; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc05G04850 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc05G04850
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Description28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic
Genome locationClcChr05:3525448..3530287
RNA-Seq ExpressionClc05G04850
SyntenyClc05G04850
Gene Ontology termsGO:1901259 - chloroplast rRNA processing (biological process)
GO:0009507 - chloroplast (cellular component)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0049207.1 putative G3BP-like protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-12586.22Show/hide
Query:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS
        AAAAATGASFFTT +RGSRSKHW SDSLL+TPSTQVLPILSRSL IES PLRA SERWRPVL ISAAVVQGE AVT GVEEGVEEET       AV+GGS
Subjt:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS

Query:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
        PVESGSTKLYFGNLPYSVDS+QLAAIVQD+GVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
Subjt:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL

Query:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQGDF
        FVGNLSWSVTSE LTQAFQEYGNV+GARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEV   G        +  Q Q D+
Subjt:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQGDF

XP_004134038.1 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic [Cucumis sativus]1.1e-13188.97Show/hide
Query:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS
        AAAAATGASFF T +RGSRSKHWLSDSLL+TPSTQVLPILSRSLAIES  LRA SE+WRPV+ ISAAVVQGE AVT GVEEGVEEET        V+GGS
Subjt:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS

Query:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
        PVESGSTKLYFGNLPYSVDS+QLAAIVQDYG+AELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDG+AYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
Subjt:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL

Query:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG
        FVGNLSWSVTSE LTQAFQEYGNV+GARVIY+GETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALE +NE+ELEGRVIRVSLAEGKQA G
Subjt:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG

XP_016898952.1 PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: putative G3BP-like protein [Cucumis melo]1.0e-12991.51Show/hide
Query:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS
        AAAAATGASFFTT +RGSRSKHW SDSLL+TPSTQVLPILSRSL IES PLRA SERWRPVL ISAAVVQGE AV  GVEEGVEEET       AV+GGS
Subjt:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS

Query:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
        PVESGSTKLYFGNLPYSVDS+QLAAIVQD+GVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
Subjt:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL

Query:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV
        FVGNLSWSVTSE LTQAFQEYGNV+GARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV
Subjt:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV

XP_022157973.1 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic [Momordica charantia]3.0e-12685.61Show/hide
Query:  MAAAAATGASFFTT---LIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAV
        MAAAAAT  S FT      +G RSKHWLSDSLL+ PSTQ+LP+LSR LA+ESA LRAFSE+WRPVL ISAAVVQGE AVTA  EEGV E   EKGGGEAV
Subjt:  MAAAAATGASFFTT---LIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAV

Query:  DGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPET
         GGSPVE+GSTKLYFGNLPYSVDS+QLA IVQ++GV ELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCN+VIENLDG+AYMGR+LRVNFSDKPKPKEPLYPET
Subjt:  DGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPET

Query:  EYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG
        EYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNV+GARVIYNGETG+SRGYGFVSYSTK EME ALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG
Subjt:  EYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG

XP_022979333.1 putative G3BP-like protein [Cucurbita maxima]2.6e-12587.73Show/hide
Query:  AAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPV
        AAATG SFFTT IRGSRSKHWLSDS L+TPSTQVLPILSR LA++SAPLRAFSERWRP   ISAA VQGEAA+T G EEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPV
Subjt:  AAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPV

Query:  ESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFV
        ESGSTKLYFGNLPYSVDS QLAAIVQDYGVAELIEVLYDR+TGKSRGFAFVTM+SIEDCNKVIENL+G  YMGRILRVNFSDKPKPKE L+PETEYKLFV
Subjt:  ESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFV

Query:  GNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV
         NL+WSVTSESLTQAFQEYGNV+GARVIYNGETG+SRGYGFVSYSTKSEMETAL ALN+   EGRV+ V
Subjt:  GNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L496 Uncharacterized protein5.2e-13288.97Show/hide
Query:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS
        AAAAATGASFF T +RGSRSKHWLSDSLL+TPSTQVLPILSRSLAIES  LRA SE+WRPV+ ISAAVVQGE AVT GVEEGVEEET        V+GGS
Subjt:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS

Query:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
        PVESGSTKLYFGNLPYSVDS+QLAAIVQDYG+AELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDG+AYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
Subjt:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL

Query:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG
        FVGNLSWSVTSE LTQAFQEYGNV+GARVIY+GETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALE +NE+ELEGRVIRVSLAEGKQA G
Subjt:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG

A0A1S4DSH7 LOW QUALITY PROTEIN: putative G3BP-like protein4.9e-13091.51Show/hide
Query:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS
        AAAAATGASFFTT +RGSRSKHW SDSLL+TPSTQVLPILSRSL IES PLRA SERWRPVL ISAAVVQGE AV  GVEEGVEEET       AV+GGS
Subjt:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS

Query:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
        PVESGSTKLYFGNLPYSVDS+QLAAIVQD+GVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
Subjt:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL

Query:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV
        FVGNLSWSVTSE LTQAFQEYGNV+GARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV
Subjt:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV

A0A5D3CZH4 Putative G3BP-like protein5.6e-12686.22Show/hide
Query:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS
        AAAAATGASFFTT +RGSRSKHW SDSLL+TPSTQVLPILSRSL IES PLRA SERWRPVL ISAAVVQGE AVT GVEEGVEEET       AV+GGS
Subjt:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS

Query:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
        PVESGSTKLYFGNLPYSVDS+QLAAIVQD+GVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL
Subjt:  PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKL

Query:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQGDF
        FVGNLSWSVTSE LTQAFQEYGNV+GARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEV   G        +  Q Q D+
Subjt:  FVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQGDF

A0A6J1DUT6 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic1.5e-12685.61Show/hide
Query:  MAAAAATGASFFTT---LIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAV
        MAAAAAT  S FT      +G RSKHWLSDSLL+ PSTQ+LP+LSR LA+ESA LRAFSE+WRPVL ISAAVVQGE AVTA  EEGV E   EKGGGEAV
Subjt:  MAAAAATGASFFTT---LIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAV

Query:  DGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPET
         GGSPVE+GSTKLYFGNLPYSVDS+QLA IVQ++GV ELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCN+VIENLDG+AYMGR+LRVNFSDKPKPKEPLYPET
Subjt:  DGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPET

Query:  EYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG
        EYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNV+GARVIYNGETG+SRGYGFVSYSTK EME ALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG
Subjt:  EYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG

A0A6J1IVW4 putative G3BP-like protein1.2e-12587.73Show/hide
Query:  AAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPV
        AAATG SFFTT IRGSRSKHWLSDS L+TPSTQVLPILSR LA++SAPLRAFSERWRP   ISAA VQGEAA+T G EEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPV
Subjt:  AAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPV

Query:  ESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFV
        ESGSTKLYFGNLPYSVDS QLAAIVQDYGVAELIEVLYDR+TGKSRGFAFVTM+SIEDCNKVIENL+G  YMGRILRVNFSDKPKPKE L+PETEYKLFV
Subjt:  ESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFV

Query:  GNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV
         NL+WSVTSESLTQAFQEYGNV+GARVIYNGETG+SRGYGFVSYSTKSEMETAL ALN+   EGRV+ V
Subjt:  GNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRV

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P19683 31 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic6.1e-3739.44Show/hide
Query:  EEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPVES-----GSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYM
        EEG  E   + G  + V+     E         KL+ GNLPY VDS  LA + +  GV E+ EV+Y+R+T +SRGF FVTMS++E+  K +E  +     
Subjt:  EEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPVES-----GSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYM

Query:  GRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIR
        GR+L VN +    ++P+ + P   E  Y+++VGN+ W +    L Q F E+G V+ ARV+Y+ ETG+SRG+GFV+ ++++EM  A+  L+   L+GR IR
Subjt:  GRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIR

Query:  VSLAEGKQAQGDF
        V++AE +  +  F
Subjt:  VSLAEGKQAQGDF

P19684 33 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic4.7e-3735.31Show/hide
Query:  AAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRA---FSERWRPVLFIS--AAVVQG----------EAAVTAGVEEGVEEE
        AA A+ +S     +   + K  +    LST +T        +  I S  L+A    S  +R  +F+S  A+V  G          E A++A  EE +EE+
Subjt:  AAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRA---FSERWRPVLFIS--AAVVQG----------EAAVTAGVEEGVEEE

Query:  TAEKGGGEAVDGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKP
          E+   E+V+GG        +LY GNLP+S+ S+QL+ I  + G    +E++YDR T +SRGFAFVTM S+E+  + I   DG+   GR ++VNF + P
Subjt:  TAEKGGGEAVDGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKP

Query:  KPKE------------PLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLA
        +  E              + ++ +KL+V NLSW++TS+ L  AF +    + A+VIY+  +G+SRG+GF+++S+   M +AL+ +NEVELEGR +R+++A
Subjt:  KPKE------------PLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLA

Query:  EGK
          K
Subjt:  EGK

P28644 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic2.5e-3843.46Show/hide
Query:  AVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS-PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVI
        AV++GE+     V  G E + +++GG E   G S P E    KL+ GNLPY VDS +LA I    GV E+ EV+Y+R T +SRGF FVTMS++E+  K +
Subjt:  AVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGS-PVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVI

Query:  ENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEY----KLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNE
        E L+G    GR L VN    P+      P  ++    +++VGNL W V +  L Q F E+G V+ ARV+ + ETG+SRG+GFV+ S++SE+  A+ AL+ 
Subjt:  ENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEY----KLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNE

Query:  VELEGRVIRVSLAE
          L+GR +RV++AE
Subjt:  VELEGRVIRVSLAE

Q08935 29 kDa ribonucleoprotein A, chloroplastic8.8e-3640.59Show/hide
Query:  DGGSPVE-----SGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEP
        DG   VE     S   K++ GNLP+S DSA LA + +  G  E++EV+YD+ TG+SRGF FVTMSS E+     +  +G    GR LRVN    P+ +E 
Subjt:  DGGSPVE-----SGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEP

Query:  L----------YPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG
                     ++  +++VGNL+W V  ++L   F E G V+ A+V+Y+ ++G+SRG+GFV+YS+  E+  A+E+L+ V+L GR IRVS AE +  + 
Subjt:  L----------YPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG

Query:  DF
         F
Subjt:  DF

Q9FGS0 RNA-binding protein CP31B, chloroplastic2.3e-3637.22Show/hide
Query:  SRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAF---SERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDG-GSPVESGSTKLYFGN
        S   H  + SL S P    L + S++L   S+P+  F   +  W       A   +GE     G    V+E        E+ DG G P      KL+ GN
Subjt:  SRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAF---SERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDG-GSPVESGSTKLYFGN

Query:  LPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSV
        LPY VDS  LA + +  G  E+ EV+Y+R+T +SRGF FVTMS++E+  K +E  +     GR L VN +     +P+ ++P   +  ++++VGNL W V
Subjt:  LPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSV

Query:  TSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAE
         S  L + F E+G V+ ARV+ + ETG+SRG+GFV  S ++E+  A+ AL+   LEGR I+V++AE
Subjt:  TSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G60000.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein6.0e-7261.09Show/hide
Query:  RPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSI
        +P+L  S +  +    ++  +   +EEE  + G    +D   P  + +TKLYFGNLPY+VDSA LA I+QD+   EL+EVLY+R+TG+SRGFAFVTMS++
Subjt:  RPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSI

Query:  EDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKP-KEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALE
        EDCN +I+NLDGT Y+GR L+VNF+DKPKP KEPLYPETE+KLFVGNLSW+VTSESL  AF+E G+V+GARV+++G+TG+SRGYGFV YS+K+EMETALE
Subjt:  EDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKP-KEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALE

Query:  ALNEVELEGRVIRVSLAEGKQ
        +L+  ELEGR IRV+LA+GK+
Subjt:  ALNEVELEGRVIRVSLAEGKQ

AT2G37220.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.2e-3537.96Show/hide
Query:  EEETAEKGGGEAVDGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS
        E E  E G  +         S   KL+ GNLP++VDSAQLA + +  G  E++EV+YD+ TG+SRGF FVTMSS+ +     +  +G    GR LRVN  
Subjt:  EEETAEKGGGEAVDGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS

Query:  DKPKPKEPLY---PETEY-------------------KLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNE
          P  +E  +   P + +                   +++VGNLSW V   +L   F E G V+ ARVIY+ ++G+S+G+GFV+Y +  E++ A+++L+ 
Subjt:  DKPKPKEPLY---PETEY-------------------KLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNE

Query:  VELEGRVIRVSLAEGK
         +L+GR IRVS AE +
Subjt:  VELEGRVIRVSLAEGK

AT3G52380.1 chloroplast RNA-binding protein 331.3e-3434.19Show/hide
Query:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEA--AVTAGVEEGVEEETAEKG--GGEAV
        AAA A+ A+ F  L+    S H  S+S L    T   P   + +A    PL   S   R   F +A      A   + A VEE  EEE  E+G  G E V
Subjt:  AAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEA--AVTAGVEEGVEEETAEKG--GGEAV

Query:  DGGSPVESGS---TKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKE---
        +        S    +LY GNLPY++ S++L+ I  + G    ++++YD+ T +SRGF FVTM SIE+  + ++  + +   GR ++VNF + P+  E   
Subjt:  DGGSPVESGS---TKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKE---

Query:  ---------PLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG
                   Y ++ +K++ GNL W++TS+ L  AF +   V+GA+VIY   TG+SRG+GF+S+ +   +++AL  +N VE+EGR +R++LA  ++   
Subjt:  ---------PLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQG

Query:  DFSP--QKGEKEK
           P  ++GE E+
Subjt:  DFSP--QKGEKEK

AT4G24770.1 31-kDa RNA binding protein2.0e-3540.48Show/hide
Query:  QGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLD
        +G+A+    V EG E E     G  +     P  S   KL+ GNL Y V+S  LA + +  G  E+ EV+Y+R T +SRGF FVTMSS+++    +E  +
Subjt:  QGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPVESGSTKLYFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLD

Query:  GTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELE
             GR+L VN +     +P+ + P   E  ++++VGNL W V +  L Q F E+G V+ ARV+Y+ ETG+SRG+GFV+ S   E+  A+ AL+   LE
Subjt:  GTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELE

Query:  GRVIRVSLAE
        GR IRV++AE
Subjt:  GRVIRVSLAE

AT5G50250.1 chloroplast RNA-binding protein 31B1.6e-3737.22Show/hide
Query:  SRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAF---SERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDG-GSPVESGSTKLYFGN
        S   H  + SL S P    L + S++L   S+P+  F   +  W       A   +GE     G    V+E        E+ DG G P      KL+ GN
Subjt:  SRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAF---SERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDG-GSPVESGSTKLYFGN

Query:  LPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSV
        LPY VDS  LA + +  G  E+ EV+Y+R+T +SRGF FVTMS++E+  K +E  +     GR L VN +     +P+ ++P   +  ++++VGNL W V
Subjt:  LPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSV

Query:  TSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAE
         S  L + F E+G V+ ARV+ + ETG+SRG+GFV  S ++E+  A+ AL+   LEGR I+V++AE
Subjt:  TSESLTQAFQEYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCCGCCGCCGCCGCCACCGGAGCCTCATTCTTCACCACTCTCATAAGGGGTTCACGGTCCAAGCACTGGCTCTCTGATTCTCTCCTCTCAACACCATCCACCCAAGT
TTTGCCCATATTGTCCCGCTCTCTGGCCATTGAATCGGCTCCGCTCAGAGCTTTCTCGGAGAGGTGGCGGCCGGTTCTGTTCATATCTGCCGCCGTTGTGCAAGGAGAGG
CGGCTGTGACGGCAGGGGTTGAAGAGGGAGTGGAGGAGGAGACGGCAGAGAAGGGAGGAGGGGAGGCGGTGGATGGTGGTTCTCCAGTGGAGTCCGGGAGTACTAAGCTG
TATTTTGGGAATTTGCCTTACAGTGTTGATAGTGCCCAGCTCGCCGCTATTGTCCAGGATTATGGTGTCGCGGAGCTTATCGAGGTTCTGTATGACAGGAATACTGGAAA
AAGTAGAGGATTCGCATTTGTAACCATGAGCAGTATTGAAGATTGCAATAAAGTCATTGAAAATCTGGATGGAACTGCTTACATGGGAAGAATTTTGAGGGTTAATTTCT
CAGACAAACCCAAGCCCAAGGAACCTTTATATCCAGAAACTGAGTATAAACTTTTTGTCGGAAACTTATCCTGGTCAGTAACATCTGAAAGTTTGACACAAGCATTTCAA
GAATATGGAAATGTGATAGGAGCAAGGGTTATTTATAACGGGGAGACTGGAAAGTCACGTGGTTATGGCTTTGTTTCTTATTCAACAAAATCAGAGATGGAAACAGCTCT
TGAAGCTCTTAATGAAGTGGAACTTGAAGGCAGGGTAATACGTGTAAGCTTGGCTGAAGGAAAGCAGGCACAGGGGGATTTCTCACCTCAAAAGGGAGAAAAGGAAAAGT
TTGGCTGCAGGGCAGTAGTAGGCACTGATGAGCTGGCGGAGAAGAAGACTATTCCCCTTGCAAATTTATCCCTACCTCTCTCTCCCGCTTTATCTCTTAAACCCTTCTTC
TCTTTCTCTCTCTACAACCTACCCTCACTTTCTTACGCCCCTCCCTTTCTCTCTCTAAATCTTGATCTAAGATTTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCCGCCGCCGCCGCCACCGGAGCCTCATTCTTCACCACTCTCATAAGGGGTTCACGGTCCAAGCACTGGCTCTCTGATTCTCTCCTCTCAACACCATCCACCCAAGT
TTTGCCCATATTGTCCCGCTCTCTGGCCATTGAATCGGCTCCGCTCAGAGCTTTCTCGGAGAGGTGGCGGCCGGTTCTGTTCATATCTGCCGCCGTTGTGCAAGGAGAGG
CGGCTGTGACGGCAGGGGTTGAAGAGGGAGTGGAGGAGGAGACGGCAGAGAAGGGAGGAGGGGAGGCGGTGGATGGTGGTTCTCCAGTGGAGTCCGGGAGTACTAAGCTG
TATTTTGGGAATTTGCCTTACAGTGTTGATAGTGCCCAGCTCGCCGCTATTGTCCAGGATTATGGTGTCGCGGAGCTTATCGAGGTTCTGTATGACAGGAATACTGGAAA
AAGTAGAGGATTCGCATTTGTAACCATGAGCAGTATTGAAGATTGCAATAAAGTCATTGAAAATCTGGATGGAACTGCTTACATGGGAAGAATTTTGAGGGTTAATTTCT
CAGACAAACCCAAGCCCAAGGAACCTTTATATCCAGAAACTGAGTATAAACTTTTTGTCGGAAACTTATCCTGGTCAGTAACATCTGAAAGTTTGACACAAGCATTTCAA
GAATATGGAAATGTGATAGGAGCAAGGGTTATTTATAACGGGGAGACTGGAAAGTCACGTGGTTATGGCTTTGTTTCTTATTCAACAAAATCAGAGATGGAAACAGCTCT
TGAAGCTCTTAATGAAGTGGAACTTGAAGGCAGGGTAATACGTGTAAGCTTGGCTGAAGGAAAGCAGGCACAGGGGGATTTCTCACCTCAAAAGGGAGAAAAGGAAAAGT
TTGGCTGCAGGGCAGTAGTAGGCACTGATGAGCTGGCGGAGAAGAAGACTATTCCCCTTGCAAATTTATCCCTACCTCTCTCTCCCGCTTTATCTCTTAAACCCTTCTTC
TCTTTCTCTCTCTACAACCTACCCTCACTTTCTTACGCCCCTCCCTTTCTCTCTCTAAATCTTGATCTAAGATTTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAAAATGASFFTTLIRGSRSKHWLSDSLLSTPSTQVLPILSRSLAIESAPLRAFSERWRPVLFISAAVVQGEAAVTAGVEEGVEEETAEKGGGEAVDGGSPVESGSTKL
YFGNLPYSVDSAQLAAIVQDYGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSIEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLTQAFQ
EYGNVIGARVIYNGETGKSRGYGFVSYSTKSEMETALEALNEVELEGRVIRVSLAEGKQAQGDFSPQKGEKEKFGCRAVVGTDELAEKKTIPLANLSLPLSPALSLKPFF
SFSLYNLPSLSYAPPFLSLNLDLRF