; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc05G27490 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc05G27490
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationClcChr05:34790004..34793661
RNA-Seq ExpressionClc05G27490
SyntenyClc05G27490
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-9396.77Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]1.4e-9396.77Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]1.8e-9396.26Show/hide
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XP_022151054.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Momordica charantia]1.2e-9296.67Show/hide
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XP_038892593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Benincasa hispida]1.4e-9399.44Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ216.8e-9496.77Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X16.8e-9496.77Show/hide
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A0A6J1DBV4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ215.7e-9396.67Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.2e-9095.68Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like2.0e-9094.65Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ223.4e-5867.68Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ212.6e-6673.58Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A1.1e-5667.55Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.6e-5566.67Show/hide
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A4.4e-5866.67Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.8e-6773.58Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.8e-6773.58Show/hide
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 212.2e-6572.02Show/hide
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 222.4e-5967.68Show/hide
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 222.4e-5967.68Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCCTTCATCGACAACAAGAAAACCAAACTCACTCATCACTTGACTGATACCTTCTGCAGACTTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGGCAGCGCCGTTTT
CCTACCTTTTCACCGGCTGATCTCTTCGCGGTTCTTTGGCTCCTTCGCTACAATGACTCGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTTGAAG
ATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCATTTATCGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAA
GCATTGGATGGGAAAAATGGTTGGCGCGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTA
TGAATGTGGTGAGCCTGGTCATTTTGCTCGTGAGTGTCGTTCACGTGGGGGCTCACGAGGGGTAGGAGGTGGTTTACGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGTCGTCGGAGTC
CAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAGGAGTAACAGTCCTCGTGGTAAAAGATCCCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGTGGTCGGAGCTACAGCAGATCTCCT
CCATACCGCCATGCCCGTCGTGCTTCACCTTATGCTAATGGTTCTAATAGGAATTGTGGAGTGAACCGGAACCATGTAGTTAAGTTCATCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTGCCTTCATCGACAACAAGAAAACCAAACTCACTCATCACTTGACTGATACCTTCTGCAGACTTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGGCAGCGCCGTTTT
CCTACCTTTTCACCGGCTGATCTCTTCGCGGTTCTTTGGCTCCTTCGCTACAATGACTCGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTTGAAG
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CCATACCGCCATGCCCGTCGTGCTTCACCTTATGCTAATGGTTCTAATAGGAATTGTGGAGTGAACCGGAACCATGTAGTTAAGTTCATCTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAFIDNKKTKLTHHLTDTFCRLSEHRSSATTGSAVFLPFHRLISSRFFGSFATMTRVYIGNLDPRVTERDLEDEFRMFGVLRSVWVARRPPGYAFIEFDDRRDALDAIQ
ALDGKNGWRVELSHNSKGGGGGGGRRGRGGGDDLKCYECGEPGHFARECRSRGGSRGVGGGLRRSPSPRRRRSPSYERYGRRSNSPRGKRSPRRRSITPPKRGRSYSRSP
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