; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmUC02G029580 (gene) of Watermelon (USVL531) v1 genome

Gene IDCmUC02G029580
OrganismCitrullus mucosospermus (Watermelon (USVL531) v1)
Descriptionexpansin-like A1
Genome locationCmU531Chr02:3407853..3409350
RNA-Seq ExpressionCmUC02G029580
SyntenyCmUC02G029580
Gene Ontology termsGO:0019953 - sexual reproduction (biological process)
GO:0005576 - extracellular region (cellular component)
InterPro domainsIPR007112 - Expansin/pollen allergen, DPBB domain
IPR007117 - Expansin, cellulose-binding-like domain
IPR007118 - Expansin/Lol pI
IPR009009 - RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain
IPR036749 - Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily
IPR036908 - RlpA-like domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8645684.1 hypothetical protein Csa_020448 [Cucumis sativus]2.0e-14692.4Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K2Q2 Uncharacterized protein3.1e-11677.53Show/hide
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A0A1S3BIG0 expansin-like A19.3e-14590.64Show/hide
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A0A5A7TA87 Expansin-like A19.3e-14590.64Show/hide
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A0A6J1C396 expansin-like A11.6e-13683.9Show/hide
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A0A6J1C3L3 expansin-like A11.1e-10870.83Show/hide
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         VPEG ++L ++V+S Y NG+ I A + +PADWKNGEIYDTG++I DIA EYC PW+C +  WK
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q10S70 Expansin-like A11.2e-7255.24Show/hide
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        C+RCVR+S+AA YY  S T   G+CGY   A   +  G+ AAA P+LY+GG GCGACYQVRCKDK LC+ AG ++V+TD+   NRT +VLS  AF+AMA 
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         G A  L     VDVEYKR+PCEY++++L V+V E S  P  L I FLYQGGQTDI AV++AQVG   W+ M R +GP W + + P G LQ+R+VV+  Y
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        D GKW+WA   V+P  W+ GE+YDTGVQI DIA E C P  CD  +WK
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Q7XCL0 Expansin-like A22.5e-7050.94Show/hide
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        +   F++V  + +    C+RCVR+SKA   ++DS  +   G+CGY +LA   + G+ AAA P+L++GG GCGAC+QVRCKD  LC+TAG K+V+TD+  +
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         NRTD+VLS  A++AMA  G A QL     VDVEYKR+PCEY   +NL ++V E S  P  L+I+FLYQGGQTDI AV++A VG   W+ M R+YGP W 
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            P G LQ R+VV+  YD GKW+WA G V+P  W  G +YD GVQI D+A E C P  CD  +WK
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Q9LZT4 Expansin-like A15.0e-7150.19Show/hide
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        FL +++   ++S   C+RC+ +SKAA++   S  S  GAC Y ++A     G+ AAA+PS+YK GAGCGAC+QVRCK+  LC+T GT +++TD N  N+T
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         VP G +Q R VV+  YD GK IW+  V+P++W+ G+IYD GVQI DIA E C P  CD   W
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        R + + +  +FL  SS  A    C+RC+ +SKA+++   S  S  GAC Y  +A     G+ AAA+PS+YK GAGCGAC+QVRCK+  LCN+ GT +++T
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Query:  WDINSVPEGGLQLRMVVSSRYDNGKWIWAGFVIPADWKNGEIYDTGVQINDIAFEYCPPWQCDDGQW
        W  + VP G LQ R VV++ YD GK +W+  V+PA+W+ G+ YD GVQI DIA E C P  CDD  W
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G45960.1 expansin-like A32.8e-6152.88Show/hide
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        +A     G+ AAA+PS+YK GAGCGAC+QVRCK+  LCN+ GT +++TD N  N+TD+VLS +AF AMA  + G  + LL  G+VDVEY+R+PC Y  +N
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Query:  LLVQVVEWSHKPYYLAIKFLYQGGQTDIQAVNIAQVGLPKWRPMKRNYGPIWDINSVPEGGLQLRMVVSSRYDNGKWIWAGFVIPADWKNGEIYDTGVQI
        L V+V E S KP YLAIK LYQGGQT++  ++IA VG  +W  M R++G +W  + VP G LQ +  V+  YD GK +W+  V+PA+W +G IYD GVQI
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Query:  NDIAFEYC
         DIA E C
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AT3G45960.2 expansin-like A32.8e-6949.23Show/hide
Query:  RMYYWFLTFLFLLVSSTTASFPPCNRCVRQSKAAHYYQDSPTSYGGACGYANLALQISQGYFAAAVPSLYKGGAGCGACYQVRCKDKHLCNTAGTKIVLT
        R + + +  +FL  SS  A    C+RC+ +SKA+++   S  S  GAC Y  +A     G+ AAA+PS+YK GAGCGAC+QVRCK+  LCN+ GT +++T
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Query:  DQNNDNRTDIVLSKKAFSAMA--LRGKAQQLLNTGLVDVEYKRIPCEYKNKNLLVQVVEWSHKPYYLAIKFLYQGGQTDIQAVNIAQVGLPKWRPMKRNY
        D N  N+TD+VLS +AF AMA  + G  + LL  G+VDVEY+R+PC Y  +NL V+V E S KP YLAIK LYQGGQT++  ++IA VG  +W  M R++
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Query:  GPIWDINSVPEGGLQLRMVVSSRYDNGKWIWAGFVIPADWKNGEIYDTGVQINDIAFEYC
        G +W  + VP G LQ +  V+  YD GK +W+  V+PA+W +G IYD GVQI DIA E C
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AT3G45970.1 expansin-like A13.6e-7250.19Show/hide
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        FL +++   ++S   C+RC+ +SKAA++   S  S  GAC Y ++A     G+ AAA+PS+YK GAGCGAC+QVRCK+  LC+T GT +++TD N  N+T
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Query:  DIVLSKKAFSAMA--LRGKAQQLLNTGLVDVEYKRIPCEYKNKNLLVQVVEWSHKPYYLAIKFLYQGGQTDIQAVNIAQVG-LPKWRPMKRNYGPIWDIN
        D+VLS +AF AMA  + G  + LL  G+VD+EY+R+PC+Y NKN+ V+V E S KP YL IK LYQGGQT++ +++IAQVG  P W  M R++G +W  +
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Query:  SVPEGGLQLRMVVSSRYDNGKWIWAGFVIPADWKNGEIYDTGVQINDIAFEYCPPWQCDDGQW
         VP G +Q R VV+  YD GK IW+  V+P++W+ G+IYD GVQI DIA E C P  CD   W
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AT4G17030.1 expansin-like B16.5e-4240.72Show/hide
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        S+A +Y   D   +  G CGY      I+ G  +     L+  G GCGACYQVRCK    C+  G  +V TD    + TD +LS KA+  MA  G   QL
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Query:  LNTGLVDVEYKRIPCEYKNKNLLVQVVEWSHKPYYLAIKFLYQGGQTDIQAVNIAQVGLPKWRPMKRNYGPIWDINSVPEGGLQLRMVVSSRYDNG--KW
         + G+V+VEY+RIPC Y   NL+ ++ E S+ P+YLAI  LY GG  DI AV + Q    +WR M+R +G + D+ + P G L LR +V   Y +    W
Subjt:  LNTGLVDVEYKRIPCEYKNKNLLVQVVEWSHKPYYLAIKFLYQGGQTDIQAVNIAQVGLPKWRPMKRNYGPIWDINSVPEGGLQLRMVVSSRYDNG--KW

