; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc11G02460 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc11G02460
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionprotein SPEAR1
Genome locationClcChr11:2389245..2392011
RNA-Seq ExpressionClc11G02460
SyntenyClc11G02460
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
InterPro domainsIPR040356 - SPEAR family


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LFV0 SPOROCYTELESS-like EAR-containing protein 11.2e-8887.86Show/hide
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A0A1S3C7M3 protein SPEAR12.2e-9089.27Show/hide
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A0A6J1G472 protein SPEAR1-like3.0e-6873.91Show/hide
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A0A6J1HQB1 protein SPEAR1-like8.8e-6871.92Show/hide
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A0A6J1KB48 protein SPEAR3-like isoform X15.0e-7176.35Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q6IDB0 Protein SPEAR31.1e-2743.13Show/hide
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Q84X40 Protein SPEAR18.1e-2641.06Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G20080.1 unknown protein5.7e-2741.06Show/hide
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AT2G20080.2 unknown protein4.0e-2036.95Show/hide
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          N   + Q  +   +Y+R             +++ W+PS   LE+QH  +PN+T H  N     +  ++        S+GS  Q+S SSE QE+DLELR
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AT4G28840.1 unknown protein8.0e-2943.13Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGGAGTGGTTATTTTGGGGAGATGAATATGGGGAATAATAATATTGAAAAGAGGAGAAGTGGGTCGCCGGCGGCGGCGGCAACGGGGAGGAGAGGGAGGAAAGGAGG
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GTCAAAATTCTGAATCAAGTGAGACTCAAGAGCTAGATTTGGAGTTGAGGTTGTCAATCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TTTTTTTTTCTGGAGATCCTATGGGGAGTGGTTATTTTGGGGAGATGAATATGGGGAATAATAATATTGAAAAGAGGAGAAGTGGGTCGCCGGCGGCGGCGGCAACGGGG
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TTATACCCACTTGTATCCAAATCTCTCCGCCGGAGATGATATGAGAATGCAAACAACAGCTTCTTTTAATTCCTACTCCTCAACTCAATCATCTTATTCATCTCCTAATT
CCTATGCCTTCCACCAAAATTTTTTGGGAATGGGAGAATATGAAAGAGGAAGCTTTAGATATGGCGATTCTCAGCCCACAACAACTTCTTCTTTAAGATGGGACCCAAGT
AATACATTCCTGGAGACCCAACATTTTGGGCAACCAAACATGACTGGTCACCTTTTCAATCCTCATGTACAGGATTCAATTCACAAGAACATGAATACAAAATATGGGGG
TGATTCAATGGGCTCAAGCAGTCAAAATTCTGAATCAAGTGAGACTCAAGAGCTAGATTTGGAGTTGAGGTTGTCAATCTAATTAATAAAAGTGGGGTTAACAAAATATA
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