; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc10G02640 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc10G02640
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionhomeobox-leucine zipper protein HAT4
Genome locationClcChr10:2652300..2654517
RNA-Seq ExpressionClc10G02640
SyntenyClc10G02640
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000047 - Helix-turn-helix motif
IPR001356 - Homeobox domain
IPR003106 - Leucine zipper, homeobox-associated
IPR006712 - HD-ZIP protein, N-terminal
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017970 - Homeobox, conserved site


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6577673.1 Homeobox-leucine zipper protein HAT2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.6e-13693.24Show/hide
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XP_022965141.1 homeobox-leucine zipper protein HAT4-like [Cucurbita maxima]4.9e-13291.1Show/hide
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XP_023552456.1 homeobox-leucine zipper protein HAT4 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.2e-13392.23Show/hide
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XP_038906160.1 homeobox-leucine zipper protein HAT4 [Benincasa hispida]4.8e-14397.14Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L6T6 Homeobox domain-containing protein1.8e-12789.64Show/hide
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A0A1S3BJZ9 homeobox-leucine zipper protein HAT49.4e-12989.96Show/hide
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A0A5D3CLM5 Homeobox-leucine zipper protein HAT49.4e-12989.96Show/hide
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A0A6J1E9Y0 homeobox-leucine zipper protein HAT42.0e-13492.88Show/hide
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A0A6J1HKW5 homeobox-leucine zipper protein HAT4-like2.4e-13291.1Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P46600 Homeobox-leucine zipper protein HAT13.2e-7358.28Show/hide
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        E+LKRC E LTEENRRL+KE  ELRALKLSP+ Y  M+PPTTL MCPSCERVA P S++                H+ R + ++PW        F+ + P
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Query:  RS
        RS
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P46601 Homeobox-leucine zipper protein HAT25.8e-7559.61Show/hide
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        MM GK+D LGLSL L F  +H  LQ+NL P+S          WN   + D TS+     LR IDVN  P  ST +CEE+  +SSPNST+SS +SGKRSER
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        E        +G+D D    DR  SRG SDEE+  GETSRKKLRL+KDQSA LEE+FKEHNTLNPKQKLALAK+L LT RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVD
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        CE+LKRC E LTEENRRLQKE  ELR LKLSPQFY  MTPPTTL MCPSCERV  P S++                H+ RP+ INPW +          F
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Query:  NALHPRS
         AL PRS
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P46602 Homeobox-leucine zipper protein HAT35.2e-6854.89Show/hide
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        M+ +DD LGLSL LS   +      +LN MP                         ++W N   S   +   RS LRGIDVNR P +   D E+E A +S
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Query:  SPNSTVSSV-SGKRSEREMNG----------EDLDGDRA-CS-RGISDEEDG-----ETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTP
        SPNSTVSSV SGK+SERE+            ED + +RA CS  G SD+EDG     ++SRKKLRL+K+Q+ VLEE+FKEH+TLNPKQK+ALAKQL L  
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        RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRCCENLT+ENRRLQKEV ELRALKLSP  YMHM PPTTLTMCPSCERVAV  S+S+          A P  + 
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Query:  ARPI-HINPWASAIPAR
        + P+  ++PWA A+P R
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P92953 Homeobox-leucine zipper protein ATHB-46.4e-6653.12Show/hide
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        M  +DD LGLSL L         L+LNLMP + ++ +SS                                   +R S+ G S LRG +VNR   S +  
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Query:  DCEEEAA-MSSPNSTVSSVSGKRSEREM--NGEDLDGDRA-CSR----GISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGL
        D EEEAA +SSPNS VSS+SG + +  +   G++ + +RA CSR    G SD+ED   G+ SRKKLRL+KDQ+ VLEE+FKEH+TLNPKQKLALAKQL L
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          RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRCC+NLTEENRRLQKEV ELRALKLSP  YMHMTPPTTLTMCPSCERV+         PST+  PT V   
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Query:  GQAQPQAHHARPIHINPWAS
        G+  PQ        + PW +
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Q05466 Homeobox-leucine zipper protein HAT45.4e-8161.59Show/hide
Query:  MMAGKDDNLGLSLGLSFDSHHLQLNLMP----------------SSWNND-----ASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEEAAMSSPNSTVSS
        MM  KDD LGLSLGL+F    + L   P                SSWN        +SD + +  R+ +RGIDVNR PPS+    +E+A +SSPNSTVSS
Subjt:  MMAGKDDNLGLSLGLSFDSHHLQLNLMP----------------SSWNND-----ASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEEAAMSSPNSTVSS

