; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc06G05730 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc06G05730
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionclassical arabinogalactan protein 25
Genome locationClcChr06:5887211..5888130
RNA-Seq ExpressionClc06G05730
SyntenyClc06G05730
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR039346 - Classical arabinogalactan protein 25/26


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6575045.1 hypothetical protein SDJN03_25684, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.5e-4584.43Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL
        MASFWYC+AVIM FMASPLLALPS+PNP+ SS FQELSP+IAPLLPS+GG IPSA+GSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSP GLPGSFAAPKSL 
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL

Query:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
         YSN LLLLT L++ AF LHLH
Subjt:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
XP_008458497.1 PREDICTED: classical arabinogalactan protein 25 [Cucumis melo]1.8e-4989.52Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL
        MASFWYCSAVIM FMASPLLALPSVPNP+PSSPFQELSPEIAPLLPSTG KIPSATG SIPTIPSNPSPPNPD+FEA GPDSSALSPFGLPGSFA P SL
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL

Query:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
         CYSNW LLLL GLA+LAFS+HLH
Subjt:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
XP_011656664.1 classical arabinogalactan protein 25 [Cucumis sativus]5.1e-4988.71Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL
        MASFWYCSAVIM FMASPLLALPSVPNP+PSSPFQELSPEIAPLLPSTG KIPSATG SIPTIPSNPSPPNPD+FEA GPDSSALSPFGLPGSFA P SL
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL

Query:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
         CYSNW LLLL GLA+L FS+HLH
Subjt:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
XP_022958905.1 classical arabinogalactan protein 25-like [Cucurbita moschata]2.9e-4482.79Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL
        MASFWYC+AVIM  MASPLLALPS+PNP+ SS FQELSP+IAPLLPS+GG IPSA+GSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSP GLPGSFAAPK L 
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL

Query:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
         YSN LLLLT L++ AF LHLH
Subjt:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
XP_023547783.1 classical arabinogalactan protein 25-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.2e-4584.43Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL
        MASFWYC+AVIM FMASPLLALPS+PNP+ SS FQELSP+IAPLLPS+GG IPSA+GSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPK L 
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL

Query:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
         YSN LLLLT L++ AF LHLH
Subjt:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KBF8 Uncharacterized protein2.5e-4988.71Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL
        MASFWYCSAVIM FMASPLLALPSVPNP+PSSPFQELSPEIAPLLPSTG KIPSATG SIPTIPSNPSPPNPD+FEA GPDSSALSPFGLPGSFA P SL
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL

Query:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
         CYSNW LLLL GLA+L FS+HLH
Subjt:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
A0A1S3C8K2 classical arabinogalactan protein 258.5e-5089.52Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL
        MASFWYCSAVIM FMASPLLALPSVPNP+PSSPFQELSPEIAPLLPSTG KIPSATG SIPTIPSNPSPPNPD+FEA GPDSSALSPFGLPGSFA P SL
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL

Query:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
         CYSNW LLLL GLA+LAFS+HLH
Subjt:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
A0A5A7SSC0 Classical arabinogalactan protein 258.5e-5089.52Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL
        MASFWYCSAVIM FMASPLLALPSVPNP+PSSPFQELSPEIAPLLPSTG KIPSATG SIPTIPSNPSPPNPD+FEA GPDSSALSPFGLPGSFA P SL
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATG-SIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSL

Query:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
         CYSNW LLLL GLA+LAFS+HLH
Subjt:  LCYSNW-LLLLTGLAILAFSLHLH
A0A6J1H4T0 classical arabinogalactan protein 25-like1.4e-4482.79Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL
        MASFWYC+AVIM  MASPLLALPS+PNP+ SS FQELSP+IAPLLPS+GG IPSA+GSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSP GLPGSFAAPK L 
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL

Query:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
         YSN LLLLT L++ AF LHLH
Subjt:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
A0A6J1KVY5 classical arabinogalactan protein 25-like1.4e-4484.43Show/hide
Query:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL
        MASFWYC+AVIM FMASPLLALPS+PNP+ S  FQELSP+IAPLLPSTGG IPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPK L 
Subjt:  MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLL

Query:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
         YSN  LLLT L++ AF LHLH
Subjt:  CYSNWLLLLTGLAILAFSLHLH
SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q6NN00 Classical arabinogalactan protein 251.0e-0756.72Show/hide
Query:  QELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLP--GSFAAPKSL
        Q+LSPEIAPLLPS G  +PS  GS  TIPS+PSPP+PD  +   PD  A SPF  P   S + P SL
Subjt:  QELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLP--GSFAAPKSL
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G18690.1 arabinogalactan protein 257.2e-0956.72Show/hide
Query:  QELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLP--GSFAAPKSL
        Q+LSPEIAPLLPS G  +PS  GS  TIPS+PSPP+PD  +   PD  A SPF  P   S + P SL
Subjt:  QELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLP--GSFAAPKSL

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCCTCCTTTTGGTATTGTTCAGCAGTCATTATGTTTTTCATGGCCTCACCATTGCTTGCTTTACCATCTGTACCCAATCCACAACCCAGCTCTCCTTTTCAAGAACT
CTCCCCTGAAATTGCTCCATTATTGCCTTCTACTGGTGGTAAGATTCCTTCTGCAACTGGTTCTATTCCCACCATTCCTTCCAACCCCAGCCCTCCAAATCCAGACGAGT
TCGAAGCTCCTGGCCCTGATTCCTCTGCCCTTTCGCCATTTGGCCTCCCAGGTTCCTTCGCAGCTCCTAAATCCCTGCTTTGCTATTCAAATTGGCTTCTTCTTCTCACT
GGCTTAGCAATTCTTGCCTTCTCTCTGCACTTACATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TTTAGTTTGGTCAGTTTTGATGAAAACCTCTACTTCAAAGTGTAGGGACCAAATGCTATTTCAACCTAACAATAAATAATGATAATATAATACCTCCTTCGATATTCACA
AATATATTAGGCTACACACCCTCCAGTGATTTCATCATCATTAGAATGGCCTCCTTTTGGTATTGTTCAGCAGTCATTATGTTTTTCATGGCCTCACCATTGCTTGCTTT
ACCATCTGTACCCAATCCACAACCCAGCTCTCCTTTTCAAGAACTCTCCCCTGAAATTGCTCCATTATTGCCTTCTACTGGTGGTAAGATTCCTTCTGCAACTGGTTCTA
TTCCCACCATTCCTTCCAACCCCAGCCCTCCAAATCCAGACGAGTTCGAAGCTCCTGGCCCTGATTCCTCTGCCCTTTCGCCATTTGGCCTCCCAGGTTCCTTCGCAGCT
CCTAAATCCCTGCTTTGCTATTCAAATTGGCTTCTTCTTCTCACTGGCTTAGCAATTCTTGCCTTCTCTCTGCACTTACATTGATTCCAGTAACGTCTTTCTGCAAAAAA
AAGTTAATTCTACTTGTATTTGATTCATCACATCCCGGATGTTCCCCCCGCCCCCCTTCTTTTTCTTCTGTTAATTTCATTTTTCTGAGTATATGGAAATTGGTATTTTT
AGACTTTTAGTTAAGCTTCTTTCTATTGAACCATTGCTGGGGAAAATTCAGATCATTTGTACTGTAAAGCATATATAGCATAGTGATTCAGTCTTTAATTTTGTATTGGC
TGCTTGTTTTCTGCCCTCATTTGGAATCTCGGAAATTAAACTCTGTTTGGTAACCATTTGGTTTTTGATTTATTATTTTTGAAAATTAAGCCAATAAACACTCATCCCAC
TTTTAAATTTCTTGATTTGTTATCTACTTTTTACTATCTT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MASFWYCSAVIMFFMASPLLALPSVPNPQPSSPFQELSPEIAPLLPSTGGKIPSATGSIPTIPSNPSPPNPDEFEAPGPDSSALSPFGLPGSFAAPKSLLCYSNWLLLLT
GLAILAFSLHLH