CuGenDBv2

Gene ID	Clc09G12500
Organism	Citrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Description	protein SAMBA isoform X1
Genome location	ClcChr09:11397982..11402832
RNA-Seq Expression	Clc09G12500
Synteny	Clc09G12500
Gene Ontology terms	GO:0046621 - negative regulation of organ growth (biological process) GO:0010997 - anaphase-promoting complex binding (molecular function)
InterPro domains	IPR037547 - Protein SAMBA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_004136197.1 protein SAMBA isoform X1 [Cucumis sativus]

2.9e-42

93.75

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
        MNT SPANSS+ST AVAGRC+TNAA+SLDDFRFP+NLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ

XP_008466002.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103503566 isoform X1 [Cucumis melo]

3.8e-42

85.85

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQKSCD
        MNT SPANSS ST AVAGRC+TNAA+SLDDFRFP+NLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ +  
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQKSCD

Query:  CARFRQ
          R ++
Subjt:  CARFRQ

XP_022963560.1 protein SAMBA isoform X1 [Cucurbita moschata]

1.1e-41

93.75

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
        MNTSSPANSSIST  VAGRCTTNAAMSLDDFRFPANL+S+ ERKDEAM+ALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ

XP_023553751.1 protein SAMBA isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

1.1e-41

93.75

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
        MNTSSPANSSIST  VAGRCTTNAAMSLDDFRFPANL+S+ ERKDEAM+ALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ

XP_038888367.1 protein SAMBA isoform X1 [Benincasa hispida]

3.4e-43

96.88

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
        MNTSSPANSSIST AVAGRC+TNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMS+QGANCHAIPYQ
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LK11 Uncharacterized protein

2.6e-36

93.1

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG
        MNT SPANSS+ST AVAGRC+TNAA+SLDDFRFP+NLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG

A0A1S3CQ80 uncharacterized protein LOC103503566 isoform X1

1.8e-42

85.85

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQKSCD
        MNT SPANSS ST AVAGRC+TNAA+SLDDFRFP+NLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ +  
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQKSCD

Query:  CARFRQ
          R ++
Subjt:  CARFRQ

A0A6J1BQF8 protein SAMBA isoform X1

2.7e-41

91.67

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
        MN+SSPANSSIST AVAGRC+TNAAMS+DDFRFPANLIS+PERKDEAM+ALKSNIMAALNKEVKSLDDD+WMFEGPRSRINLMSRQGANC+AIPYQ
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ

A0A6J1HIC3 protein SAMBA isoform X1

5.4e-42

93.75

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
        MNTSSPANSSIST  VAGRCTTNAAMSLDDFRFPANL+S+ ERKDEAM+ALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQ

A0A6J1HU80 protein SAMBA isoform X1

2.3e-40

83.96

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQKSCD
        M TSSPANSSIST  VAGRCTTNAAMSLDDFRFPANL+S+ ERKDEAM+ALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINL SRQGANCHAIPYQ    
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQKSCD

Query:  CARFRQ
          R ++
Subjt:  CARFRQ

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q9C613 Protein SAMBA

8.6e-21

60.23

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVA-GRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG
        MN +SPA+S +ST AVA G  ++ AA  LDDF FP ++ S+ ERKDEAM  LK+++M  L+KEVKSL++D+WMFEGPRSRI+L+SR+G
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVA-GRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G32310.1 unknown protein

6.1e-22

60.23

Show/hide

Query:  MNTSSPANSSISTAAVA-GRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG
        MN +SPA+S +ST AVA G  ++ AA  LDDF FP ++ S+ ERKDEAM  LK+++M  L+KEVKSL++D+WMFEGPRSRI+L+SR+G
Subjt:  MNTSSPANSSISTAAVA-GRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAATACCTCGTCCCCAGCCAATTCTTCCATTTCCACCGCCGCGGTTGCCGGAAGGTGTACCACTAACGCCGCAATGTCACTAGATGATTTCCGCTTCCCCGCCAATTT
AATTTCCGTACCCGAGCGCAAGGACGAGGCCATGACTGCTCTTAAATCCAATATAATGGCTGCTCTGAACAAGGAGGTCAAATCCCTGGATGATGATAATTGGATGTTTG
AAGGTCCTCGCTCCCGTATCAACCTTATGTCACGGCAAGGTGCTAATTGCCATGCAATTCCCTATCAGAAATCTTGTGATTGTGCTCGCTTTCGACAATACTCGGTTTCA
TTTATTCAATCAACCAAAATGCTAGTGGAGAATCTCTCCCTAGCCTTTCAACTTAGCAAGTCCCCCCGACACCTCGTCGAGACTCCTTCGCCCCCGGAGACGCCTGATCC
TCAAGCTCATCACCCTGGTACCGCTGCTCGTCCTCTGGTTTCAAGAAAAAAGAGTTTCGGCCACCTCCCCGGGTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MNTSSPANSSISTAAVAGRCTTNAAMSLDDFRFPANLISVPERKDEAMTALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGANCHAIPYQKSCDCARFRQYSVS
FIQSTKMLVENLSLAFQLSKSPRHLVETPSPPETPDPQAHHPGTAARPLVSRKKSFGHLPG

Clc09G12500 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome