; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc08G06570 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc08G06570
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionextensin-3-like
Genome locationClcChr08:18013887..18014668
RNA-Seq ExpressionClc08G06570
SyntenyClc08G06570
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0058946.1 extensin-3-like [Cucumis melo var. makuwa]2.1e-2361.29Show/hide
Query:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP
        M LL+ NLPSNFA +YI PS  S PP  PPTTKP+VPY+PFII PPP KKT K  +  P S P + LGRP+VPYYP+KF PPP RK  +PPP YHVFPP 
Subjt:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP

Query:  ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPK
          P   K+L+ S AR++AP PPP+
Subjt:  ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPK

KAA0058948.1 extensin-3-like [Cucumis melo var. makuwa]6.4e-2866.04Show/hide
Query:  PPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQ
        P  T+P+VPY+PFI PPP  K   +    PPP  P Q L RP+VPYYP+KFPPPPSRK+ NPP SYH FPPP  PLP K+LY S+ RR+APPPPPKKPYQ
Subjt:  PPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQ

Query:  WPKGTI
        WPKG I
Subjt:  WPKGTI

KAE8647164.1 hypothetical protein Csa_018816, partial [Cucumis sativus]8.9e-3061.48Show/hide
Query:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPL-QGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPP
        MSLL+LNLPSN A + I PS    PPL PP T+P+VP++PF   P P +KT++    PPPS P  Q L RP+VPY+P+KFPPPPSRK+ NPPPSYH FPP
Subjt:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPL-QGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPP

Query:  PASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTI
        PA  L  ++LY S+ RR+ PPPPP KPYQWPKG I
Subjt:  PASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTI

TYK10982.1 extensin-3-like [Cucumis melo var. makuwa]2.1e-2361.29Show/hide
Query:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP
        M LL+ NLPSNFA +YI PS  S PP  PPTTKP+VPY+PFII PPP KKT K  +  P S P + LGRP+VPYYP+KF PPP RK  +PPP YHVFPP 
Subjt:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP

Query:  ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPK
          P   K+L+ S AR++AP PPP+
Subjt:  ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPK

XP_008466986.1 PREDICTED: extensin-3-like, partial [Cucumis melo]9.9e-2962.5Show/hide
Query:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSR
        M S NP FVFFL II+ LL+LNLPSNFAA+YI PS    PP  P  T+P+VPY+PFI PPP  K   +    PPP  P Q L RP+VPYYP+KFPPPPSR
Subjt:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSR

Query:  KRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQ
        K+ NPP SYH FPPP  PLP K+LY S+
Subjt:  KRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQ

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KD80 Uncharacterized protein6.0e-4064.56Show/hide
Query:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPL-QGLGRPVVPYYPFKFPPPPS
        M S+NP FVFFL IIMSLL+LNLPSN A + I PS    PPL PP T+P+VP++PF   P P +KT++    PPPS P  Q L RP+VPY+P+KFPPPPS
Subjt:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPL-QGLGRPVVPYYPFKFPPPPS

Query:  RKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPPF
        RK+ NPPPSYH FPPPA  L  ++LY S+ RR+ PPPPP KPYQWPKG IRKSPPPPF
Subjt:  RKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPPF

A0A1S3CSG8 extensin-3-like4.8e-2962.5Show/hide
Query:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSR
        M S NP FVFFL II+ LL+LNLPSNFAA+YI PS    PP  P  T+P+VPY+PFI PPP  K   +    PPP  P Q L RP+VPYYP+KFPPPPSR
Subjt:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSR

Query:  KRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQ
        K+ NPP SYH FPPP  PLP K+LY S+
Subjt:  KRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQ

A0A5A7UXN4 Extensin-3-like1.0e-2361.29Show/hide
Query:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP
        M LL+ NLPSNFA +YI PS  S PP  PPTTKP+VPY+PFII PPP KKT K  +  P S P + LGRP+VPYYP+KF PPP RK  +PPP YHVFPP 
Subjt:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP

Query:  ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPK
          P   K+L+ S AR++AP PPP+
Subjt:  ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPK

A0A5D3CI60 Extensin-3-like1.0e-2361.29Show/hide
Query:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP
        M LL+ NLPSNFA +YI PS  S PP  PPTTKP+VPY+PFII PPP KKT K  +  P S P + LGRP+VPYYP+KF PPP RK  +PPP YHVFPP 
Subjt:  MSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP

Query:  ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPK
          P   K+L+ S AR++AP PPP+
Subjt:  ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPK

A0A5D3CVI1 Extensin-3-like3.1e-2866.04Show/hide
Query:  PPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQ
        P  T+P+VPY+PFI PPP  K   +    PPP  P Q L RP+VPYYP+KFPPPPSRK+ NPP SYH FPPP  PLP K+LY S+ RR+APPPPPKKPYQ
Subjt:  PPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQ

Query:  WPKGTI
        WPKG I
Subjt:  WPKGTI

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P06599 Extensin4.2e-0639.52Show/hide
Query:  GSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPP---LPPPTTKPLVPYY------PFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPF
        GS+    +  LL++  L++LNL S   A Y + SPP  PP    PPP   P  PY+      P   PPPPT   YK+KSPPPP      +  P  PY+ F
Subjt:  GSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPP---LPPPTTKPLVPYY------PFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPF

Query:  KFPPPPSRKRPNPPPSY-HVFPPPA--SPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP
        + PPPP    P P P Y +  PPP   SP PV         +   PPPP   Y++      KSPPPP
Subjt:  KFPPPPSRKRPNPPPSY-HVFPPPA--SPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP

Q84ZL0 Formin-like protein 55.1e-0437.3Show/hide
Query:  PSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYP---FKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQAR
        P PP  PP PPP + P    +    PPPP     +   PPPP  P+     P  P  P   F  PPPP    P PP ++   PPP  P P+    T    
Subjt:  PSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYP---FKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQAR

Query:  RSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP
          +PPPPP  P   P    R  PPPP
Subjt:  RSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP

Q9FS16 Extensin-36.5e-0739.77Show/hide
Query:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYY---PFIIPPPPTKKTYKFKSPPPP-----SSPLQGLGRPVVPYYPF
        MGS     V  LL++   ++L   S   ANY + SPP  PP+   T  P V +Y   P    PPP KK Y++KSPPPP       P+     P   +Y +
Subjt:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYY---PFIIPPPPTKKTYKFKSPPPP-----SSPLQGLGRPVVPYYPF

Query:  KFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP-------ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP
        K PPPP  K  +PPP YH  PPP       + P PVK         S  PPPPKK Y      + KSPPPP
Subjt:  KFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP-------ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G21310.1 extensin 34.6e-0839.77Show/hide
Query:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYY---PFIIPPPPTKKTYKFKSPPPP-----SSPLQGLGRPVVPYYPF
        MGS     V  LL++   ++L   S   ANY + SPP  PP+   T  P V +Y   P    PPP KK Y++KSPPPP       P+     P   +Y +
Subjt:  MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYY---PFIIPPPPTKKTYKFKSPPPP-----SSPLQGLGRPVVPYYPF

Query:  KFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP-------ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP
        K PPPP  K  +PPP YH  PPP       + P PVK         S  PPPPKK Y      + KSPPPP
Subjt:  KFPPPPSRKRPNPPPSYHVFPPP-------ASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP

AT2G43150.1 Proline-rich extensin-like family protein2.5e-0638.41Show/hide
Query:  IMSLLALNLPSNFAAN---YIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKK---TYKFKSPPPP----------SSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPP
        ++++LAL + S  A     Y  P PP     PPP  K   P Y +  PPPP K     Y + SPPPP          SSP   +  P  PYY +  PPPP
Subjt:  IMSLLALNLPSNFAAN---YIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKK---TYKFKSPPPP----------SSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPP

Query:  SRKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKP-----YQWPKGTIRKSPPPPF
          K P PP  YH  PPP    P    Y S      PPPP K P     Y  P   + KSPPPP+
Subjt:  SRKRPNPPPSYHVFPPPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKP-----YQWPKGTIRKSPPPPF

AT4G13340.1 Leucine-rich repeat (LRR) family protein6.9e-0437.76Show/hide
Query:  IIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFP
        ++  L   +LPS      I  +PP+L   PPP+  P  P Y    PPPP    Y   SPPPP  P      P  P Y    PPPP    P PPP  +  P
Subjt:  IIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYHVFP

