; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmaCh05G013080 (gene) of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1 genome

Gene IDCmaCh05G013080
OrganismCucurbita maxima Rimu (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
Descriptionzinc finger CCCH domain-containing protein 39-like
Genome locationCma_Chr05:9921476..9923195
RNA-Seq ExpressionCmaCh05G013080
SyntenyCmaCh05G013080
Gene Ontology termsGO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6599412.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.7e-19897.39Show/hide
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KAG7030401.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.7e-19897.39Show/hide
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XP_022999273.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like [Cucurbita maxima]8.6e-203100Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5PP65 Zinc finger CCCH domain-containing protein 286.7e-2530.08Show/hide
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Q7XPK1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 311.5e-1132.35Show/hide
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Q84UQ3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 569.0e-4634.87Show/hide
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Q9LQM3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 122.6e-4534.38Show/hide
Query:  PPPLHSYGANGDASGCWS---QYPRNDLFDP-QSQFEAQQPPFKRARTFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMN--KGINNIFFKTRMCAKFKLGLCR
        PPP + +   GD S  W+    Y R    +P  +  +   PP K+ R               PS+S     +A  N  K I  +FFKT++C KF+ G C 
Subjt:  PPPLHSYGANGDASGCWS---QYPRNDLFDP-QSQFEAQQPPFKRARTFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMN--KGINNIFFKTRMCAKFKLGLCR

Query:  NGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDD
           +CNFAH VE++R+PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D+
Subjt:  NGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDD

Query:  SGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNS---------RPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------
        + R RES AIS+G  G     G  S         SSS    L   G S         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL         
Subjt:  SGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNS---------RPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------

Query:  SIGREG-----EVSNTALNVKPLV---------VAMEAPSSV--------PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
          G++G     +   T  N K L          V   A +S          SSA+ +    ++  KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  SIGREG-----EVSNTALNVKPLV---------VAMEAPSSV--------PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

Q9LT81 Zinc finger CCCH domain-containing protein 392.5e-8048.7Show/hide
Query:  NDLFDPQSQFEAQ---QPPFKRARTFEENQSSP-MPYPNPPSNSRVQPPN---APMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNW
        + L + QSQ +     QP  KR R  ++N  +P   +P P S++    P+    P+NKG  NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NW
Subjt:  NDLFDPQSQFEAQ---QPPFKRARTFEENQSSP-MPYPNPPSNSRVQPPN---APMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNW

Query:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGS
        QEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + +
Subjt:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGS

Query:  DSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEVSN--TALNVKPLVVAMEAPSSVP-------
         S+  E  +  S  VP  +   G  +  +WKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL  S+GR EGE  N   ++N + +V A EA +  P       
Subjt:  DSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEVSN--TALNVKPLVVAMEAPSSVP-------

Query:  SSAL-PEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSQLE
        SS L  EG+ K+ LLKW   KKINRIY DW+DDLP+   ST  +E
Subjt:  SSAL-PEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSQLE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein1.9e-4634.38Show/hide
Query:  PPPLHSYGANGDASGCWS---QYPRNDLFDP-QSQFEAQQPPFKRARTFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMN--KGINNIFFKTRMCAKFKLGLCR
        PPP + +   GD S  W+    Y R    +P  +  +   PP K+ R               PS+S     +A  N  K I  +FFKT++C KF+ G C 
Subjt:  PPPLHSYGANGDASGCWS---QYPRNDLFDP-QSQFEAQQPPFKRARTFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMN--KGINNIFFKTRMCAKFKLGLCR

Query:  NGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDD
           +CNFAH VE++R+PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D+
Subjt:  NGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDD

Query:  SGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNS---------RPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------
        + R RES AIS+G  G     G  S         SSS    L   G S         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL         
Subjt:  SGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNS---------RPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------

Query:  SIGREG-----EVSNTALNVKPLV---------VAMEAPSSV--------PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
          G++G     +   T  N K L          V   A +S          SSA+ +    ++  KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  SIGREG-----EVSNTALNVKPLV---------VAMEAPSSV--------PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT1G68200.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein1.2e-0528.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G  C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT1G68200.2 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein1.2e-0528.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G  C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT2G35430.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein4.8e-2630.08Show/hide
Query:  INNIFFKTRMCAKFKLGLC-RNGASCNFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFR
        I   FFKT++C KF+ G C  + +SC+FAH  E++R    PPPNWQE V                                                   
Subjt:  INNIFFKTRMCAKFKLGLC-RNGASCNFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFR

Query:  DDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQ---------------
         ++ R RES A+S+G  G                    +V   L++        WKT++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG SEL                
Subjt:  DDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQ---------------

Query:  ---LSIGREGEVSNTALNVKPLVVAMEAPSSVPSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
           L   + G+V      V P V +    S+V     P G   Q   KWKGP KI+R+Y DW+DD+
Subjt:  ---LSIGREGEVSNTALNVKPLVVAMEAPSSVPSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT3G19360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein1.8e-8148.7Show/hide
Query:  NDLFDPQSQFEAQ---QPPFKRARTFEENQSSP-MPYPNPPSNSRVQPPN---APMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNW
        + L + QSQ +     QP  KR R  ++N  +P   +P P S++    P+    P+NKG  NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NW
Subjt:  NDLFDPQSQFEAQ---QPPFKRARTFEENQSSP-MPYPNPPSNSRVQPPN---APMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNW

Query:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGS
        QEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + +
Subjt:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGS

Query:  DSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEVSN--TALNVKPLVVAMEAPSSVP-------
         S+  E  +  S  VP  +   G  +  +WKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL  S+GR EGE  N   ++N + +V A EA +  P       
Subjt:  DSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEVSN--TALNVKPLVVAMEAPSSVP-------