Query:  IWAGFVIPADWKNGEIYDTGV
        I +   IPADW  G  YD+ +
Subjt:  IWAGFVIPADWKNGEIYDTGV

AT4G38400.1 expansin-like A21.0e-7150.19Show/hide
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        + FL  + LL SS+ A+   C+RC+  SKAA++   S  S  GAC Y ++A     G+ AAA+PS+YK G+GCGAC+QVRCK+  LC++ GT +++TD N
Subjt:  YWFLTFLFLLVSSTTASFPPCNRCVRQSKAAHYYQDSPTSYGGACGYANLALQISQGYFAAAVPSLYKGGAGCGACYQVRCKDKHLCNTAGTKIVLTDQN

Query:  NDNRTDIVLSKKAFSAMA--LRGKAQQLLNTGLVDVEYKRIPCEYKNKNLLVQVVEWSHKPYYLAIKFLYQGGQTDIQAVNIAQVGLPKWRPMKRNYGPI
          N+TD+VLS +AF AMA  + G  + LL  G+VD+EY+R+PC+Y NK + V+V E S  P YLAIK LYQGGQT++ A+ IAQVG   W  M R++G +
Subjt:  NDNRTDIVLSKKAFSAMA--LRGKAQQLLNTGLVDVEYKRIPCEYKNKNLLVQVVEWSHKPYYLAIKFLYQGGQTDIQAVNIAQVGLPKWRPMKRNYGPI

Query:  WDINSVPEGGLQLRMVVSSRYDNGKWIWAGFVIPADWKNGEIYDTGVQINDIAFEYCPPWQCDDGQW
        W  + VP G LQ R VV++ YD GK +W+  V+PA+W+ G+ YD GVQI DIA E C P  CDD  W
Subjt:  WDINSVPEGGLQLRMVVSSRYDNGKWIWAGFVIPADWKNGEIYDTGVQINDIAFEYCPPWQCDDGQW


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAAAGAGGAAAAAGAAGAATGTATTATTGGTTCCTCACCTTCCTCTTCTTGCTCGTCTCCTCTACTACGGCTTCTTTTCCTCCTTGTAATCGTTGTGTTCGTCAATC
CAAAGCTGCTCATTACTATCAAGATTCACCTACTTCATATGGAGGTGCTTGTGGTTATGCAAATTTAGCATTGCAAATCTCTCAAGGCTACTTTGCAGCTGCTGTCCCTT
CCCTTTACAAGGGAGGAGCAGGTTGTGGCGCTTGCTACCAAGTAAGATGCAAAGACAAACATCTATGCAATACTGCAGGGACTAAAATAGTTTTGACAGATCAAAATAAT
GATAATAGAACAGATATTGTTCTTAGTAAGAAAGCTTTCTCTGCAATGGCTTTAAGAGGAAAAGCTCAACAACTTTTGAATACTGGACTCGTCGATGTAGAATACAAAAG
GATACCTTGTGAATACAAAAATAAAAATCTATTGGTACAAGTGGTAGAATGGAGCCACAAACCATACTATTTGGCAATCAAATTCCTATATCAAGGAGGTCAAACAGACA
TACAAGCGGTTAACATAGCTCAGGTGGGTTTACCAAAATGGCGCCCTATGAAAAGAAATTATGGACCTATTTGGGATATTAATAGTGTGCCTGAAGGAGGATTACAATTG
AGAATGGTAGTAAGTTCAAGATATGATAATGGAAAATGGATTTGGGCAGGTTTTGTGATCCCAGCTGATTGGAAAAATGGTGAAATTTATGATACTGGAGTTCAAATTAA
TGATATTGCTTTTGAATATTGCCCTCCTTGGCAATGTGATGATGGACAATGGAAATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGAAAGAGGAAAAAGAAGAATGTATTATTGGTTCCTCACCTTCCTCTTCTTGCTCGTCTCCTCTACTACGGCTTCTTTTCCTCCTTGTAATCGTTGTGTTCGTCAATC
CAAAGCTGCTCATTACTATCAAGATTCACCTACTTCATATGGAGGTGCTTGTGGTTATGCAAATTTAGCATTGCAAATCTCTCAAGGCTACTTTGCAGCTGCTGTCCCTT
CCCTTTACAAGGGAGGAGCAGGTTGTGGCGCTTGCTACCAAGTAAGATGCAAAGACAAACATCTATGCAATACTGCAGGGACTAAAATAGTTTTGACAGATCAAAATAAT
GATAATAGAACAGATATTGTTCTTAGTAAGAAAGCTTTCTCTGCAATGGCTTTAAGAGGAAAAGCTCAACAACTTTTGAATACTGGACTCGTCGATGTAGAATACAAAAG
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TGATATTGCTTTTGAATATTGCCCTCCTTGGCAATGTGATGATGGACAATGGAAATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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RMVVSSRYDNGKWIWAGFVIPADWKNGEIYDTGVQINDIAFEYCPPWQCDDGQWK