Query:  VSGKRSEREMNGEDLDGDRACSRGISDEEDGETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFL
         +GKRSERE      D D   SRGISD+EDG+ SRKKLRL+KDQSA+LEE+FK+H+TLNPKQK ALAKQLGL  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFL
Subjt:  VSGKRSEREMNGEDLDGDRACSRGISDEEDGETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFL

Query:  KRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHHARPIHINPWASAI---PARPFNALHP
        +RCCENLTEENRRLQKEV ELRALKLSPQFYMHM+PPTTLTMCPSCE V+VPP    QP       QA   AHH R + +N WA A        F+AL P
Subjt:  KRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHHARPIHINPWASAI---PARPFNALHP

Query:  RS
        RS
Subjt:  RS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G44910.1 homeobox-leucine zipper protein 44.5e-6753.12Show/hide
Query:  MAGKDDNLGLSLGLSFDSH---HLQLNLMPSSWNNDASS-----------------------------------DRTSETGRSLLRGIDVNRMPPS-STA
        M  +DD LGLSL L         L+LNLMP + ++ +SS                                   +R S+ G S LRG +VNR   S +  
Subjt:  MAGKDDNLGLSLGLSFDSH---HLQLNLMPSSWNNDASS-----------------------------------DRTSETGRSLLRGIDVNRMPPS-STA

Query:  DCEEEAA-MSSPNSTVSSVSGKRSEREM--NGEDLDGDRA-CSR----GISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGL
        D EEEAA +SSPNS VSS+SG + +  +   G++ + +RA CSR    G SD+ED   G+ SRKKLRL+KDQ+ VLEE+FKEH+TLNPKQKLALAKQL L
Subjt:  DCEEEAA-MSSPNSTVSSVSGKRSEREM--NGEDLDGDRA-CSR----GISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGL

Query:  TPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVA-------VPPSTSAQPTHVTRI
          RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRCC+NLTEENRRLQKEV ELRALKLSP  YMHMTPPTTLTMCPSCERV+         PST+  PT V   
Subjt:  TPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVA-------VPPSTSAQPTHVTRI

Query:  GQAQPQAHHARPIHINPWAS
        G+  PQ        + PW +
Subjt:  GQAQPQAHHARPIHINPWAS

AT3G60390.1 homeobox-leucine zipper protein 33.7e-6954.89Show/hide
Query:  MAGKDDNLGLSLGLSFDSHH----LQLNLMP-------------------------SSWNNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEE-AAMS
        M+ +DD LGLSL LS   +      +LN MP                         ++W N   S   +   RS LRGIDVNR P +   D E+E A +S
Subjt:  MAGKDDNLGLSLGLSFDSHH----LQLNLMP-------------------------SSWNNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEE-AAMS

Query:  SPNSTVSSV-SGKRSEREMNG----------EDLDGDRA-CS-RGISDEEDG-----ETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTP
        SPNSTVSSV SGK+SERE+            ED + +RA CS  G SD+EDG     ++SRKKLRL+K+Q+ VLEE+FKEH+TLNPKQK+ALAKQL L  
Subjt:  SPNSTVSSV-SGKRSEREMNG----------EDLDGDRA-CS-RGISDEEDG-----ETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTP

Query:  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHH
        RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRCCENLT+ENRRLQKEV ELRALKLSP  YMHM PPTTLTMCPSCERVAV  S+S+          A P  + 
Subjt:  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHH

Query:  ARPI-HINPWASAIPAR
        + P+  ++PWA A+P R
Subjt:  ARPI-HINPWASAIPAR

AT4G16780.1 homeobox protein 23.8e-8261.59Show/hide
Query:  MMAGKDDNLGLSLGLSFDSHHLQLNLMP----------------SSWNND-----ASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEEAAMSSPNSTVSS
        MM  KDD LGLSLGL+F    + L   P                SSWN        +SD + +  R+ +RGIDVNR PPS+    +E+A +SSPNSTVSS
Subjt:  MMAGKDDNLGLSLGLSFDSHHLQLNLMP----------------SSWNND-----ASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEEAAMSSPNSTVSS

Query:  VSGKRSEREMNGEDLDGDRACSRGISDEEDGETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFL
         +GKRSERE      D D   SRGISD+EDG+ SRKKLRL+KDQSA+LEE+FK+H+TLNPKQK ALAKQLGL  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFL
Subjt:  VSGKRSEREMNGEDLDGDRACSRGISDEEDGETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFL

Query:  KRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHHARPIHINPWASAI---PARPFNALHP
        +RCCENLTEENRRLQKEV ELRALKLSPQFYMHM+PPTTLTMCPSCE V+VPP    QP       QA   AHH R + +N WA A        F+AL P
Subjt:  KRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHHARPIHINPWASAI---PARPFNALHP

Query:  RS
        RS
Subjt:  RS

AT4G17460.1 Homeobox-leucine zipper protein 4 (HB-4) / HD-ZIP protein2.3e-7458.28Show/hide
Query:  MMAGKDDNLGLSLGLSF-DSHHLQLNLMPSS----------WNNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEEAAMSSPNSTVSS-VSGKR--SE
        MM GK+D LGLSL L F  +H LQLNL P+S          WN    S  + +  +  LR IDVN +P  +T D EEE  +SSPNST+SS VSGKR  +E
Subjt:  MMAGKDDNLGLSLGLSF-DSHHLQLNLMPSS----------WNNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEEAAMSSPNSTVSS-VSGKR--SE

Query:  REMN-----GEDLD--GDRACSRGISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDC
        RE       G+DLD   DR+ SRG SDEE+   GET RKKLRL+KDQSAVLE++FKEHNTLNPKQKLALAK+LGLT RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDC
Subjt:  REMN-----GEDLD--GDRACSRGISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDC

Query:  EFLKRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHHARPIHINPWASAIPARPFNALHP
        E+LKRC E LTEENRRL+KE  ELRALKLSP+ Y  M+PPTTL MCPSCERVA P S++                H+ R + ++PW        F+ + P
Subjt:  EFLKRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHHARPIHINPWASAIPARPFNALHP

Query:  RS
        RS
Subjt:  RS

AT5G47370.1 Homeobox-leucine zipper protein 4 (HB-4) / HD-ZIP protein4.1e-7659.61Show/hide
Query:  MMAGKDDNLGLSLGLSFDSHH--LQLNLMPSS----------WNNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEEAAMSSPNSTVSS-VSGKRSER
        MM GK+D LGLSL L F  +H  LQ+NL P+S          WN   + D TS+     LR IDVN  P  ST +CEE+  +SSPNST+SS +SGKRSER
Subjt:  MMAGKDDNLGLSLGLSFDSHH--LQLNLMPSS----------WNNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEEAAMSSPNSTVSS-VSGKRSER

Query:  E-------MNGEDLD---GDRACSRGISDEED--GETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVD
        E        +G+D D    DR  SRG SDEE+  GETSRKKLRL+KDQSA LEE+FKEHNTLNPKQKLALAK+L LT RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVD
Subjt:  E-------MNGEDLD---GDRACSRGISDEED--GETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVD

Query:  CEFLKRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHHARPIHINPWAS----AIPARPF
        CE+LKRC E LTEENRRLQKE  ELR LKLSPQFY  MTPPTTL MCPSCERV  P S++                H+ RP+ INPW +          F
Subjt:  CEFLKRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHHARPIHINPWAS----AIPARPF

