; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc11G17700 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc11G17700
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationClcChr11:28420298..28427030
RNA-Seq ExpressionClc11G17700
SyntenyClc11G17700
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
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IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
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IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
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        +   +HI  L+RNV + H+ EIF  +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
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          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q28E41 RNA-binding protein with serine-rich domain 14.2e-2143.8Show/hide
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        +R RRS  SGS SSSRSRS S S S S S S S S S S S S SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RR+R+ S   KR     ++ SP  
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            +HI  L+RNV + H+ EIF  +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q3KPW1 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-B3.6e-2043.02Show/hide
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        ++ RRS  SGS SSSRSR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RR+R+ S   KR     ++ SP  
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            +HI  L+RNV + H+ EIF  +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q4R5N1 RNA-binding protein with serine-rich domain 14.7e-2042.64Show/hide
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        +R RRS  SGS SS+RSRS S S S SS+ + S S S S S S SRS SSS+S S S SS S SP P R+   +  RR+R+ S P KR     ++ SP  
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        +   +HI  L+RNV + H+ EIF  +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
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          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR451.9e-10967.13Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIFGNFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        +  PKRD PK +N   DA+KD   +R R+ SP+RK  LSPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RR      R D+PPRRRPASP RG    SP
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          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR   AGRRGRSSSYS SPSPR++ R++
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          SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 451.3e-11067.13Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIFGNFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        +  PKRD PK +N   DA+KD   +R R+ SP+RK  LSPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RR      R D+PPRRRPASP RG    SP
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          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR   AGRRGRSSSYS SPSPR++ R++
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          SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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AT1G16610.2 arginine/serine-rich 457.2e-10966.51Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIFGNFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        +  PKRD PK +N   DA+KD       P   R+ LSPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RR      R D+PPRRRPASP RG    SP  
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        RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR   AGRRGRSSSYS SPSPR++ R++  
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Query:  SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.3 arginine/serine-rich 452.1e-10865.38Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PP  + +  P
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        +  PKRD PK +N   DA+KD   +R R+ SP+RK  LSPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RR      R D+PPRRRPASP RG    SP
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Query:  LARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRR----------GRPAAAGRRGRSSSYSGS
          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+          G    AGRRGRSSSYS S
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Query:  PSPRKVARRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        PSPR++ R++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGGTCGGGTTCCTCCTCACGTTCCCGCTCATTCTCCGGCTCTGATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCGCGCTC
CAGGTCTGCCTCTGTCTCCCGCTCCCGTTCTCGTTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGCCGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAA
AGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGCGGACTCGCGCTTCATCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCAC
ATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCACGAGGGTCATTTAAGAGAAATCTTCGGTAATTTTGGTGAAGTGGTCAATGTTGAGCTTGCAATGGATCGCACAGTCAACCTTCC
TAAAGGATACGGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATTCGAGCAAGATTTACAT
TGCCTCAAAGACAGAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACCGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGACAAGGATGACATG
AAAAGACAGAGAGATCCCTCTCCTCGTCGAAAACCTCTTTCACCTAGAAGGCGCTCGCCTGTTGGTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCCGATTCTCCACGCCG
TCGTCCGGAGTCTCCCCCACGTCGCCGTGTAGAATCTCCTTTTCGTCGCGATTCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCATGAGAGGTGGCCGTTCCCCATCGCCTT
TGGCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGAACACCACCTCGGCGT
GCTCGTAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCTGTAGTTCGTAGACGAAGCCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGTTCCCGATCATTTTCACCACGGAGAGGTCGGCC
GGCAGCTGCTGGTAGACGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGGGTCACCTAGTCCACGCAAGGTGGCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGGAGAA
GCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCTCGTAAGCCATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAAAAAAAAAAGTTATCGAAAGGAAAAAAATTCGTCTCCTCTCTCCTATTTTGGTCATTTCACCTCCGTAGAATTACATCTCGACCATTTTTCAGTGTCGGTTCTCCTT
TCATTGTCTCTGACGGGTTTAAGCTAGGGTTTCAATCTTCACTCTGCACCTATTGCCGGCCATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGGTCGGGTT
CCTCCTCACGTTCCCGCTCATTCTCCGGCTCTGATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCGCGCTCCAGGTCTGCCTCTGTCTCCCGCTCCCGTTCTCGTTCCAGGTCCATTTCC
TCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGCCGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAAAGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGCGGACTCGCGCTTCATCTCCACCAGC
TAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCACATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCACGAGGGTCATTTAAGAGAAATCT
TCGGTAATTTTGGTGAAGTGGTCAATGTTGAGCTTGCAATGGATCGCACAGTCAACCTTCCTAAAGGATACGGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAA
GCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATTCGAGCAAGATTTACATTGCCTCAAAGACAGAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACCGT
TCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGACAAGGATGACATGAAAAGACAGAGAGATCCCTCTCCTCGTCGAAAACCTCTTTCACCTAGAA
GGCGCTCGCCTGTTGGTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCCGATTCTCCACGCCGTCGTCCGGAGTCTCCCCCACGTCGCCGTGTAGAATCTCCTTTTCGTCGC
GATTCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCATGAGAGGTGGCCGTTCCCCATCGCCTTTGGCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCG
TGGCAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGAACACCACCTCGGCGTGCTCGTAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCTGTAGTTCGTAGACGAAGCCGTT
CACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGTTCCCGATCATTTTCACCACGGAGAGGTCGGCCGGCAGCTGCTGGTAGACGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGGGTCACCT
AGTCCACGCAAGGTGGCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGGAGAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCTCGTAAGCCATAAGA
ACTCTACACATCTTTCTTTCTCTAATTCTCTGTGTATTCCAAAAGATGCGACGTTTTTTCTTCCCCATCTGGTAAAAGCTTTCTTGTACCAAAAATATTTGGATTAAATG
CCTATTTTGGCTTTGTTTGTAGTTAGTTTTCCTGTGTTACTATTGGATTAAAACATTTAGATATACTTTGTTCTAATTGCAGTCTGTCGTATTATTACACTTCTACTATT
CAAAGCTCCAGACGTGGAGTTCCCCCTTTTATTCTGTTTATGCTGATGACTTACGTTCCCCTTGTTCTTTTAATCCTTTACATGAAATTATAGGTTTGTTCTCACGTGTC
T
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRTRASSPPAKRSSPPPRKPSPVRESLVLH
IDALSRNVHEGHLREIFGNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKRDGPKPENVGPDADKDDM
KRQRDPSPRRKPLSPRRRSPVGRRGGSPRRQPDSPRRRPESPPRRRVESPFRRDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPPRR
ARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPAAAGRRGRSSSYSGSPSPRKVARRVSRSPRRPLRGRSSSRSSSSSSPPRKP