Query:  PPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP
        PP+ P P   +Y+       PPPPP   Y  P   +  SPPPP
Subjt:  PPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPP

AT4G18670.1 Leucine-rich repeat (LRR) family protein4.0e-0440.14Show/hide
Query:  SPPSLPPLPPPT--TKPLVP------YYPFIIPPPPTKKTYKFKSP---PPPSSPLQGLGRP-VVPYYP----FKFPPPP-----SRKRPNPPPSYHVFP
        SPPS PP PPPT    P +P      Y PF  PPPP  +TY    P    PP SP+ G   P  +PY P    F  PPPP     S  +P PPP Y + P
Subjt:  SPPSLPPLPPPT--TKPLVP------YYPFIIPPPPTKKTYKFKSP---PPPSSPLQGLGRP-VVPYYP----FKFPPPP-----SRKRPNPPPSYHVFP

Query:  PPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPP----KKPYQWPKGTIRKSPPPP
        PP          T      +PPPPP      P Q     I  SPPPP
Subjt:  PPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPP----KKPYQWPKGTIRKSPPPP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGGTCTCAAAACCCCCATTTTGTGTTCTTCCTTCTCATCATCATGTCATTGCTTGCTTTAAATTTGCCATCAAATTTTGCTGCAAACTATATTCACCCATCTCCTCC
GTCGTTGCCGCCGTTGCCACCTCCGACCACCAAACCTCTAGTTCCTTATTACCCTTTTATAATCCCTCCTCCTCCAACCAAGAAGACTTATAAATTCAAATCGCCGCCGC
CACCATCGTCGCCACTGCAGGGATTAGGAAGGCCAGTAGTTCCCTATTATCCTTTCAAATTTCCACCACCTCCATCAAGAAAGCGACCCAATCCTCCTCCAAGCTACCAT
GTCTTTCCCCCACCCGCCTCCCCACTACCAGTCAAGAGGCTTTACACATCTCAGGCAAGGCGGTCAGCGCCACCGCCACCACCTAAAAAGCCATATCAGTGGCCAAAGGG
GACCATCCGTAAATCGCCCCCACCTCCTTTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AGTAGCTAGACTATTGTTTTTCATACATGTATATAATGAAGATGTGAGATTCCAAAGCTTTCAATTTGCAAAGAGATCCAAGCTCTACCTTCCTGGAATTGAAGAGAGAT
TGAGAAGAATGGGGTCTCAAAACCCCCATTTTGTGTTCTTCCTTCTCATCATCATGTCATTGCTTGCTTTAAATTTGCCATCAAATTTTGCTGCAAACTATATTCACCCA
TCTCCTCCGTCGTTGCCGCCGTTGCCACCTCCGACCACCAAACCTCTAGTTCCTTATTACCCTTTTATAATCCCTCCTCCTCCAACCAAGAAGACTTATAAATTCAAATC
GCCGCCGCCACCATCGTCGCCACTGCAGGGATTAGGAAGGCCAGTAGTTCCCTATTATCCTTTCAAATTTCCACCACCTCCATCAAGAAAGCGACCCAATCCTCCTCCAA
GCTACCATGTCTTTCCCCCACCCGCCTCCCCACTACCAGTCAAGAGGCTTTACACATCTCAGGCAAGGCGGTCAGCGCCACCGCCACCACCTAAAAAGCCATATCAGTGG
CCAAAGGGGACCATCCGTAAATCGCCCCCACCTCCTTTCTAGGAAACCATATTAGAAGAGTGGTTGTACTAAATTGAAAAAGTTCAAGAAAATGATAAATTTTTAAGCAT
TATAAAGAGAGCACATTTTATATCTGGTTTCAAAACATTCCAATTTGAAATACTTTCCTAAGTGTATTTTTATTATCCGTGCATCAAAGGAGTAAAGAGTGAATGGGAAG
ATTTCGCCTATA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGSQNPHFVFFLLIIMSLLALNLPSNFAANYIHPSPPSLPPLPPPTTKPLVPYYPFIIPPPPTKKTYKFKSPPPPSSPLQGLGRPVVPYYPFKFPPPPSRKRPNPPPSYH
VFPPPASPLPVKRLYTSQARRSAPPPPPKKPYQWPKGTIRKSPPPPF