; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmaCh01G013060 (gene) of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1 genome

Gene IDCmaCh01G013060
OrganismCucurbita maxima Rimu (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationCma_Chr01:9342762..9349498
RNA-Seq ExpressionCmaCh01G013060
SyntenyCmaCh01G013060
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034201 - RNPS1, RNA recognition motif
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A6J1J163 serine/arginine-rich splicing factor SR45-like isoform X25.4e-15599.68Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q15287 RNA-binding protein with serine-rich domain 11.1e-1439.61Show/hide
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Q4R5N1 RNA-binding protein with serine-rich domain 11.1e-1439.61Show/hide
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR452.1e-9572.33Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 451.5e-9672.33Show/hide
Query:  VRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASK
        V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK++SPP+  +AA K
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Query:  RDGPKPENVGADAEKD-DIKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRH-PDSP-RRRPDSPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRP
        RD PK +N  ADAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR  PDSP RRRP SP RRR D+PPRRRPASP RG    SP  RR+RSPPR 
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Query:  SPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVSRS-PRSRPLR
        SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRPGRSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++SRS    RPLR
Subjt:  SPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVSRS-PRSRPLR

Query:  G-RSSSRSSSSSSPPRKP
        G RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  G-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.2 arginine/serine-rich 453.1e-9471.2Show/hide
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        V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK++SPP+  +AA K
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Query:  RDGPKPENVGADAEKDDIKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRH-PDSP-RRRPDSPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSP
        RD PK +N  ADAEKD       P   R+  SPRRRSP+ RRG SPRR  PDSP RRRP SP RRR D+PPRRRPASP RG    SP  RR+RSPPR SP
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Query:  RRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVSRS-PRSRPLRG-
        RRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRPGRSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++SRS    RPLRG 
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Query:  RSSSRSSSSSSPPRKP
        RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.3 arginine/serine-rich 452.4e-9469.82Show/hide
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        V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK++SPP+  +AA K
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Query:  RDGPKPENVGADAEKD-DIKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRH-PDSP-RRRPDSPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRP
        RD PK +N  ADAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR  PDSP RRRP SP RRR D+PPRRRPASP RG    SP  RR+RSPPR 
Subjt:  RDGPKPENVGADAEKD-DIKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRH-PDSP-RRRPDSPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRP

Query:  SPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRR----------GRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVS
        SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRPGRSRS S SPR+          G  G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++S
Subjt:  SPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRR----------GRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVS

Query:  RS-PRSRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        RS    RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  RS-PRSRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G55310.1 SC35-like splicing factor 336.0e-0537.01Show/hide
Query:  LSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASKRDGPKPENVGA
        L  +  +  LR+ F  FG V ++ L  D     P+G+G+V+F   +DA  A+ +MDG  + G  +   F    R+K      T   A +R G        
Subjt:  LSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASKRDGPKPENVGA

Query:  DAEKDDIKRQREPSPRRKPPS--PRRRSPVARRGGSPRRHPD----SPRR---RPDSPPRRRVDS--PPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSPRR
                  R    RR PP    R RSP  RRG S  R  D     PRR   R  SP   R D      R PAS    GRS +P+  + RS   PSPRR
Subjt:  DAEKDDIKRQREPSPRRKPPS--PRRRSPVARRGGSPRRHPD----SPRR---RPDSPPRRRVDS--PPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSPRR

Query:  -IRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARS-PPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRS
         I  SP R RSP P R R+  PRR+ S  PRRS   RR  RS    P RSRS+S
Subjt:  -IRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARS-PPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRS

AT2G29210.1 splicing factor PWI domain-containing protein6.6e-0445.45Show/hide
Query:  KRQREPSPRRKPPSPRRR---SPVARRGGSP-RRH--PDSPRRRPDSPP--RRRVDSPP---RRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSPRRIRGSPV-
        +R R  S RR   SPRRR   SP   R  SP RRH  P    RR    P  RRR  SPP   RR P+ P R  RSPSP  RRHRSP  P+ +R   SP  
Subjt:  KRQREPSPRRKPPSPRRR---SPVARRGGSP-RRH--PDSPRRRPDSPP--RRRVDSPP---RRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSPRRIRGSPV-

Query:  -RRRSPPPPRRR---TPPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVSRSPRSRPLRGRSSSRSS
         R RSPPP RRR   +PP R R  P   P  RRRS SP+ R  RS S  +   R R   A +RGRS S   SPSP  VAR          LR  + +R  
Subjt:  -RRRSPPPPRRR---TPPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVSRSPRSRPLRGRSSSRSS

