; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc08G08380 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc08G08380
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionchlorophyll(Ide) b reductase NOL, chloroplastic
Genome locationClcChr08:19868477..19874909
RNA-Seq ExpressionClc08G08380
SyntenyClc08G08380
Gene Ontology termsGO:0016491 - oxidoreductase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002347 - Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
IPR020904 - Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site
IPR036291 - NAD(P)-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A6J1JWB8 chlorophyll(Ide) b reductase NOL, chloroplastic8.4e-15371.9Show/hide
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Query:  NQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIR
        NQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIR
Subjt:  NQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIR

Query:  SIPTNGSTRPTYIRFLTGLKAYSQIFS
        SIP NGSTRPTYIRFLTGLKAYSQIFS
Subjt:  SIPTNGSTRPTYIRFLTGLKAYSQIFS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
D2WKD9 Farnesol dehydrogenase1.1e-1631.53Show/hide
Query:  GIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSP-VQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNAGSNAYSF
        GIG A+  +  KAG  VV  +R  ERVE+                 L A+ P+S+ P +   KCDV + ED+  +  +V+K    +D+ +NNAG    + 
Subjt:  GIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSP-VQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNAGSNAYSF

Query:  KPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDG-AGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTT
          L   + + L EV+ TN +GL++C ++A + M  +   GHI +I+   G      P+   Y A+K +V  +T++++ ELR      + V ++SPG+V T
Subjt:  KPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDG-AGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTT

Query:  DLL
        ++L
Subjt:  DLL

Q5N800 Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic4.4e-5044.91Show/hide
Query:  LLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGE-------QHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYI
        ++I  +  G+G ALAREFL +GD VVI SRS E V  ++  L E   E       +   ++LHA        V GT CDV + EDVK LV F +  L  I
Subjt:  LLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGE-------QHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYI

Query:  DIWINNAGSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKN
        DIWINNAG+N   F+PLV  SDED+ ++V+TN +G ++C REA+ +M +Q +GGH+FN+DGAGS G  TP  A YG+TK  +     SL  E R      
Subjt:  DIWINNAGSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKN

Query:  VVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNGSTRPTYIRFLT
        V VH  SPGMV TDLL+SG++ +  + F N++ E PE VA  LVP +R +  +G      I +LT
Subjt:  VVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNGSTRPTYIRFLT

Q84ST4 Chlorophyll(ide) b reductase NOL, chloroplastic1.4e-11277.24Show/hide
Query:  LLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNA
        +LI  +  GIGYALA+EFLKAGDNVVICSRSAERVES+V  L++EFGEQH               V G  CDVREG+DVK LV F +  +KYIDIWINNA
Subjt:  LLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNA

Query:  GSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLS
        GSNAYS+KPLVE SDE L+EV+TTN LGLMICCREAI MM NQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAEL+M +V NV+VHNLS
Subjt:  GSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLS

Query:  PGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNGSTRPTYIRFLTGLKAYSQIFS
        PGMVTTDLLMSGA TKQAKFFIN+LAEP  VVA+YLVPNIR+IPTN S +PTYIRFLTGLKAYS+IFS
Subjt:  PGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNGSTRPTYIRFLTGLKAYSQIFS

Q8LEU3 Chlorophyll(ide) b reductase NOL, chloroplastic5.0e-11860.05Show/hide
Query:  FFSPPSRIRLSLYKLESFSRSVARSRDISNIPTNGVVNLNSVSTNAEESQQREPMVPPYNVLITGSTKGIEFEELPGCLFSLSFAKNLKIYLYMISGILG
        F SP  R RL   +    +  V R         N  V  +S +  A  S +REPM PPYN+LITGSTK                                
Subjt:  FFSPPSRIRLSLYKLESFSRSVARSRDISNIPTNGVVNLNSVSTNAEESQQREPMVPPYNVLITGSTKGIEFEELPGCLFSLSFAKNLKIYLYMISGILG

Query:  IGRVFFMRAYKEFADSTVFDASVPLTSILTFLYCFLLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSP
                                                   GIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVE++VQSL+EEFGE                 
Subjt:  IGRVFFMRAYKEFADSTVFDASVPLTSILTFLYCFLLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSP

Query:  VQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNAGSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRF
        V GTKCDV EG+DV+ LVA+ QKNLKYIDIWINNAGSNAYSFKPL EASDEDLIEVV TN LGLM+CCREA+ MML Q RGGHIFNIDGAGSDGRPTPRF
Subjt:  VQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNAGSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRF

Query:  AAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNGSTRPTYIRFLTGLKAYSQ
        AAYGATKRSVVHLTKSLQAEL+MQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGA TKQAKFFINVLAEP EVVAEYLVPNIR+IP +GS +PTYIRFLTG+KAY++
Subjt:  AAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNGSTRPTYIRFLTGLKAYSQ

Query:  IFS
        IFS
Subjt:  IFS

Q93ZA0 Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic1.3e-4642.91Show/hide
Query:  LLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNA
        ++I  +  G+G ALAREFL +GD V++ SRS+E V+ +V+ L +   E   +    A    S + V G  CDV + EDV+ L  F  K L  I+IWINNA
Subjt:  LLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNA

Query:  GSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLS
        G+N   F+PL+E ++ED+ ++V+TN +G ++C R A+ +M  Q  GGHIFN+DGAGS G  TP  A YG+TK  +     S+  E       NV +H  S
Subjt:  GSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLS

Query:  PGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNG
        PGMV T+LL+SG++ K  + F N++ E PE VA  LVP +R +  +G
Subjt:  PGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNG

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G13250.1 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein9.5e-4842.91Show/hide
Query:  LLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNA
        ++I  +  G+G ALAREFL +GD V++ SRS+E V+ +V+ L +   E   +    A    S + V G  CDV + EDV+ L  F  K L  I+IWINNA
Subjt:  LLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNA

Query:  GSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLS
        G+N   F+PL+E ++ED+ ++V+TN +G ++C R A+ +M  Q  GGHIFN+DGAGS G  TP  A YG+TK  +     S+  E       NV +H  S
Subjt:  GSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLS

Query:  PGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNG
        PGMV T+LL+SG++ K  + F N++ E PE VA  LVP +R +  +G
Subjt:  PGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNG

AT4G13250.2 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein7.3e-4843.93Show/hide
Query:  GIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNAGSNAYSFK
        G+G ALAREFL +GD V++ SRS+E V+ +V+ L +   E   +    A    S + V G  CDV + EDV+ L  F  K L  I+IWINNAG+N   F+
Subjt:  GIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNAGSNAYSFK

Query:  PLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDL
        PL+E ++ED+ ++V+TN +G ++C R A+ +M  Q  GGHIFN+DGAGS G  TP  A YG+TK  +     S+  E       NV +H  SPGMV T+L
Subjt:  PLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDL

Query:  LMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNG
        L+SG++ K  + F N++ E PE VA  LVP +R +  +G
Subjt:  LMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNG

AT5G04900.1 NYC1-like3.5e-11960.05Show/hide
Query:  FFSPPSRIRLSLYKLESFSRSVARSRDISNIPTNGVVNLNSVSTNAEESQQREPMVPPYNVLITGSTKGIEFEELPGCLFSLSFAKNLKIYLYMISGILG
        F SP  R RL   +    +  V R         N  V  +S +  A  S +REPM PPYN+LITGSTK                                
Subjt:  FFSPPSRIRLSLYKLESFSRSVARSRDISNIPTNGVVNLNSVSTNAEESQQREPMVPPYNVLITGSTKGIEFEELPGCLFSLSFAKNLKIYLYMISGILG

Query:  IGRVFFMRAYKEFADSTVFDASVPLTSILTFLYCFLLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSP
                                                   GIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVE++VQSL+EEFGE                 
Subjt:  IGRVFFMRAYKEFADSTVFDASVPLTSILTFLYCFLLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSSSP

Query:  VQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNAGSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRF
        V GTKCDV EG+DV+ LVA+ QKNLKYIDIWINNAGSNAYSFKPL EASDEDLIEVV TN LGLM+CCREA+ MML Q RGGHIFNIDGAGSDGRPTPRF
Subjt:  VQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNAGSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRF

Query:  AAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNGSTRPTYIRFLTGLKAYSQ
        AAYGATKRSVVHLTKSLQAEL+MQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGA TKQAKFFINVLAEP EVVAEYLVPNIR+IP +GS +PTYIRFLTG+KAY++
Subjt:  AAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNGSTRPTYIRFLTGLKAYSQ

