; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc06G12560 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc06G12560
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionCCHC-type domain-containing protein
Genome locationClcChr06:23407208..23409093
RNA-Seq ExpressionClc06G12560
SyntenyClc06G12560
Gene Ontology termsGO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
PIN02104.1 hypothetical protein CDL12_25388 [Handroanthus impetiginosus]3.4e-3177.17Show/hide
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WP_217833168.1 hypothetical protein, partial [Synechococcus sp. PCC 7002]3.3e-3457.23Show/hide
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XP_022144017.1 uncharacterized protein LOC111013806 [Momordica charantia]6.1e-3365.6Show/hide
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XP_022152405.1 uncharacterized protein LOC111020141 [Momordica charantia]1.5e-3179.35Show/hide
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XP_027103188.1 uncharacterized protein LOC113724489 [Coffea arabica]2.6e-3161.6Show/hide
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        PT  +PF E NA+ F N  RGRGRG
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A2G9G9X3 CCHC-type domain-containing protein1.6e-3177.17Show/hide
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A0A2G9I7B1 CCHC-type domain-containing protein1.6e-3177.17Show/hide
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A0A6J1CSH6 uncharacterized protein LOC1110138063.0e-3365.6Show/hide
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A0A6J1DDU8 uncharacterized protein LOC1110201417.3e-3279.35Show/hide
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A0A6P6VJM8 uncharacterized protein LOC1137244891.2e-3161.6Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCAAGAATTCAAATTCAGGGAATTCCAGCTCAATCATAGCAATCGTAGGAGAGATTTAAGTAAAACTAATGATAAAGAGATGAATAGAAAATGGAGAGCGCGCCATCC
GGATTCAGGTGCGACAGCCCGGATTGTCGGACTACAACTCAGGCATTTGGCTTCGCTCCGATCCTTGAACCCGAACGATTCCGGCCTCCATCGTAGCTTCTCACTCATTC
CAGAAAGTTCAACATTGTTGTTATGCGGAGAGAAAATTACTGATGCGGATAAGTTGGAGAAAACATTTTCTACATTTCATGCCTCGAATATGCTTCTGCAGCAGCAATAT
CGAAAGAAAAGTTTTAAACAATATTCTGAATTAATTTCATGTCTTCTCGTGGCTGAACAAAATAATGAGCCATTAATGAAGAACCATGAATATCGACCAACTAGAACAAC
ACCATTCCTTGAAGTGAATGCTGTAAATTTTAATAATCGTGATCGAGGTCGTGGTCGTGGTATGGTCGAGGCCGTGACTGTGGCAGAGGAAGAAATAATTATTATTTTCG
TGGTGGTCGTTCTAATTATCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCAAGAATTCAAATTCAGGGAATTCCAGCTCAATCATAGCAATCGTAGGAGAGATTTAAGTAAAACTAATGATAAAGAGATGAATAGAAAATGGAGAGCGCGCCATCC
GGATTCAGGTGCGACAGCCCGGATTGTCGGACTACAACTCAGGCATTTGGCTTCGCTCCGATCCTTGAACCCGAACGATTCCGGCCTCCATCGTAGCTTCTCACTCATTC
CAGAAAGTTCAACATTGTTGTTATGCGGAGAGAAAATTACTGATGCGGATAAGTTGGAGAAAACATTTTCTACATTTCATGCCTCGAATATGCTTCTGCAGCAGCAATAT
CGAAAGAAAAGTTTTAAACAATATTCTGAATTAATTTCATGTCTTCTCGTGGCTGAACAAAATAATGAGCCATTAATGAAGAACCATGAATATCGACCAACTAGAACAAC
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TGGTGGTCGTTCTAATTATCTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MQEFKFREFQLNHSNRRRDLSKTNDKEMNRKWRARHPDSGATARIVGLQLRHLASLRSLNPNDSGLHRSFSLIPESSTLLLCGEKITDADKLEKTFSTFHASNMLLQQQY
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