; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmaCh01G015780 (gene) of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1 genome

Gene IDCmaCh01G015780
OrganismCucurbita maxima Rimu (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22A
Genome locationCma_Chr01:10902600..10908483
RNA-Seq ExpressionCmaCh01G015780
SyntenyCmaCh01G015780
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0006810 - transport (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008194 - UDP-glycosyltransferase activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR002213 - UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAF2302814.1 hypothetical protein GH714_008545 [Hevea brasiliensis]1.6e-10160.6Show/hide
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         R GGGGGGG GRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSP+RRSLSP GR YSRSPPYRGREE+PYANG
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KAF2302832.1 hypothetical protein GH714_008593 [Hevea brasiliensis]1.2e-10961.81Show/hide
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KAG6608210.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]9.1e-10591.96Show/hide
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        PYRGREEVPYANGNGVKDRRRSRS
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XP_022940964.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita moschata]5.9e-9698.94Show/hide
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XP_022981880.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita maxima]1.8e-97100Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6A6LN22 Uncharacterized protein5.9e-11061.81Show/hide
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        GGGGGG GRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSP+RRSLSP GR YSRSPPYRGREE+PYANG
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A0A6A6LP46 Uncharacterized protein7.7e-10260.6Show/hide
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        D +++ +A GL++SG PFV ++RS TW  P G    I  KGLI+R  VDQ  I         LSH  W                                
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        LDPRV+ER+LEDEFR FGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDD RDA DAIHELDGKNGWRVELSHNSR GGGGGRGGGRGRSGGSDLKCYECGEPGHFARECR
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         R GGGGGGG GRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSP+RRSLSP GR YSRSPPYRGREE+PYANG
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.3e-9397.34Show/hide
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        GHFARECR R GGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRSYSRSPPYRGREE+PYANGNGVKDRRRSRS
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like2.8e-9698.94Show/hide
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        GHFARECRSR  GGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRSYSRSPPYRGREEVPYANGNGVKDRRRSRS
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like8.9e-98100Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ228.6e-7477.67Show/hide
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        CYECGE GHFARECR+R      GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REEVPYANGNG+K+
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        RRRSRS
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A6.4e-6171.79Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA+DAI ++DGKNGWRVELS N+  G      GGR R G S+ KCYECGE 
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        GHFARECR R G GG G   RR     RSRSPRYRRSPSYGRRSYSP GRSPRRRS+SP R RSYSRSP Y RGR+E P Y NG      RRSRS
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ212.4e-6069.95Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DA+ +LDGKNGWRVELS NS         GGR R GGS++KCYECGE 
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Query:  GHFARECRSRGGGGGGGGAGRR-----RSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSP-RGRSYSRSPPYRGREEVPYANGNGVKDRRRSRS
        GHFARECR R G GG G   RR     RSRSP+YR+SP+YGRRSYSPR RSPRRRS+SP RGRSYSRSP  RGR   PYA+G      RRSRS
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ231.1e-5563.77Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RE+EDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DAI +LDGKNGWRVELS  +      G G GR RSGGSD+KCYECGEP
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Query:  GHFARECRSRGGGGGGGGA--------------GRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLS-----PRGRSYSRSPP-------------YRGR
        GHFARECR R G GG G                GR RSRSPRYRRSPSYGR   SPR RSP+RRS S      R RSYSRSPP                R
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Query:  EEVPYAN
        EE PYAN
Subjt:  EEVPYAN

Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A2.8e-7279.21Show/hide
Query:  MSRVYVGNLDPRVSERELEDEFRVFGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDDPRDARDAIHELDGKNGWRVELSHNSRGGG--GGGRG---GGRGRSGGSDLKCY
        MSRVYVGNLDPRV+ERELEDEFR FGVIRSVWVARRPPGYAF+DF+D RDARDAI E+DGKNGWRVE SHN  GGG  GGGRG   GGRGR GGSDLKCY
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Query:  ECGEPGHFARECRSRGGGGGGGGAGRRRSRS-----PRYRRSPSY-GRRSYSPRGRS---PRRRSLSPRGRSYSRS-PPYRGREEVPYANGNGVKDRRRS
        ECGE GHFARECRSRGG G     GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+EVPYANGNG+KD RRS
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Query:  RS
        RS
Subjt:  RS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 214.9e-5666.33Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +    GGRGGG GR GG  D KCYECGE
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Query:  PGHFARECRSRGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYG--RRSYSPRGR--SPRRRSLSP--RGRSYSRSPPYRGR-------------EEVPYANG
         GHFARECR       G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 214.9e-5666.33Show/hide
Query:  MSRVYVGNLDPRVSERELEDEFRVFGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDDPRDARDAIHELDGKNGWRVELSHNSRGGGGGGRGGGRGRSGG-SDLKCYECGE
        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +    GGRGGG GR GG  D KCYECGE
Subjt:  MSRVYVGNLDPRVSERELEDEFRVFGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDDPRDARDAIHELDGKNGWRVELSHNSRGGGGGGRGGGRGRSGG-SDLKCYECGE