Query:  NALHPRS
         AL PRS
Subjt:  NALHPRS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATGGCTGGGAAAGATGATAATCTTGGATTAAGCCTTGGATTGAGCTTTGATTCTCATCATTTACAGCTCAATCTCATGCCTTCTTCTTGGAATAACGATGCTTCTTC
AGATCGGACATCGGAAACAGGGCGATCGCTACTCCGAGGCATCGATGTGAACCGGATGCCGCCGTCGTCAACGGCGGATTGTGAAGAGGAGGCGGCGATGTCGAGTCCTA
ACAGTACGGTTTCGAGTGTGAGTGGGAAACGGAGTGAACGAGAGATGAACGGCGAAGATCTGGACGGAGATAGAGCTTGTTCTAGAGGAATTAGTGATGAAGAAGACGGA
GAAACTTCTAGAAAAAAGCTTCGGCTTACTAAAGATCAGTCCGCCGTCTTGGAAGAAAGCTTCAAAGAACACAACACTCTCAATCCTAAGCAAAAGTTAGCGTTGGCGAA
ACAGTTAGGTCTAACGCCAAGACAAGTCGAAGTCTGGTTCCAAAACAGAAGGGCAAGGACAAAATTGAAGCAAACGGAAGTAGATTGCGAGTTTCTAAAGAGATGTTGTG
AGAATCTAACGGAGGAGAATAGGCGGTTGCAAAAGGAAGTACAAGAACTGAGAGCACTCAAACTTTCCCCACAGTTCTACATGCACATGACCCCACCCACCACCCTCACC
ATGTGCCCCTCATGTGAGCGAGTCGCGGTCCCACCCTCCACGTCAGCCCAACCTACGCATGTGACACGAATAGGCCAGGCCCAACCTCAGGCCCACCACGCTCGGCCCAT
CCACATCAACCCCTGGGCCTCCGCCATCCCCGCCCGGCCCTTCAACGCCCTACACCCTCGCTCGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TTTTTTTTTAAAATTTTTTCTCTCTTTCTTTCTATATAATCCTCTTTTCTCCCCTTCTACTTGGACCACAACTCCTCAACCCTTCTTCTTCTTTCTTTCTTTCTTACTTC
TCTCTAAAGACTCAAGAAATTTTCACACGTCAAAAACTATGATGGCTGGGAAAGATGATAATCTTGGATTAAGCCTTGGATTGAGCTTTGATTCTCATCATTTACAGCTC
AATCTCATGCCTTCTTCTTGGAATAACGATGCTTCTTCAGATCGGACATCGGAAACAGGGCGATCGCTACTCCGAGGCATCGATGTGAACCGGATGCCGCCGTCGTCAAC
GGCGGATTGTGAAGAGGAGGCGGCGATGTCGAGTCCTAACAGTACGGTTTCGAGTGTGAGTGGGAAACGGAGTGAACGAGAGATGAACGGCGAAGATCTGGACGGAGATA
GAGCTTGTTCTAGAGGAATTAGTGATGAAGAAGACGGAGAAACTTCTAGAAAAAAGCTTCGGCTTACTAAAGATCAGTCCGCCGTCTTGGAAGAAAGCTTCAAAGAACAC
AACACTCTCAATCCTAAGCAAAAGTTAGCGTTGGCGAAACAGTTAGGTCTAACGCCAAGACAAGTCGAAGTCTGGTTCCAAAACAGAAGGGCAAGGACAAAATTGAAGCA
AACGGAAGTAGATTGCGAGTTTCTAAAGAGATGTTGTGAGAATCTAACGGAGGAGAATAGGCGGTTGCAAAAGGAAGTACAAGAACTGAGAGCACTCAAACTTTCCCCAC
AGTTCTACATGCACATGACCCCACCCACCACCCTCACCATGTGCCCCTCATGTGAGCGAGTCGCGGTCCCACCCTCCACGTCAGCCCAACCTACGCATGTGACACGAATA
GGCCAGGCCCAACCTCAGGCCCACCACGCTCGGCCCATCCACATCAACCCCTGGGCCTCCGCCATCCCCGCCCGGCCCTTCAACGCCCTACACCCTCGCTCGTAAATACC
CCTCCCCCACCGACGAGGGCAACTCCGTCTTTTCCTTAGGATCAGGTTGTTGGGCCGGGATTTGGTGGGCCTCTGTGTTTTCTAATGTTCGGCCCATCTTGTCATGATTA
GGGTTGGAGTAGTTTATTTGTCTTAGCGGCAAGCAATACCCTTTTTTCTTTTCTTTGTAATATTTTAGGGGAAATGAAGTTGGGGGAAAAAAAAATAATAATAAAATTAT
ATATATATGGTTGGAAGGTGAGATAGAAAAAGGGGTTTTGAGTTGTAAAGTGAACAATGAGATGTCTAATTAATTTTCTTTTATTAAATTTAAACTAATCTTAAATTTAT
TCATTTCTAAATTAAAATATATACACATTACGTAGCCAATTTATTAACATGTTTACTAATATATATTCTAATGATGTTACATCATCATGTTGTCTAAATTTAGATATTTA
CAAAGTTTGATCATATATATATATATATATATATATATA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MMAGKDDNLGLSLGLSFDSHHLQLNLMPSSWNNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRMPPSSTADCEEEAAMSSPNSTVSSVSGKRSEREMNGEDLDGDRACSRGISDEEDG
ETSRKKLRLTKDQSAVLEESFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLTPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTEENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLT
MCPSCERVAVPPSTSAQPTHVTRIGQAQPQAHHARPIHINPWASAIPARPFNALHPRS