; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc05G08000 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc05G08000
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionleucine-rich repeat extensin-like protein 6
Genome locationClcChr05:6037404..6038061
RNA-Seq ExpressionClc05G08000
SyntenyClc05G08000
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0049526.1 Nutrient reservoir [Cucumis melo var. makuwa]2.8e-6788.05Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYS-PPPPAQPTYT
        ME  ISL+I ISL  +LL   P  SSLPV   R SAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPP+SGTY YYS PPPPAQPTYT
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYS-PPPPAQPTYT

Query:  YSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
        YSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
Subjt:  YSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS

KAG6582188.1 hypothetical protein SDJN03_22190, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.1e-6786.71Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY
        METAISLK F+SL AVLLSFP GFSSL  ADRR  AGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPP +NCPPPPSPPSSGTYYY  PPPP+QPTYTY
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY

Query:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
        SSPPPP G  GP GYYQPPPY+NYPAPPPPNPIVPYFPFY+HTPPPGS+AA GRLTNS
Subjt:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS

XP_022955565.1 leucine-rich repeat extensin-like protein 6 [Cucurbita moschata]1.9e-6887.97Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY
        METAISLK FISL AVLLSFP GFSSLP ADRR  AGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPP +NCPPPPSPPSSGTYYY  PPPP+QPTYTY
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY

Query:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
        SSPPPP G  GP GYYQPPPY+NYPAPPPPNPIVPYFPFY+HTPPPGS+AA GRLTNS
Subjt:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS

XP_023526139.1 leucine-rich repeat extensin-like protein 6 [Cucurbita pepo subsp. pepo]9.6e-6887.34Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY
        METAISLK+FISL AVLLSFP GFSSLP ADRR  AGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPP +NCPPPPSPPSSGTYYY  PPPP+QPTYTY
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY

Query:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
        SS PPP G  GP GYYQPPPY+NYPAPPPPNPIVPYFPFY+HTPPPGS+AA GRLTNS
Subjt:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS

XP_038906774.1 leucine-rich repeat extensin-like protein 6 [Benincasa hispida]9.3e-7191.77Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY
        METAISL+ FISL AVLL FP GFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPP    PPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPP QPTYTY
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY

Query:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
        SSPPPPRGI G GGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVG LTNS
Subjt:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LAN7 Nutrient reservoir1.4e-6786.71Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY
        MET I L+  ISL A+LL FP G SSLPV   R SAGAKYQIECTMCSACDNPC QYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTY YYSPPPPAQP+YTY
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY

Query:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
        SSPPPP GIIGPGGYYQPPPY+NYPAPPPPNPIVPYFPF+YHTPPPGSSAAV RLTNS
Subjt:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS

A0A5A7U5R9 Nutrient reservoir1.4e-6788.05Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYS-PPPPAQPTYT
        ME  ISL+I ISL  +LL   P  SSLPV   R SAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPP+SGTY YYS PPPPAQPTYT
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYS-PPPPAQPTYT

Query:  YSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
        YSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
Subjt:  YSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS

A0A6J1C7N8 leucine-rich repeat extensin-like protein 31.3e-6285.06Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGA---KYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPT
        ME    L+  + LAAVLL FP    SLP  DRR SAGA   KYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPT
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGA---KYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPT

Query:  YTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAA
        YTYSSPPPPRGII  GGYYQPPPY+NYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAA
Subjt:  YTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAA

A0A6J1GVF6 leucine-rich repeat extensin-like protein 69.4e-6987.97Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY
        METAISLK FISL AVLLSFP GFSSLP ADRR  AGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPP +NCPPPPSPPSSGTYYY  PPPP+QPTYTY
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY

Query:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
        SSPPPP G  GP GYYQPPPY+NYPAPPPPNPIVPYFPFY+HTPPPGS+AA GRLTNS
Subjt:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS

A0A6J1IXZ9 leucine-rich repeat extensin-like protein 63.0e-6786.71Show/hide
Query:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY
        METAISLK FISL AVLLSF  GFSSLP ADRR  AGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPP ++CPPPPSPPSSGTYYY  PPPP+QPTYTY
Subjt:  METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTY

Query:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS
        SSPPPP G  GP GYYQPPPY+NYPAPPPPNPIVPYFPFY+HTPPPGS+AA GRLTNS
Subjt:  SSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
O65375 Leucine-rich repeat extensin-like protein 13.5e-0443.48Show/hide
Query:  YLSPPPPPPSPPPPV--NCPPPP---------SPPSSGTYYY----YSPPPPAQPTY--TYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNY------PAPPPPNPI
        Y SPPPPPPSPPPP   + PPPP         SPP     YY     SPPPP+   Y    +SPPPP  +  P   Y PPP +        P+PPPP+P+
Subjt:  YLSPPPPPPSPPPPV--NCPPPP---------SPPSSGTYYY----YSPPPPAQPTY--TYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNY------PAPPPPNPI

Query:  VPYFPFYYHTPPPGS
          Y+P    +PPP S
Subjt:  VPYFPFYYHTPPPGS

P06599 Extensin5.4e-0543.75Show/hide
Query:  YLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQ------PTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPP
        Y SPPPP  SPPPP + PPPP       Y+Y SPPPP        P Y Y SPPPP     P  +++ PP   + +PPPP P+     + Y +PPP
Subjt:  YLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQ------PTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPP

Q9LUI1 Leucine-rich repeat extensin-like protein 64.9e-0645.87Show/hide
Query:  AKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYF
        + Y I+C     C  P     SPPPPPP PPPP   PPPP PP         PPPP  P Y Y SPPPP     P  Y  PPP   Y  PPPP+P     
Subjt:  AKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYF

Query:  PFYYHTPPP
        P+ Y  PPP
Subjt:  PFYYHTPPP

Q9T0K5 Leucine-rich repeat extensin-like protein 31.1e-0546.15Show/hide
Query:  PCGQYLSPP----PPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYP------APPPPNPIVPYFPFYYH
        P   + +PP    PPPPSPPPPV  PPPP PP    Y    PPPP  P   YS PPPP     P   Y PPP +  P      +PPPP P  P  P Y  
Subjt:  PCGQYLSPP----PPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYP------APPPPNPIVPYFPFYYH

Query:  TPPP
         PPP
Subjt:  TPPP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G06750.1 hydroxyproline-rich glycoprotein family protein5.5e-2158.12Show/hide
Query:  IECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYY
        + CTMCS+CDNPC    +P P   SPP     PPPPS    G  YYYSPPPP+         PPP G  G GGYY PP Y NY  PPPPNPIVPYFPFYY
Subjt:  IECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYY

Query:  HTPPPGSSAAVGRLTNS
        HTPP G S +  RL NS
Subjt:  HTPPPGSSAAVGRLTNS

AT3G22800.1 Leucine-rich repeat (LRR) family protein3.5e-0745.87Show/hide
Query:  AKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYF
        + Y I+C     C  P     SPPPPPP PPPP   PPPP PP         PPPP  P Y Y SPPPP     P  Y  PPP   Y  PPPP+P     
Subjt:  AKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYF

Query:  PFYYHTPPP
        P+ Y  PPP
Subjt:  PFYYHTPPP

AT4G13340.1 Leucine-rich repeat (LRR) family protein7.8e-0746.15Show/hide
Query:  PCGQYLSPP----PPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYP------APPPPNPIVPYFPFYYH
        P   + +PP    PPPPSPPPPV  PPPP PP    Y    PPPP  P   YS PPPP     P   Y PPP +  P      +PPPP P  P  P Y  
Subjt:  PCGQYLSPP----PPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYNNYP------APPPPNPIVPYFPFYYH

Query:  TPPP
         PPP
Subjt:  TPPP

AT4G16140.1 proline-rich family protein3.2e-2157.89Show/hide
Query:  ECTMCSACDNPCGQYLSPPPPP--PSPPPP----VNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYN--NYPAPPPPNPIV
        +CTMC++CDNPC    SPPPPP  PSPPPP      CPPPPS    G YYYY   PPA  + +Y  PP        GGYY PPP +  NYP  PPPNPIV
Subjt:  ECTMCSACDNPCGQYLSPPPPP--PSPPPP----VNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYN--NYPAPPPPNPIV