Query:  PGHFARECRSRGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYG--RRSYSPRGR--SPRRRSLSP--RGRSYSRSPPYRGR-------------EEVPYANG
         GHFARECR       G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
Subjt:  PGHFARECRSRGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYG--RRSYSPRGR--SPRRRSLSP--RGRSYSRSPPYRGR-------------EEVPYANG

AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein2.0e-7379.21Show/hide
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 226.1e-7577.67Show/hide
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 226.1e-7577.67Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AGAGGGGAAAATGGGGGCCGATATGCTTCTCGAGAAAAAATCAGTGCGAGTGTGAGAGAATTGATGATCGGAGAGAAGGGGAAGAGGGCGAGAGAAAGGGCCGGA
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GTATTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACCCCCTGGTTATGCCTTTATAGATTTTGATGATCCCAGAGATGCACGGGATGCAATTCATGAATTA
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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GAATTGGCAAGGGTTGCCCAGCGGGCGGTGCAGGACGGCGGTTCGTCGGATGCGGCTCTGATGAAAAACTTGGAATTAAATTACGGAGGTTTTTCCTGCACGTTC
ATCGTCGTCTCCGATCTGTTCGTTACTTGGCAAAAAATGTCTCGTGTTTACGTTGGGAATTTGGACCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTGGAAGACGAATTTCGT
GTATTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACCCCCTGGTTATGCCTTTATAGATTTTGATGATCCCAGAGATGCACGGGATGCAATTCATGAATTA
GATGGAAAGAATGGTTGGAGAGTTGAGCTTTCTCATAATTCTAGAGGTGGTGGTGGAGGTGGCCGAGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCTGGGGGTTCTGATCTCAAA
TGCTATGAATGTGGTGAGCCAGGACATTTTGCTCGTGAATGTCGTTCACGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCACGG
TACCGTCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCGTGGAAGATCTCCAAGACGCCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAGATCACCT
CCGTATCGTGGTAGAGAGGAGGTTCCTTATGCCAATGGAAATGGTGTAAAGGACCGCCGTCGGAGCAGGAGCTGAGGACTGCAGACTTCTCAACCTGCCTTAGTT
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GAGTTTGGATAAGTCCTTTCTATCTTTAATTTGAATTGTTTTTTCCTTTATCCCTTCAGTATAGTCGTAGGAATCTATATACTAAAATATTTTCAGTTCATATTT
ATTTTGATAATTTTATTGAGCGAATGTCTTGAAGGGCACTGCTAAAGATGTATGTTTTTTTCCTTGTTGAGGTGTTGTCTCGTCTCGTCTCGTTCTGCTTCACTG
CTTTTCTGCTTCTGCCCTATCCTGGGATTTCGTTCTACACCCCCCACCTCTGGGATCTTCAATTTGAAAGGTTGTAGGTCCCAGCCGGCTACTACAAGTGTAGAT
GCTACTATTTGATTGAATCTCTGCGGTTGTGTTGCACGCTCTCATAATGTTTATGAGATTCCTTTTTTATAAACTTTGAGGCATGAGGAACGGCATCAAATGCTT
CTGGCAGTCAATTGTCTCAATATGAGCAACTTCTTATCGACCGAGTGCTAGTGGGAGTTCTCTTCCGTGCCCCAAAGTGGTATTTTCCTGCCCTGGTGAATACCA
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AAGCAGGCACAGTCTACGTAGCTAAGATCTGTAATTTGCTTTTCTTTATTCTTTTCCAAAGAATTTTTTTGCCAAGGCTGGACCATTTGAGTTTATAGGTTTGTT
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TTTAAAACATGTTGGTATATCGGAAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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