; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc11G18710 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc11G18710
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionTGA transcription factor
Genome locationClcChr11:29254635..29255754
RNA-Seq ExpressionClc11G18710
SyntenyClc11G18710
Gene Ontology termsGO:0006351 - transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR025422 - Transcription factor TGA like domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6591766.1 Protein DOG1-like 4, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.1e-10785.47Show/hide
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KAG7024648.1 Protein DOG1-like 4, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.7e-10785.47Show/hide
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XP_022935985.1 protein DOG1-like 4 [Cucurbita moschata]1.2e-10785.9Show/hide
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XP_022976023.1 protein DOG1-like 4 [Cucurbita maxima]1.0e-10685.47Show/hide
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XP_038896732.1 protein DOG1-like 4 [Benincasa hispida]7.9e-10786.7Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L389 DOG1 domain-containing protein1.1e-10688.36Show/hide
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        MSG GFNFTSFYATWFDHLHRL+DQLSSTA   K NHN+SSA    LV+TVMSHYSDYYRVKS+AAERDPLSVFSAPWATSLERSLHWIAGWRPTTTFHL
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A0A1S3CLK4 transcription factor HBP-1b(C1)1.1e-10687.23Show/hide
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A0A5A7VNB0 Transcription factor HBP-1b(C1)1.1e-10687.23Show/hide
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        T KQAVEF IAAAELQFGVRGWGL+QDRQR N  D
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A0A6J1FCB7 protein DOG1-like 45.9e-10885.9Show/hide
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         KQAVEFLIAAAELQFGVRGWGLNQDR+R+N+ D
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A0A6J1IKW4 protein DOG1-like 45.0e-10785.47Show/hide
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        Y+ESSILFESR+VDIL GLRTGDLGDLSPSQF RVSELQCQTVEEENAIT+ELSEWQD+VSELIGTRTE+T +VEGLVSIIKKADDLRLRT+QKVVELLT
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         KQAVEFLIAAAELQFGVRGWGLNQDR+R+N+ D
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0SVK0 Protein DELAY OF GERMINATION 15.1e-1624.39Show/hide
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        Y  W     + I +L     A + +H     D  L +L   ++  + +Y   ++  A R   + ++  W + LE +L W+ G RP++ F L+Y+      
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        E R+   LR         G     L DLS  Q  +++ L  + ++EE  +T+++S  Q+D +++           +G    V  +      E +  ++ +
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Query:  ADDLRLRTMQKVVELLTTKQAVEFLIAAAELQFGVRGWGLNQDRQR
        AD+LR+ T+ K++ +L+  Q  +FL+A  +L   +  WG  +DR+R
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O24160 TGACG-sequence-specific DNA-binding protein TGA-2.17.4e-1527.7Show/hide
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        +G   F + Y+ W +  ++ I++L    TAV  N + S  +L  +V  V +H+ + +RVK  AA+ D   V S  W T  ER   WI G+RP+    L+ 
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        ++   L E ++  I    ++    + + SQ    + +   +T+   +   E  S    DV+  +G      G++  L   +++AD+LR +T+Q++  +LT
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        T+Q+   L+A  E
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Q39140 Transcription factor TGA69.7e-1526.79Show/hide
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        +G   F + ++ W +  +R +++L S       N +    +L  +V+ VM+HY + +R+KS AA+ D   + S  W T  ER   W+ G+R +    L+ 
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        ++   + E +++ I    +T    + + SQ   +  LQ Q++ +  +     S   D+V+  +G      G++  L   I++AD+LRL+T+Q+++ +LTT
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Query:  KQAVEFLIA
        +Q+   L+A
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Q41558 Transcription factor HBP-1b(c1) (Fragment)8.8e-1626.42Show/hide
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        +G   F   YA W +  ++ I++L + A     N +    DL ++V+++MS Y +++R+K VAA+ D   V S  W T  ER   W+ G+R +    L+ 
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         +   L E ++  I    ++    + + SQ   +  LQ    E   + +   +    +V+  +G      G++  L + +++AD+LRL+T+Q++  +LTT
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Query:  KQAVEFLIAAAE
        +Q+   L+A ++
Subjt:  KQAVEFLIAAAE

Q6IVC2 Transcription factor TGAL19.7e-1523.91Show/hide
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        +G   F   YA W +  ++ I++L +       N +    DL   V+++M+HY++ +++K VAA+ D   V S  W T  ER   W+ G+R +    L+ 
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Query:  SESSILFESRMVDILRGLRTGDLGDLSPSQFRRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSELI------------------GTRTEVTGRVEGLVSIIKK
                            G L  L+  Q   ++ LQ  + + E+A+++ +   Q  ++E +                  G      G++  L + +++
Subjt:  SESSILFESRMVDILRGLRTGDLGDLSPSQFRRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSELI------------------GTRTEVTGRVEGLVSIIKK

Query:  ADDLRLRTMQKVVELLTTKQAVEFLIAAAE
        AD+LRL+T+Q++  +LTT+Q+   L+A ++
Subjt:  ADDLRLRTMQKVVELLTTKQAVEFLIAAAE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G12250.1 TGACG motif-binding factor 66.9e-1626.79Show/hide
Query:  SGGFNFTSFYATWFDHLHRLIDQLSSTATAVKSNHNTSSADLARLVETVMSHYSDYYRVKSVAAERDPLSVFSAPWATSLERSLHWIAGWRPTTTFHLIY
        +G   F + ++ W +  +R +++L S       N +    +L  +V+ VM+HY + +R+KS AA+ D   + S  W T  ER   W+ G+R +    L+ 
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Query:  SESSILFESRMVDILRGLRTGDLGDLSPSQFRRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSELIGTRTEVTGRVEGLVSIIKKADDLRLRTMQKVVELLTT
        ++   + E +++ I    +T    + + SQ   +  LQ Q++ +  +     S   D+V+  +G      G++  L   I++AD+LRL+T+Q+++ +LTT
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Query:  KQAVEFLIA
        +Q+   L+A
Subjt:  KQAVEFLIA

AT3G12250.2 TGACG motif-binding factor 66.9e-1626.79Show/hide
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        +G   F + ++ W +  +R +++L S       N +    +L  +V+ VM+HY + +R+KS AA+ D   + S  W T  ER   W+ G+R +    L+ 
Subjt:  SGGFNFTSFYATWFDHLHRLIDQLSSTATAVKSNHNTSSADLARLVETVMSHYSDYYRVKSVAAERDPLSVFSAPWATSLERSLHWIAGWRPTTTFHLIY

Query:  SESSILFESRMVDILRGLRTGDLGDLSPSQFRRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSELIGTRTEVTGRVEGLVSIIKKADDLRLRTMQKVVELLTT
        ++   + E +++ I    +T    + + SQ   +  LQ Q++ +  +     S   D+V+  +G      G++  L   I++AD+LRL+T+Q+++ +LTT
Subjt:  SESSILFESRMVDILRGLRTGDLGDLSPSQFRRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSELIGTRTEVTGRVEGLVSIIKKADDLRLRTMQKVVELLTT

Query:  KQAVEFLIA
        +Q+   L+A
Subjt:  KQAVEFLIA

AT3G14880.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transcription factor-related (TAIR:AT4G18650.1)1.8e-6453.16Show/hide
Query:  NFTSFYATWFDHLHRLIDQLSSTATAVKSNHNTSSADLARL---VETVMSHYSDYYRVKSVAAERDPLSVFSAPWATSLERSLHWIAGWRPTTTFHLIYS
        +F  F  +W + L   ++ L S   A   + N+++ D  RL   V+ VM H+ +Y+R K  A ++D + V ++PWA++LERSL W+ GWRPTT FHL+Y+
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Query:  ESSILFESRMVDILRGLRTGDLGDLSPSQF-------RRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSELI-GTRTEVTGRVEGLVSIIKKADDLRLRTMQK
        ESSILFESR+VDILRG RTGDL DLSPSQF       R VSELQC+TV+EENAITEELSEWQDD S+L+ GT ++   R+  L  I+ + DDLRLRT+ +
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        VVE+L+  Q  EFL+AAAEL+ GV GWG + DR+R++
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AT3G14880.2 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown1.5e-6654.78Show/hide
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        +F  F  +W + L   ++ L S   A   + N+++ D  RL   V+ VM H+ +Y+R K  A ++D + V ++PWA++LERSL W+ GWRPTT FHL+Y+
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Query:  ESSILFESRMVDILRGLRTGDLGDLSPSQFRRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSELI-GTRTEVTGRVEGLVSIIKKADDLRLRTMQKVVELLTT
        ESSILFESR+VDILRG RTGDL DLSPSQFR VSELQC+TV+EENAITEELSEWQDD S+L+ GT ++   R+  L  I+ + DDLRLRT+ +VVE+L+ 
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Query:  KQAVEFLIAAAELQFGVRGWGLNQDRQRAN
         Q  EFL+AAAEL+ GV GWG + DR+R++
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AT5G45830.1 delay of germination 13.6e-1724.39Show/hide
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        Y  W     + I +L     A + +H     D  L +L   ++  + +Y   ++  A R   + ++  W + LE +L W+ G RP++ F L+Y+      
Subjt:  YATWFDHLHRLIDQLSSTATAVKSNHNTSSAD--LARLVETVMSHYSDYYRVKSVAAERDPLSVFSAPWATSLERSLHWIAGWRPTTTFHLIYSESSILF

