; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc06G00280 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc06G00280
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionMADS-box protein SOC1-like
Genome locationClcChr06:253325..264407
RNA-Seq ExpressionClc06G00280
SyntenyClc06G00280
Gene Ontology termsGO:0045944 - positive regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002100 - Transcription factor, MADS-box
IPR002487 - Transcription factor, K-box
IPR033896 - MADS MEF2-like
IPR036879 - Transcription factor, MADS-box superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6593700.1 MADS-box protein SOC1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.3e-9887.61Show/hide
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XP_004153376.1 MADS-box protein SOC1 [Cucumis sativus]4.8e-10190.75Show/hide
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XP_008460142.1 PREDICTED: MADS-box protein SOC1-like [Cucumis melo]1.1e-10091.19Show/hide
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XP_038877327.1 MADS-box protein SOC1 isoform X1 [Benincasa hispida]1.2e-10788.43Show/hide
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XP_038877328.1 MADS-box protein SOC1 isoform X2 [Benincasa hispida]8.7e-11194.69Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CD40 MADS-box protein SOC1-like5.2e-10191.19Show/hide
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A0A6J1HK51 MADS-box protein SOC1 isoform X13.5e-9786.73Show/hide
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A0A6J1HMG1 MADS-box protein SOC1 isoform X22.1e-9485.4Show/hide
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A0A6J1KBW9 MADS-box protein SOC1 isoform X12.9e-9684.96Show/hide
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A0A6J1KKV3 MADS-box protein SOC1 isoform X24.7e-9484.07Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O64645 MADS-box protein SOC12.4e-6366.21Show/hide
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        +MKKIEQLE SKRK+LGE +G+CS++ELQQ+E QLEKSV  IRARK +VF+EQI+QL+QKEK L  EN KL +KW   ESE     N E   RG+     
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         E SSPSSEVET+LFIG P
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O82743 Agamous-like MADS-box protein AGL191.2e-5154.34Show/hide
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        L KKIEQLE+SKRK+LGE + +CS++ELQQLENQL++S+ +IRA+K ++  E+I++L+ +E+ L  EN  L +KW   G   + +     +  L+ +E +
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           + EVET LFIGPPE R
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Q38838 Agamous-like MADS-box protein AGL143.7e-4853.42Show/hide
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         L +KIE LE+S RKM+GE L + S++ELQQLENQL++S+ KIRA+K ++  E+ ++L++KE+ L  EN  L++K E +G G +           +  + 
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             EV T+LFIGPPE R
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Q9FIS1 MADS-box protein AGL423.7e-4850.91Show/hide
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        MVRGK +M+ IENATSRQVTFSKRRNGL+KKA+ELSVLCDA+++LIIFS RG+LYEF+SS MQ TIERYRK+ K  +  +  S  ++ QL+    +EA+ 
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        ++ KIE LE  KRK+LG+ + SCS++ELQ++++QL++S+ K+R RK ++F+EQ+++L+ KEK L +EN KL QK     W     G   ++ +   K+++
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               + EVET+LFIG P
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Q9XJ60 MADS-box transcription factor 501.2e-4653.39Show/hide
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        MVRGKTQM+ IEN TSRQVTFSKRRNGL+KKAFELSVLCDAEVALI+FSPRGKLYEFAS+S Q TIERYR + K          N  VQ  +E +   +A
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          L KK+E LE  KRK+LGE L  CS++EL  LE +LE+S+  IR RK ++ EEQ+ +LR+KE  L+ +N +L +K +++        V  E E  ++ +
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        N   +++ + +VETELFIG P
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G45660.1 AGAMOUS-like 201.7e-6466.21Show/hide
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        +MKKIEQLE SKRK+LGE +G+CS++ELQQ+E QLEKSV  IRARK +VF+EQI+QL+QKEK L  EN KL +KW   ESE     N E   RG+     
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         E SSPSSEVET+LFIG P
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AT4G11880.1 AGAMOUS-like 142.7e-4953.42Show/hide
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         L +KIE LE+S RKM+GE L + S++ELQQLENQL++S+ KIRA+K ++  E+ ++L++KE+ L  EN  L++K E +G G +           +  + 
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Query:  SSPSSEVETELFIGPPEAR
             EV T+LFIGPPE R
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AT4G22950.1 AGAMOUS-like 198.8e-5354.34Show/hide
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