; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc05G15310 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc05G15310
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionCell wall protein DAN4-like
Genome locationClcChr05:17579427..17580240
RNA-Seq ExpressionClc05G15310
SyntenyClc05G15310
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0056279.1 cell wall protein DAN4-like [Cucumis melo var. makuwa]2.1e-1353.91Show/hide
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KAA0056285.1 cell wall protein DAN4-like [Cucumis melo var. makuwa]2.1e-1655.81Show/hide
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         AQSPTT T+P  SP  ETSR FTNGF G
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XP_008450206.1 PREDICTED: cell wall protein DAN4-like [Cucumis melo]3.9e-1552.76Show/hide
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        MAYQSL  L L+I A+ G +AQAPSTSP ++PA ++SSFDS++S +SS DS T                  TPTT+   S    SIS+APAF PDS+   
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        AQSPTT T+P  S  AETSRLF+NGFL
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XP_038887448.1 putative protein TPRXL [Benincasa hispida]3.1e-2061.24Show/hide
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        MAYQSL LLA++I A+VG  AQAPSTS  TSPAP++SSFDSTSSP +S        SSP SS  S        +TSPD+S YAPSISVAPAF  DS + +
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         AQSPT E AP  SP  ETSRLFTN F G
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XP_038887469.1 classical arabinogalactan protein 6-like [Benincasa hispida]2.6e-1960.47Show/hide
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        MAYQSL LL ++I A+VG  AQAPSTSP TS AP++SSFDSTSS  +S        SSP SS  S        + SPD+S YAPSISVAPAF PDS + +
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         AQSPT E AP  SP A TSRLFTNGF G
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L8Q5 Uncharacterized protein1.2e-0948.44Show/hide
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        MAYQSL  LAL+I A+ G +AQ P++              ST +PT+S   A +++SS  SS+SS  S   T TTS   S  +PSIS AP   PDS+   
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        AQSPTT T+P  SP  ETSRLF+NGF G
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A0A0A0LB81 Uncharacterized protein3.1e-1049.22Show/hide
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        MAYQSL  LAL+I AV G +AQ P++S   +PAP +SSFDS++  +SS   +T + ++  +S+SS SS D            +PSISVAP   PDS   +
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        AQSPTT  +P  S  AETSR FTNGF G
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A0A1S3BPQ2 cell wall protein DAN4-like1.9e-1552.76Show/hide
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A0A5D3C1H7 Cell wall protein DAN4-like1.0e-1655.81Show/hide
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A0A5D3C1I1 Cell wall protein DAN4-like1.0e-1353.91Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTTATCAATCTCTTACTCTTCTTGCTCTTATGATCGCCGCTGTCGTCGGCACTATCGCTCAGGCTCCTTCTACCTCCCCCATCACCTCCCCAGCTCCAGTGTCCTC
TTCATTTGATTCCACCTCTTCTCCGACGAGCTCACCAGATTCAGCAACGGTTTCCGCAAGCTCGCCAGGTTCATCTACCTCATCTCCATCTTCACTCGATGGAACTCCCA
CCACCTCGCCCGATGTCTCTGCCTATGCTCCGTCAATCTCTGTGGCTCCTGCATTCATGCCGGATTCCGCCAATTTCCACGCTCAGTCACCAACGACCGAGACAGCTCCA
ATTAGTTCTCCTCCTGCTGAGACTTCTCGCTTGTTTACAAATGGTTTTCTTGGCCGATAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TTTCTCTCTCCTCTTTTTTCCACTTTATAAATAACCTCTCAATCTCCCTCTTTTTCTTCATCCCTTATTCCCATCATATTTTCTTCAATTTGGATCTCTTACTTTCATTT
CACATAATGGCTTATCAATCTCTTACTCTTCTTGCTCTTATGATCGCCGCTGTCGTCGGCACTATCGCTCAGGCTCCTTCTACCTCCCCCATCACCTCCCCAGCTCCAGT
GTCCTCTTCATTTGATTCCACCTCTTCTCCGACGAGCTCACCAGATTCAGCAACGGTTTCCGCAAGCTCGCCAGGTTCATCTACCTCATCTCCATCTTCACTCGATGGAA
CTCCCACCACCTCGCCCGATGTCTCTGCCTATGCTCCGTCAATCTCTGTGGCTCCTGCATTCATGCCGGATTCCGCCAATTTCCACGCTCAGTCACCAACGACCGAGACA
GCTCCAATTAGTTCTCCTCCTGCTGAGACTTCTCGCTTGTTTACAAATGGTTTTCTTGGCCGATAGATTATGGAGCAGAGATTTGAATCTCAACTTTTGGTAGAGATTAC
TAATATTTAATTATTTGAGCTGCGCTCCTCGAACAAAATTTCGAGTTATCATTTTACTTTTCTCTTTTATTAAGTTCCATTTCAATGTAATCAAATAAAAATGAATGAGA
ATTATTTTGATATAATTGAAATTCTTAAAAATTGATCAAAATCTCATAACGAAACACATAGTTTTCCAAATTTTTAATACTCAATTCAGATGCCAACTTAAAAACATCCA
TATATATTTTACTTTTTTTTTTTCCTTGAAGCCATTGTACTCTA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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