Query:  ESRMVDILR---------GLRTGDLGDLSPSQFRRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSEL-----------IGTRTEVTGRV-----EGLVSIIKK
        E R+   LR         G     L DLS  Q  +++ L  + ++EE  +T+++S  Q+D +++           +G    V  +      E +  ++ +
Subjt:  ESRMVDILR---------GLRTGDLGDLSPSQFRRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSEL-----------IGTRTEVTGRV-----EGLVSIIKK

Query:  ADDLRLRTMQKVVELLTTKQAVEFLIAAAELQFGVRGWGLNQDRQR
        AD+LR+ T+ K++ +L+  Q  +FL+A  +L   +  WG  +DR+R
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGCGGCGGATTCAACTTCACGAGCTTCTACGCCACCTGGTTCGACCACCTCCACCGCCTCATCGACCAGCTCTCCTCCACCGCCACCGCCGTCAAGTCCAACCACAA
CACTTCCTCTGCCGATCTCGCCCGCCTCGTCGAAACCGTCATGTCTCACTACTCCGATTACTACCGCGTGAAGTCCGTGGCCGCCGAGCGCGACCCACTGTCTGTGTTCT
CGGCGCCATGGGCCACCTCTCTTGAACGATCCCTCCATTGGATCGCTGGGTGGCGTCCCACTACTACTTTTCATCTCATTTATTCTGAGTCCTCCATTCTCTTTGAATCA
CGCATGGTCGATATTCTTCGCGGTCTTCGCACTGGCGACCTCGGCGACCTCTCCCCGTCGCAGTTTCGCCGCGTTAGCGAGCTCCAATGTCAAACGGTGGAGGAGGAGAA
TGCGATAACGGAGGAGCTGTCGGAGTGGCAGGACGATGTGAGCGAACTGATCGGAACGAGGACGGAGGTGACGGGGAGGGTTGAAGGTCTGGTTAGCATTATAAAGAAAG
CTGACGATCTCCGCCTGAGGACAATGCAAAAAGTGGTGGAGCTTCTCACCACCAAGCAGGCCGTCGAGTTCCTCATCGCTGCCGCCGAGCTCCAGTTCGGTGTTCGGGGT
TGGGGACTGAATCAGGACCGTCAACGTGCCAATCATCCAGACACTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TCTACTCTTCCAATTAACGCTCTTTCAGCGTCAGGGAAAACCGGTACCCAAATGAGCGGCGGATTCAACTTCACGAGCTTCTACGCCACCTGGTTCGACCACCTCCACCG
CCTCATCGACCAGCTCTCCTCCACCGCCACCGCCGTCAAGTCCAACCACAACACTTCCTCTGCCGATCTCGCCCGCCTCGTCGAAACCGTCATGTCTCACTACTCCGATT
ACTACCGCGTGAAGTCCGTGGCCGCCGAGCGCGACCCACTGTCTGTGTTCTCGGCGCCATGGGCCACCTCTCTTGAACGATCCCTCCATTGGATCGCTGGGTGGCGTCCC
ACTACTACTTTTCATCTCATTTATTCTGAGTCCTCCATTCTCTTTGAATCACGCATGGTCGATATTCTTCGCGGTCTTCGCACTGGCGACCTCGGCGACCTCTCCCCGTC
GCAGTTTCGCCGCGTTAGCGAGCTCCAATGTCAAACGGTGGAGGAGGAGAATGCGATAACGGAGGAGCTGTCGGAGTGGCAGGACGATGTGAGCGAACTGATCGGAACGA
GGACGGAGGTGACGGGGAGGGTTGAAGGTCTGGTTAGCATTATAAAGAAAGCTGACGATCTCCGCCTGAGGACAATGCAAAAAGTGGTGGAGCTTCTCACCACCAAGCAG
GCCGTCGAGTTCCTCATCGCTGCCGCCGAGCTCCAGTTCGGTGTTCGGGGTTGGGGACTGAATCAGGACCGTCAACGTGCCAATCATCCAGACACTTAAAAAGGGAAGAG
ATTAAATTACAAGTTTTTAGTCTTCCATATTTACATGTGACTTAGAAGAATGTGTTTTTCTCAACTTTTAGTTGTGTATCTATCTTATACAAAATTTATAAATTTCAATT
TTGTTTCTAGAAAAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSGGFNFTSFYATWFDHLHRLIDQLSSTATAVKSNHNTSSADLARLVETVMSHYSDYYRVKSVAAERDPLSVFSAPWATSLERSLHWIAGWRPTTTFHLIYSESSILFES
RMVDILRGLRTGDLGDLSPSQFRRVSELQCQTVEEENAITEELSEWQDDVSELIGTRTEVTGRVEGLVSIIKKADDLRLRTMQKVVELLTTKQAVEFLIAAAELQFGVRG
WGLNQDRQRANHPDT