; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc04G06490 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc04G06490
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionKH domain-containing protein
Genome locationClcChr04:19834167..19839839
RNA-Seq ExpressionClc04G06490
SyntenyClc04G06490
Gene Ontology termsGO:0048024 - regulation of mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
GO:0016740 - transferase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR004087 - K Homology domain
IPR004088 - K Homology domain, type 1
IPR032377 - STAR protein, homodimerisation region
IPR036612 - K Homology domain, type 1 superfamily
IPR045071 - KH domain-containing BBP-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004142668.1 KH domain-containing protein At2g38610 isoform X2 [Cucumis sativus]3.5e-15089.42Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0WLR1 KH domain-containing protein At4g264802.7e-7350.32Show/hide
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Q75GR5 KH domain-containing protein SPIN12.6e-10865.81Show/hide
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Q8GYR4 KH domain-containing protein At3g086205.4e-12272.61Show/hide
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        LNE LHILIEADLP +IVDI+LRQAQEIIEEL+KP                              VDES DYIKRQQLRELA+LNS+ RE SPGP GSVS
Subjt:  LNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPGGSVS

Query:  PFNSSGMKRAKTGR
        PFNS+ MKR KTGR
Subjt:  PFNSSGMKRAKTGR

Q9FKT4 KH domain-containing protein At5g561401.8e-7250Show/hide
Query:  YSTNFS--PARTASPH----IRTTPDV---DSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSS
        YS++ S  P+   SP+    +R+   V     +YLSELLAE  K  PF+ VLP   RLLNQEILRV+ ++ N        L H  PSP+AS  +  N + 
Subjt:  YSTNFS--PARTASPH----IRTTPDV---DSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSS

Query:  TGLSGW-NGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRP
          ++GW +  P E+ +  +PG   +W ++P S S L  KR +R++IPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE +T CRV IRG+GSIKDP KEE +RG+P
Subjt:  TGLSGW-NGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRP

Query:  GYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPG
        GYEHLNEPLHIL+EA+LP  IVD RL QA+EI+++LL P                              ++E+HD  K+QQLRELA+LN + REE     
Subjt:  GYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPG

Query:  GSVSPFNSSGMKRAKT
        GSVSP+NS GMKRAKT
Subjt:  GSVSPFNSSGMKRAKT

Q9ZVI3 KH domain-containing protein At2g386102.9e-12376.03Show/hide
Query:  MSGMY--STNFSPARTASPHIRTTPDVD-SQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSSTG
        MSG+Y  S+ FSPAR ASP IR+TP++D SQYL+ELLAEHQK  PFMQVLPIC RLLNQE+ RVSGMMSNQGF D DRLRHRSPSPMASSNLMSNVS+TG
Subjt:  MSGMY--STNFSPARTASPHIRTTPDVD-SQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSSTG

Query:  LSGWNGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRPGYE
        L GWNGL QE RLS  PGMTMDWQ AP SPSS TVKRILRLEIPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE TTGCRV+IRGKGSIKDP+KE+KLRGRPGYE
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Query:  HLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNS-SFREESPGP--G
        HLNE LHILIEADLPA+IV+IRLRQAQEIIEELLKP                              VDES D+IKRQQLRELA+LNS + REESPGP  G
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Query:  GSVSPFNSSGMKRAKTG
        GSVSPFNSSG KR KTG
Subjt:  GSVSPFNSSGMKRAKTG

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G38610.1 RNA-binding KH domain-containing protein2.0e-12476.03Show/hide
Query:  MSGMY--STNFSPARTASPHIRTTPDVD-SQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSSTG
        MSG+Y  S+ FSPAR ASP IR+TP++D SQYL+ELLAEHQK  PFMQVLPIC RLLNQE+ RVSGMMSNQGF D DRLRHRSPSPMASSNLMSNVS+TG
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Query:  LSGWNGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRPGYE
        L GWNGL QE RLS  PGMTMDWQ AP SPSS TVKRILRLEIPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE TTGCRV+IRGKGSIKDP+KE+KLRGRPGYE
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Query:  HLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNS-SFREESPGP--G
        HLNE LHILIEADLPA+IV+IRLRQAQEIIEELLKP                              VDES D+IKRQQLRELA+LNS + REESPGP  G
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Query:  GSVSPFNSSGMKRAKTG
        GSVSPFNSSG KR KTG
Subjt:  GSVSPFNSSGMKRAKTG

AT2G38610.2 RNA-binding KH domain-containing protein2.0e-12476.03Show/hide
Query:  MSGMY--STNFSPARTASPHIRTTPDVD-SQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSSTG
        MSG+Y  S+ FSPAR ASP IR+TP++D SQYL+ELLAEHQK  PFMQVLPIC RLLNQE+ RVSGMMSNQGF D DRLRHRSPSPMASSNLMSNVS+TG
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Query:  LSGWNGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRPGYE
        L GWNGL QE RLS  PGMTMDWQ AP SPSS TVKRILRLEIPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE TTGCRV+IRGKGSIKDP+KE+KLRGRPGYE
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Query:  HLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNS-SFREESPGP--G
        HLNE LHILIEADLPA+IV+IRLRQAQEIIEELLKP                              VDES D+IKRQQLRELA+LNS + REESPGP  G
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Query:  GSVSPFNSSGMKRAKTG
        GSVSPFNSSG KR KTG
Subjt:  GSVSPFNSSGMKRAKTG

AT3G08620.1 RNA-binding KH domain-containing protein3.8e-12372.61Show/hide
Query:  MSGMYS-TNFSPARTASPHIRT-TPDVDSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSSTGL
        MSG+Y+  NFSP+R ASP IRT + DVDSQY+S+LLAEHQK GPFMQVLPIC RLLNQEI R++GMM NQGF D DRLRHRSPSPMAS NLMSNVS  GL
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Query:  SGWNGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRPGYEH
         GWNGLP E R+    GM M+WQ APASPSS  VKRILRL++PVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE TTGCRVYIRGKGSIKDP+KEEKL+G+PGYEH
Subjt:  SGWNGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRPGYEH

Query:  LNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPGGSVS
        LNE LHILIEADLP +IVDI+LRQAQEIIEEL+KP                              VDES DYIKRQQLRELA+LNS+ RE SPGP GSVS
Subjt:  LNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPGGSVS

Query:  PFNSSGMKRAKTGR
        PFNS+ MKR KTGR
Subjt:  PFNSSGMKRAKTGR

AT4G26480.1 RNA-binding KH domain-containing protein1.9e-7450.32Show/hide
Query:  SGMYSTNFSPARTASPHIRTTPDVDSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSSTGLSGW
        S   S NFS    + P      +   +YLSELLAE  K  PF+ VLP   RL+NQEILRV+ ++ N     L + R   PSP+AS  +  N S   ++GW
Subjt:  SGMYSTNFSPARTASPHIRTTPDVDSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSSTGLSGW

Query:  -NGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRPGYEHLN
         +  P E+ +S +P    +W ++P S S L VKR +R++IPVD YPN+NFVGRLLGPRGNSLKRVE +T CRV IRG+GSIKDP KE+ +RG+PGYEHLN
Subjt:  -NGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRPGYEHLN

Query:  EPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPGGSVSPF
        EPLHIL+EA+LP  IVD RL QA+EI+++LL P                              V+E+HD+ K+QQLRELA+LN S REE     GS+SP+
Subjt:  EPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPGGSVSPF

Query:  NSSGMKRAKT
        NS GMKRAKT
Subjt:  NSSGMKRAKT

AT5G56140.1 RNA-binding KH domain-containing protein1.3e-7350Show/hide
Query:  YSTNFS--PARTASPH----IRTTPDV---DSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSS
        YS++ S  P+   SP+    +R+   V     +YLSELLAE  K  PF+ VLP   RLLNQEILRV+ ++ N        L H  PSP+AS  +  N + 
Subjt:  YSTNFS--PARTASPH----IRTTPDV---DSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSS

Query:  TGLSGW-NGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRP
          ++GW +  P E+ +  +PG   +W ++P S S L  KR +R++IPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE +T CRV IRG+GSIKDP KEE +RG+P
Subjt:  TGLSGW-NGLPQEQRLSRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRP

Query:  GYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPG
        GYEHLNEPLHIL+EA+LP  IVD RL QA+EI+++LL P                              ++E+HD  K+QQLRELA+LN + REE     
Subjt:  GYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPG

Query:  GSVSPFNSSGMKRAKT
        GSVSP+NS GMKRAKT
Subjt:  GSVSPFNSSGMKRAKT


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTGGTATGTACAGTACCAACTTCTCCCCTGCAAGAACTGCTTCTCCTCACATCAGAACTACTCCCGATGTCGACAGTCAGTACTTGTCGGAGTTATTAGCGGAGCA
TCAGAAGTTCGGCCCCTTCATGCAAGTTCTTCCGATCTGCGGCCGACTTTTGAATCAAGAAATATTGCGGGTTTCTGGAATGATGTCCAACCAGGGTTTTTGCGACCTTG
ATAGGCTTCGGCATAGAAGTCCTAGTCCAATGGCTTCTTCAAACCTTATGTCTAATGTTAGTAGTACAGGTTTGAGTGGCTGGAATGGTCTTCCTCAGGAGCAGAGATTA
AGTAGAGCTCCTGGGATGACAATGGACTGGCAAAGTGCACCTGCAAGTCCTAGTTCACTCACCGTAAAGAGGATTCTACGTTTGGAAATACCCGTGGATACATACCCCAA
TTTCAATTTCGTAGGGAGGCTTTTGGGACCTCGTGGCAATTCCTTGAAACGGGTGGAAGTTACTACAGGTTGTCGTGTATACATTCGAGGGAAAGGGTCGATAAAGGATC
CGGACAAGGAAGAGAAATTACGGGGACGACCTGGCTATGAGCACTTGAACGAACCACTGCACATCTTGATTGAGGCAGACTTACCAGCCAATATTGTTGATATACGTCTC
AGACAGGCACAAGAAATTATTGAAGAACTGCTCAAACCGGTGGCTGATCATCAACCTCTCATGGATTTCTTGCATTCCTCATCCTTTGATGCATTTGATTCGGATTTTCC
CTTTTTCCTTTTCCAGAACGTGGATGAAAGTCATGATTACATTAAAAGGCAGCAGCTACGCGAACTTGCGATGCTAAATTCGAGTTTCAGAGAAGAGAGTCCAGGACCTG
GTGGTAGCGTCTCTCCTTTCAACTCAAGTGGAATGAAACGTGCCAAAACAGGTCGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GACGACCATTTACAATCATAGATTTTCCTCATTTCAGCTGCCTTCCACCCTTTTACTCCTTAGCTCCGCCTCCGCCTCCCTCGTCGGAGCTGTCCTTATCCACCGTCTTC
TCGGCCACATCGTTGCCTTAATCTTCCAAAACCCTACTTCCACTTTCCAATCCTCCAATCCTCAGAACATCCATTTCTGCTCATAGTTCAATAGCTCACAGCCATGTCTG
GTATGTACAGTACCAACTTCTCCCCTGCAAGAACTGCTTCTCCTCACATCAGAACTACTCCCGATGTCGACAGTCAGTACTTGTCGGAGTTATTAGCGGAGCATCAGAAG
TTCGGCCCCTTCATGCAAGTTCTTCCGATCTGCGGCCGACTTTTGAATCAAGAAATATTGCGGGTTTCTGGAATGATGTCCAACCAGGGTTTTTGCGACCTTGATAGGCT
TCGGCATAGAAGTCCTAGTCCAATGGCTTCTTCAAACCTTATGTCTAATGTTAGTAGTACAGGTTTGAGTGGCTGGAATGGTCTTCCTCAGGAGCAGAGATTAAGTAGAG
CTCCTGGGATGACAATGGACTGGCAAAGTGCACCTGCAAGTCCTAGTTCACTCACCGTAAAGAGGATTCTACGTTTGGAAATACCCGTGGATACATACCCCAATTTCAAT
TTCGTAGGGAGGCTTTTGGGACCTCGTGGCAATTCCTTGAAACGGGTGGAAGTTACTACAGGTTGTCGTGTATACATTCGAGGGAAAGGGTCGATAAAGGATCCGGACAA
GGAAGAGAAATTACGGGGACGACCTGGCTATGAGCACTTGAACGAACCACTGCACATCTTGATTGAGGCAGACTTACCAGCCAATATTGTTGATATACGTCTCAGACAGG
CACAAGAAATTATTGAAGAACTGCTCAAACCGGTGGCTGATCATCAACCTCTCATGGATTTCTTGCATTCCTCATCCTTTGATGCATTTGATTCGGATTTTCCCTTTTTC
CTTTTCCAGAACGTGGATGAAAGTCATGATTACATTAAAAGGCAGCAGCTACGCGAACTTGCGATGCTAAATTCGAGTTTCAGAGAAGAGAGTCCAGGACCTGGTGGTAG
CGTCTCTCCTTTCAACTCAAGTGGAATGAAACGTGCCAAAACAGGTCGTTGAGCGCTCATATCATTCCGTACCCTAAACAATTTCTACCCCAGTCCAGATTTCGGTCACT
TATATAACATGATGTGAATCATGACCGACCGTGTGACATAGCTACGAGAAAAGGGAGGCTAACTTAAGTTCCAGGCGAGCCTTCTTACTTACTGGCTTTTTCTCTGTGTT
CCCTTTAGTATTCTTGACAGAAAGACTGGAAAAAGGTTTTAAAAAGGAAAAAAAAACAGAGGGTGAAAAGGGGAAAAATTTGTTAGTATTAGTAGGGATGGGTTTTCATG
TTGAGTGTAGGTTTGAATAGGTCAGTTTTCCAACAAAGTTAATATATTCATTGGATTTATTCTTGTGTTAGTGACTTCTGAGGAGTGTGTAGTTTTACATTATTGATGCA
AAAACATTAGGAAGTGATGATGTAATACTATTTGATATTTGTTAGGTGTTGTATGCAATGTCAATGTCAATTATATTTTTGGACTAAGACCAGTGCA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSGMYSTNFSPARTASPHIRTTPDVDSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICGRLLNQEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLMSNVSSTGLSGWNGLPQEQRL
SRAPGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRPGYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRL
RQAQEIIEELLKPVADHQPLMDFLHSSSFDAFDSDFPFFLFQNVDESHDYIKRQQLRELAMLNSSFREESPGPGGSVSPFNSSGMKRAKTGR