Query:  PYFPFYYHTPPPGS
        PYFPFYY+ PPP S
Subjt:  PYFPFYYHTPPPGS

AT5G49280.1 hydroxyproline-rich glycoprotein family protein3.3e-2664.66Show/hide
Query:  IECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPP----VNCPPPPSPPSS--GTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYN-NYPAPPPPNPIV
        + CTMCS+CDNPC    S  PPPPSPPPP      CPPPPSPPSS  G+ YYY  PPP+Q       PPP  G  G  GYY PPPY+ NYP PPPPNPIV
Subjt:  IECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPP----VNCPPPPSPPSS--GTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGIIGPGGYYQPPPYN-NYPAPPPPNPIV

Query:  PYFPFYYHTPPPGSSA
        PYFPFYYHTPPPGS +
Subjt:  PYFPFYYHTPPPGSSA


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAAACCGCCATTTCTCTCAAAATTTTCATCTCTCTCGCGGCGGTTCTCCTCAGTTTTCCACCAGGATTTTCATCCCTCCCGGTGGCCGACCGGCGGATCTCCGCCGG
CGCAAAGTACCAAATTGAATGCACAATGTGCTCTGCTTGTGACAATCCCTGTGGCCAGTATCTCTCTCCGCCCCCTCCTCCGCCGTCTCCTCCTCCGCCCGTCAACTGCC
CGCCGCCGCCTTCTCCCCCCAGTTCCGGCACTTACTACTATTATTCTCCGCCCCCTCCAGCCCAACCCACCTACACTTACTCCTCCCCACCGCCGCCGCGTGGAATCATC
GGACCCGGCGGATACTACCAACCCCCGCCGTACAATAATTACCCAGCCCCCCCGCCGCCGAACCCGATTGTCCCATATTTCCCATTTTATTACCACACTCCACCGCCTGG
CTCCTCTGCTGCCGTCGGCCGTTTGACGAACTCATCTGGGAAATTGATGGAGCAAAATGCGAGGGAGAAATCGAAAAAGAAAAAGGGTTTCGATCTTCGAAGAAGACGAT
GA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGAAACCGCCATTTCTCTCAAAATTTTCATCTCTCTCGCGGCGGTTCTCCTCAGTTTTCCACCAGGATTTTCATCCCTCCCGGTGGCCGACCGGCGGATCTCCGCCGG
CGCAAAGTACCAAATTGAATGCACAATGTGCTCTGCTTGTGACAATCCCTGTGGCCAGTATCTCTCTCCGCCCCCTCCTCCGCCGTCTCCTCCTCCGCCCGTCAACTGCC
CGCCGCCGCCTTCTCCCCCCAGTTCCGGCACTTACTACTATTATTCTCCGCCCCCTCCAGCCCAACCCACCTACACTTACTCCTCCCCACCGCCGCCGCGTGGAATCATC
GGACCCGGCGGATACTACCAACCCCCGCCGTACAATAATTACCCAGCCCCCCCGCCGCCGAACCCGATTGTCCCATATTTCCCATTTTATTACCACACTCCACCGCCTGG
CTCCTCTGCTGCCGTCGGCCGTTTGACGAACTCATCTGGGAAATTGATGGAGCAAAATGCGAGGGAGAAATCGAAAAAGAAAAAGGGTTTCGATCTTCGAAGAAGACGAT
GA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
METAISLKIFISLAAVLLSFPPGFSSLPVADRRISAGAKYQIECTMCSACDNPCGQYLSPPPPPPSPPPPVNCPPPPSPPSSGTYYYYSPPPPAQPTYTYSSPPPPRGII
GPGGYYQPPPYNNYPAPPPPNPIVPYFPFYYHTPPPGSSAAVGRLTNSSGKLMEQNAREKSKKKKGFDLRRRR