Query:  IFS
        IFS
Subjt:  IFS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTTCAGCTTCGTCTTCCTCCCTCCTCTTTCCGTCCCTGTTGGTCCCCCATAACCATGGCTTCTTCTTCTCTCCTCCTTCCCGAATCCGCCTATCACTCTACAAATT
GGAGAGTTTCAGTCGTTCCGTAGCTCGTTCGCGCGACATATCCAACATTCCGACGAATGGCGTCGTGAATTTGAATTCCGTATCGACAAATGCCGAAGAATCTCAGCAGA
GGGAGCCTATGGTTCCTCCTTACAACGTTTTGATCACCGGCTCCACTAAAGGAATTGAGTTTGAGGAACTTCCTGGCTGTCTTTTCTCTCTTTCTTTTGCTAAGAATTTG
AAGATATATTTATACATGATTTCAGGTATCCTTGGGATTGGTAGAGTTTTCTTTATGAGAGCTTACAAAGAATTTGCTGATTCAACTGTCTTTGACGCTTCAGTACCTTT
GACTTCCATATTGACATTCTTATACTGTTTTCTACTCATATTTGCAAATTATCCAGGAATAGGATATGCATTGGCCAGAGAGTTTCTGAAAGCAGGTGACAATGTCGTTA
TCTGTTCACGATCAGCTGAGAGGGTTGAGTCTTCTGTTCAAAGCCTGAGAGAAGAATTTGGGGAGCAGCATGTTTCCCTGATACTTCACGCTCATCATCCTAAATCTAGT
TCTCCTGTTCAGGGTACTAAATGTGACGTGCGAGAAGGAGAGGATGTAAAGAATTTAGTTGCATTTGTGCAGAAAAATCTTAAATATATTGACATATGGATCAATAATGC
AGGATCAAATGCTTATAGCTTTAAGCCTTTGGTCGAGGCTTCAGATGAAGATCTCATTGAAGTTGTCACTACAAATGCTCTTGGTTTGATGATATGTTGCCGAGAGGCAA
TAAAGATGATGTTAAACCAACCTCGAGGGGGTCATATTTTCAACATTGATGGGGCTGGTTCTGATGGACGGCCCACCCCTAGGTTTGCTGCATATGGGGCAACTAAAAGA
AGTGTTGTCCATTTAACAAAGTCATTACAGGCTGAATTGCGGATGCAGGACGTGAAAAATGTTGTAGTGCACAATCTTTCGCCTGGGATGGTTACAACTGATCTTCTCAT
GTCTGGTGCTAATACAAAGCAGGCGAAATTTTTCATCAACGTTTTGGCGGAACCACCTGAAGTGGTGGCAGAATACCTTGTCCCAAACATACGATCTATCCCAACCAATG
GTTCAACAAGGCCCACATACATCCGTTTCCTCACTGGACTGAAAGCTTATTCCCAGATTTTCTCAGTTAAGAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAAGTTTTATCCATAAGAAATCAATCTGGGAAATTCTACCGCGGGAAATGGCTTCAGCTTCGTCTTCCTCCCTCCTCTTTCCGTCCCTGTTGGTCCCCCATAACCATGG
CTTCTTCTTCTCTCCTCCTTCCCGAATCCGCCTATCACTCTACAAATTGGAGAGTTTCAGTCGTTCCGTAGCTCGTTCGCGCGACATATCCAACATTCCGACGAATGGCG
TCGTGAATTTGAATTCCGTATCGACAAATGCCGAAGAATCTCAGCAGAGGGAGCCTATGGTTCCTCCTTACAACGTTTTGATCACCGGCTCCACTAAAGGAATTGAGTTT
GAGGAACTTCCTGGCTGTCTTTTCTCTCTTTCTTTTGCTAAGAATTTGAAGATATATTTATACATGATTTCAGGTATCCTTGGGATTGGTAGAGTTTTCTTTATGAGAGC
TTACAAAGAATTTGCTGATTCAACTGTCTTTGACGCTTCAGTACCTTTGACTTCCATATTGACATTCTTATACTGTTTTCTACTCATATTTGCAAATTATCCAGGAATAG
GATATGCATTGGCCAGAGAGTTTCTGAAAGCAGGTGACAATGTCGTTATCTGTTCACGATCAGCTGAGAGGGTTGAGTCTTCTGTTCAAAGCCTGAGAGAAGAATTTGGG
GAGCAGCATGTTTCCCTGATACTTCACGCTCATCATCCTAAATCTAGTTCTCCTGTTCAGGGTACTAAATGTGACGTGCGAGAAGGAGAGGATGTAAAGAATTTAGTTGC
ATTTGTGCAGAAAAATCTTAAATATATTGACATATGGATCAATAATGCAGGATCAAATGCTTATAGCTTTAAGCCTTTGGTCGAGGCTTCAGATGAAGATCTCATTGAAG
TTGTCACTACAAATGCTCTTGGTTTGATGATATGTTGCCGAGAGGCAATAAAGATGATGTTAAACCAACCTCGAGGGGGTCATATTTTCAACATTGATGGGGCTGGTTCT
GATGGACGGCCCACCCCTAGGTTTGCTGCATATGGGGCAACTAAAAGAAGTGTTGTCCATTTAACAAAGTCATTACAGGCTGAATTGCGGATGCAGGACGTGAAAAATGT
TGTAGTGCACAATCTTTCGCCTGGGATGGTTACAACTGATCTTCTCATGTCTGGTGCTAATACAAAGCAGGCGAAATTTTTCATCAACGTTTTGGCGGAACCACCTGAAG
TGGTGGCAGAATACCTTGTCCCAAACATACGATCTATCCCAACCAATGGTTCAACAAGGCCCACATACATCCGTTTCCTCACTGGACTGAAAGCTTATTCCCAGATTTTC
TCAGTTAAGAAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MASASSSSLLFPSLLVPHNHGFFFSPPSRIRLSLYKLESFSRSVARSRDISNIPTNGVVNLNSVSTNAEESQQREPMVPPYNVLITGSTKGIEFEELPGCLFSLSFAKNL
KIYLYMISGILGIGRVFFMRAYKEFADSTVFDASVPLTSILTFLYCFLLIFANYPGIGYALAREFLKAGDNVVICSRSAERVESSVQSLREEFGEQHVSLILHAHHPKSS
SPVQGTKCDVREGEDVKNLVAFVQKNLKYIDIWINNAGSNAYSFKPLVEASDEDLIEVVTTNALGLMICCREAIKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKR
SVVHLTKSLQAELRMQDVKNVVVHNLSPGMVTTDLLMSGANTKQAKFFINVLAEPPEVVAEYLVPNIRSIPTNGSTRPTYIRFLTGLKAYSQIFSVKK