Query:  SSSSPPRKP
        S S   R P
Subjt:  SSSSPPRKP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGGTTCCAATTCTTGCAGCTCTTGCTGGCCATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCTCCGTCGAGATCGGGATCCTCTTCACGTTCCCGCTCATACTCC
GGCTCTGATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCACGCTCCAGGTCACGGTCTGTATCTGTGTCCCATTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCCCTCCCGCAGTGCTAGTTC
TCGGAGCCGAAGTCCCCCTCCTCAGAGAAAGAGTTCTACTGAAACAGCTCGGAGGACTCGCGCTTCACCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCACCACCCAGGCAATAAC
ATCTCCATCTACAGTCAAATCCAACTTCATTATTTGAAACCATCACCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCACATTGATGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTT
AAGAGAAATCTTCAGTAATTTTGGTGAAGTAGTCAATGTTGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTCAACCTTCCTAAAGGATATGGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTG
ATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATTCGAGCAAGATTTACATTGCCTCAAAGACAGAAAATGGCATCACCTCCAAGGACT
GCAGCAGCTGCTTCTAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTGCTGATGCTGAGAAGGACGATATAAAAAGACAGAGAGAACCTTCACCTCGTCGAAAGCCTCC
CTCACCTAGAAGACGCTCGCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCCAGAAGACACCCTGATTCTCCACGCCGCCGTCCGGATTCTCCTCCCCGTCGCCGTGTTGACTCTC
CTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCAATGAGAGGTGGCCGTTCCCCATCACCTTTGGGAAGGCGACATAGATCTCCCCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGC
CCTGTTCGGAGACGTTCACCACCTCCTCCTAGGCGCCGTACACCTCCTCGACGGGCTCGTAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGACGGAGCCGTTCACCCAT
TAGAAGACCAGGTCGATCACGTTCCCGGTCATTTTCACCACGGAGAGGTCGGCCGGGAGCTGCTGGTAGACGTGGGAGATCATCATCTTACTCTGCATCGCCAAGTCCAC
GGAAGGTAGCCAGGAGAGTATCTCGCAGTCCAAGAAGTAGGCCATTGAGAGGTAGAAGTAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCTCGCAAGCCATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTGGTTCCAATTCTTGCAGCTCTTGCTGGCCATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCTCCGTCGAGATCGGGATCCTCTTCACGTTCCCGCTCATACTCC
GGCTCTGATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCACGCTCCAGGTCACGGTCTGTATCTGTGTCCCATTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCCCTCCCGCAGTGCTAGTTC
TCGGAGCCGAAGTCCCCCTCCTCAGAGAAAGAGTTCTACTGAAACAGCTCGGAGGACTCGCGCTTCACCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCACCACCCAGGCAATAAC
ATCTCCATCTACAGTCAAATCCAACTTCATTATTTGAAACCATCACCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCACATTGATGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTT
AAGAGAAATCTTCAGTAATTTTGGTGAAGTAGTCAATGTTGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTCAACCTTCCTAAAGGATATGGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTG
ATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATTCGAGCAAGATTTACATTGCCTCAAAGACAGAAAATGGCATCACCTCCAAGGACT
GCAGCAGCTGCTTCTAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTGCTGATGCTGAGAAGGACGATATAAAAAGACAGAGAGAACCTTCACCTCGTCGAAAGCCTCC
CTCACCTAGAAGACGCTCGCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCCAGAAGACACCCTGATTCTCCACGCCGCCGTCCGGATTCTCCTCCCCGTCGCCGTGTTGACTCTC
CTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCAATGAGAGGTGGCCGTTCCCCATCACCTTTGGGAAGGCGACATAGATCTCCCCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGC
CCTGTTCGGAGACGTTCACCACCTCCTCCTAGGCGCCGTACACCTCCTCGACGGGCTCGTAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGACGGAGCCGTTCACCCAT
TAGAAGACCAGGTCGATCACGTTCCCGGTCATTTTCACCACGGAGAGGTCGGCCGGGAGCTGCTGGTAGACGTGGGAGATCATCATCTTACTCTGCATCGCCAAGTCCAC
GGAAGGTAGCCAGGAGAGTATCTCGCAGTCCAAGAAGTAGGCCATTGAGAGGTAGAAGTAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCTCGCAAGCCATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAGSNSCSSCWPWRNQAEAVARLRRDRDPLHVPAHTPALIPAPVPAHAPGHGLYLCPIPGPFPRLRLPPAVLVLGAEVPLLRERVLLKQLGGLALHLHQLNEVLHHPGNN
ISIYSQIQLHYLKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRT
AAAASKRDGPKPENVGADAEKDDIKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRHPDSPRRRPDSPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSPRRIRGS
PVRRRSPPPPRRRTPPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVSRSPRSRPLRGRSSSRSSSSSSPPRKP