Query:  SSAL-PEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSQLE
        SS L  EG+ K+ LLKW   KKINRIY DW+DDLP+   ST  +E
Subjt:  SSAL-PEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSQLE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTTCAATGATATGCGAGGCTCTGTTATACCGCCGCCATTGCATTCTTATGGTGCTAATGGCGATGCGTCTGGTTGCTGGTCTCAGTATCCTAGGAACGAT
CTATTTGATCCACAATCCCAATTTGAGGCACAGCAGCCTCCATTCAAAAGAGCTAGAACTTTCGAAGAAAATCAATCTAGTCCTATGCCTTATCCAAATCCACCA
TCGAATTCCAGAGTTCAGCCTCCAAATGCTCCGATGAATAAAGGAATAAACAACATCTTCTTTAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGG
AATGGTGCTAGTTGCAACTTTGCGCATGGTGTTGAAGACATGCGGCAACCCCCTCCAAATTGGCAAGAAATTGTTGGTATACGGGAGGATGATCAATCTGTAAGC
AACTGGAATGACGATCAGAAAATTATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAGTTCTATAATGGAGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGTAATTTTCTTCATGAA
GATCCTGCTAAGTTTAGAGATGATTCAGGGAGGTTTAGGGAGAGTTCAGCTATAAGCATTGGAACCACAGGAACTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTAGTTAC
CCTGAACCTATCAAGGCAGCTTCTAGCTCTGTTCCTGATGCTCTTCGTGCTAATGGAAATTCTAGGCCTTCATTCTGGAAGACGAAGCTTTGCACCAAATGGGAG
ATTACAGGCCATTGCCCCTTCGGTGAAAAGTGCCATTTTGCTCATGGCCAATCTGAGTTACAACTATCCATTGGACGTGAAGGGGAGGTATCTAATACTGCCCTC
AATGTAAAGCCTCTCGTTGTGGCCATGGAAGCACCTTCAAGTGTTCCGTCCTCCGCCCTGCCAGAGGGCCAAGCGAAGCAGTCCTTGCTGAAATGGAAGGGACCC
AAGAAGATAAATCGGATCTATGCGGATTGGCTCGATGATTTGCCTCTGTCTCCAAGCTCAACGAGCCAATTGGAGGGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTTTTGACTACTTCGCTTACATTCCTTTGTGGCGATTGTGAAGATTCCATGGTTTTTGCCTTCCTCAATCTCTGATTTCATTAGGGTTTTTGATTCTCCTTGGCG
GCTAGGGTTTTGATTCTTAGATTAGTTTGTTTTTTCTCCCTGTTATGTAATTATATGACTATAAGGCCTCCACTTTCGCCATTGTTTTGATTGCTTCTTCCATTG
ATCTCGATTCCGCCGGCATATGCGTTTCTACAAACTGTTTTGATTATTATTCCAAACAGACACGTTTGTTTTTTTTTGGCGAATTGGATTTCAATTTTGGTTAGA
ATCGTCGCTTTTGGCTGTTTTCGGTGTTGTTTTCAGTTTTGGATATTGAATCCTCTAGTTTATTGTTCTTCTGGCGTTTGATCACATAGATAGATTGATATTTTT
GTTGATTCCTTGTTCTGATTGATTAAAGAGAATTGGTTTATTTGATTTTAGAAGATGAGTTTCAATGATATGCGAGGCTCTGTTATACCGCCGCCATTGCATTCT
TATGGTGCTAATGGCGATGCGTCTGGTTGCTGGTCTCAGTATCCTAGGAACGATCTATTTGATCCACAATCCCAATTTGAGGCACAGCAGCCTCCATTCAAAAGA
GCTAGAACTTTCGAAGAAAATCAATCTAGTCCTATGCCTTATCCAAATCCACCATCGAATTCCAGAGTTCAGCCTCCAAATGCTCCGATGAATAAAGGAATAAAC
AACATCTTCTTTAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCTAGTTGCAACTTTGCGCATGGTGTTGAAGACATGCGGCAACCC
CCTCCAAATTGGCAAGAAATTGTTGGTATACGGGAGGATGATCAATCTGTAAGCAACTGGAATGACGATCAGAAAATTATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAG
TTCTATAATGGAGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGTAATTTTCTTCATGAAGATCCTGCTAAGTTTAGAGATGATTCAGGGAGGTTTAGGGAGAGTTCAGCT
ATAAGCATTGGAACCACAGGAACTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTAGTTACCCTGAACCTATCAAGGCAGCTTCTAGCTCTGTTCCTGATGCTCTTCGTGCT
AATGGAAATTCTAGGCCTTCATTCTGGAAGACGAAGCTTTGCACCAAATGGGAGATTACAGGCCATTGCCCCTTCGGTGAAAAGTGCCATTTTGCTCATGGCCAA
TCTGAGTTACAACTATCCATTGGACGTGAAGGGGAGGTATCTAATACTGCCCTCAATGTAAAGCCTCTCGTTGTGGCCATGGAAGCACCTTCAAGTGTTCCGTCC
TCCGCCCTGCCAGAGGGCCAAGCGAAGCAGTCCTTGCTGAAATGGAAGGGACCCAAGAAGATAAATCGGATCTATGCGGATTGGCTCGATGATTTGCCTCTGTCT
CCAAGCTCAACGAGCCAATTGGAGGGTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSFNDMRGSVIPPPLHSYGANGDASGCWSQYPRNDLFDPQSQFEAQQPPFKRARTFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCR
NGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSY
PEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGREGEVSNTALNVKPLVVAMEAPSSVPSSALPEGQAKQSLLKWKGP
KKINRIYADWLDDLPLSPSSTSQLEG