/hide
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        MP GKYYCDYCEK+FQDT  ARKRHLQS  H +AKALW+ S +    +   S    +G CNRF+T+ FC +GDSC+YFHPNNN  +   T++    +   
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        NQ           GS+     VS   G T W +LPPSL PPPE GYP LPF+DWG
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AT5G26749.2 C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein1.6e-3345.4Show/hide
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        NN  +   T++    +   NQ           GS+     VS   G T W +LPPSL PPPE GYP LPF+DWG
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CTGCGAGAAGCAATTCCAAGACACTCCTTTCGCTCGAAAACGCCATCTTCAAAGCCTTTCCCATCAGAAAGCCAAAGCTCTCTGGTTCGACTCCTTCAATCAACCTTTCT
CTGATTCCTTCCACTTCCGGCGGGGCTTTTGTAATCGGTTCCTCACTACGGGTTTCTGCCAGTACGGTGATTCTTGTAAATATTTTCACCCCAACAACAACAATACTACA
CACAACTCCACTTCTCACCCCATTGCAAATATTCCGGAAAATAATCAACCCCCAAATATTCCGGTGAATCCATTCGCAGACGGCAGCTCTTTCACTGGTAGTTTAGTTAG
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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HNSTSHPIANIPENNQPPNIPVNPFADGSSFTGSLVSDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG