; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmaCh04G003260 (gene) of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1 genome

Gene IDCmaCh04G003260
OrganismCucurbita maxima Rimu (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
Descriptionprotein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic
Genome locationCma_Chr04:1605102..1606873
RNA-Seq ExpressionCmaCh04G003260
SyntenyCmaCh04G003260
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR038789 - Protein LOW PSII ACCUMULATION 2 like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6600161.1 Protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.8e-9496.89Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
        MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPK PL+FPSK KFIIKSQ+PSESEKPISKTVDDA VGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR

Query:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
        SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK
Subjt:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLK

XP_022941727.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita moschata]1.4e-9696.95Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
        MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPK PL+FPSK KFIIKSQ+PSESEKPISKTVDDA VGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR

Query:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
        SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
Subjt:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS

XP_022973018.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita maxima]1.2e-100100Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
        MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR

Query:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
        SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
Subjt:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS

XP_023554492.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.8e-9797.46Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
        MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPL+FPSK KFIIKSQ+PSESEKPISKTVDDA VGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR

Query:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
        SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
Subjt:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS

XP_038899637.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Benincasa hispida]6.3e-8183.25Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGT------SSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQR
        MALQI+HHSPSSFTRKPYHLP   L FPSKPKFII SQ+PSESEKPISK VDDA + T      SS QGFGS SSQSTT+SKSSPKA     KQKGKRQR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGT------SSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKG
        ASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQ +NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK+K 
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKG

Query:  DKS
        +KS
Subjt:  DKS

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L8E3 Uncharacterized protein5.7e-8080.71Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
        MALQI+HHSPSSFT++PYHLP   L+F SKPKFIIKSQ+PSES+KPISK VDDA + TSS QGFGS S QST++SKS+PK+     KQKGKRQRASIIRR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR

Query:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
        SPVEKPVFVG+VDE+  KEQG+NESYFLLTWLGLG VILV+GIVLAASGFLPE WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK+K +KS
Subjt:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS

A0A5A7VJY0 Protein LOW PSII ACCUMULATION 27.0e-7878.82Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVG------TSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQR
        MALQI+HHSPSSFT+KPYHLP   L+F SKPKFIIKSQ+PSESEKPISK VDDA +       TSS+QGFGS S QST++SKS+PK+     KQKGKRQR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVG------TSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKG
        ASIIRRSPVEKPVFVGEVDE+  KEQ +NESYFLLTWLGLG VILVEGIVLAASGFLPE WD+ FVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK+K 
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKG

Query:  DKS
        +KS
Subjt:  DKS

A0A6J1CH98 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic7.0e-7882.44Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQ--SPSESEKPISKTVDDAAVGT------SSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTRKPY LP  PL FPSK  F+IKSQ  S SESEK ISK VDDA+V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQ--SPSESEKPISKTVDDAAVGT------SSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKL
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKL

Query:  KGDKS
        KG+KS
Subjt:  KGDKS

A0A6J1FNA7 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic6.7e-9796.95Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
        MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPK PL+FPSK KFIIKSQ+PSESEKPISKTVDDA VGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR

Query:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
        SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
Subjt:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS

A0A6J1IBT8 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic5.9e-101100Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
        MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR

Query:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
        SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS
Subjt:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
F4KDA6 Protein LPA21.6e-4254.08Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
        MALQI  HSP SF+ +PYHL     +    P+F IK Q+ S+ E   ++    +   +SS  GFGS +S S+ + K S  AT+   K KGKR+   + RR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR

Query:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDK
        +PVEKPVF+ E      +EQ +NE+ FLLTWLGLG VIL+EGI+LAASGFLPE  DK FVKY+YP FTP+V LFVAGT AYGV KY+QNEK+KG +
Subjt:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDK

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G51545.1 low psii accumulation21.1e-4354.08Show/hide
Query:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR
        MALQI  HSP SF+ +PYHL     +    P+F IK Q+ S+ E   ++    +   +SS  GFGS +S S+ + K S  AT+   K KGKR+   + RR
Subjt:  MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRR

Query:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDK
        +PVEKPVF+ E      +EQ +NE+ FLLTWLGLG VIL+EGI+LAASGFLPE  DK FVKY+YP FTP+V LFVAGT AYGV KY+QNEK+KG +
Subjt:  SPVEKPVFVGEVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGCTACAAATAATCCACCATTCTCCTTCTTCTTTCACCAGAAAACCCTATCATCTTCCCAAAACACCTCTCTATTTCCCCTCTAAGCCAAAATTCATCATCAAATC
GCAGAGCCCATCGGAATCGGAGAAGCCCATTTCGAAAACTGTCGACGATGCTGCAGTTGGGACCTCGTCTGCTCAAGGGTTCGGCTCGTTATCGTCTCAATCGACGACTT
CAAGCAAATCAAGTCCAAAGGCTACAACCTCTAAGGGAAAGCAGAAGGGTAAGCGGCAAAGGGCATCGATTATTCGGCGCTCACCGGTGGAGAAACCGGTGTTTGTCGGA
GAAGTAGATGAAGAAGCAATTAAGGAGCAGGGCAAGAATGAGAGCTATTTTCTTCTTACTTGGTTGGGTCTTGGTGCTGTAATACTCGTCGAGGGGATTGTGCTTGCGGC
ATCTGGTTTCTTACCAGAGAATTGGGATAAGTTCTTCGTCAAATATTTGTATCCATCCTTTACCCCAACCGTCTCACTTTTTGTGGCTGGAACTGTTGCATACGGAGTTT
CGAAGTATCTTCAGAATGAGAAGCTTAAAGGTGATAAATCATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGCTACAAATAATCCACCATTCTCCTTCTTCTTTCACCAGAAAACCCTATCATCTTCCCAAAACACCTCTCTATTTCCCCTCTAAGCCAAAATTCATCATCAAATC
GCAGAGCCCATCGGAATCGGAGAAGCCCATTTCGAAAACTGTCGACGATGCTGCAGTTGGGACCTCGTCTGCTCAAGGGTTCGGCTCGTTATCGTCTCAATCGACGACTT
CAAGCAAATCAAGTCCAAAGGCTACAACCTCTAAGGGAAAGCAGAAGGGTAAGCGGCAAAGGGCATCGATTATTCGGCGCTCACCGGTGGAGAAACCGGTGTTTGTCGGA
GAAGTAGATGAAGAAGCAATTAAGGAGCAGGGCAAGAATGAGAGCTATTTTCTTCTTACTTGGTTGGGTCTTGGTGCTGTAATACTCGTCGAGGGGATTGTGCTTGCGGC
ATCTGGTTTCTTACCAGAGAATTGGGATAAGTTCTTCGTCAAATATTTGTATCCATCCTTTACCCCAACCGTCTCACTTTTTGTGGCTGGAACTGTTGCATACGGAGTTT
CGAAGTATCTTCAGAATGAGAAGCTTAAAGGTGATAAATCATAATTTAATCTTTTGATTGATGTTCTGCATTTGGTATGGTGACCTGAAAAGTCTCAAGTGTCTATTGAT
TATGTTTATACTAAGTATGTCATTTGAGTGAAAAACCGAGGATGAATTTTGTTTTAGCTCAAAGGTAAATGAGATGCTATTGTTGGATCCTAAGAAACACCGTGCCATCA
ATTTATTAGTTTCTCTGGGCTTTAACTAATCGTGTTCTATGCTCGAAGATCCTTCTGTTTCTC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MALQIIHHSPSSFTRKPYHLPKTPLYFPSKPKFIIKSQSPSESEKPISKTVDDAAVGTSSAQGFGSLSSQSTTSSKSSPKATTSKGKQKGKRQRASIIRRSPVEKPVFVG
EVDEEAIKEQGKNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPENWDKFFVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVSKYLQNEKLKGDKS