CuGenDBv2

Gene ID	CmaCh08G006430
Organism	Cucurbita maxima Rimu (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
Description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
Genome location	Cma_Chr08:3723472..3730773
RNA-Seq Expression	CmaCh08G006430
Synteny	CmaCh08G006430
Gene Ontology terms	GO:0015977 - carbon fixation (biological process) GO:0015979 - photosynthesis (biological process) GO:0009536 - plastid (cellular component) GO:0000287 - magnesium ion binding (molecular function) GO:0016491 - oxidoreductase activity (molecular function) GO:0016984 - ribulose-bisphosphate carboxylase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR017443 - Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal IPR033966 - RuBisCO IPR036376 - Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily IPR036422 - RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

ALI92105.1 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit, partial [Emmotum nitens]

2.3e-53

70.29

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

QAU32384.1 ribulose-1,5-biphosphate carboxylase/oxygenase large subunit, partial [Cladogelonium madagascariense]

1.8e-53

70.29

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

QFO47561.1 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit [Manihot carthagenensis]

1.8e-53

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP Y+TKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

SBO07514.1 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit, partial [Manihot esculenta]

1.8e-53

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP Y+TKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

YP_001718445.1 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit [Manihot esculenta]

1.8e-53

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP Y+TKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A199U950 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

8.6e-54

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP Y+TKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

A0A1C3HPQ9 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

8.6e-54

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP Y+TKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

A0A481MST3 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

8.6e-54

70.29

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

A0A6B7M2I4 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

8.6e-54

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP Y+TKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

A0A6B7MDH7 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

8.6e-54

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP Y+TKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

B1NWF8 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

2.3e-56

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP Y+TKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

P31202 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

1.2e-55

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++   GEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

Q32701 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

1.5e-55

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV  AESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++   GEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL   G+   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

Q3BAN4 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

8.8e-56

70.29

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++V  GEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

Q9BA49 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

2.6e-55

69.71

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++   GEENQYIAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                ALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00490.1 ribulose-bisphosphate carboxylases

1.0e-54

67.43

Show/hide

Query:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA
        T TKASVGFKAGVK+ KLTYYTP YETKDTDIL A RVTPQPGVP EEAGAAV AAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRY  +   ++  PGEE Q+IAY+ A
Subjt:  TPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAA

Query:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK
         PLD FEEGS                AL AL    +   P   Y+ TFQGPPHGIQVER+KL KYG PLLGCTIK
Subjt:  CPLDPFEEGS----------------ALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

TCCATCCAAGCTCGGCTTTGTCTTAATCTTCATGGAAGAAGAAAAAGCGGTTCACCAGCCACTACATCTGTGGATCCCACCAAATCATTAAACCTGGTGGCTGCT
CGCTCTTTGATCAATGATTCGCCGGCCACTAGATCGATGAAGAATCTCTCCAAAATTGTCTCTTTGATCAGTGATTCACCGGCCACTAGATCCAGGGATCCCACC
TTATTCTCAAACCTGGTGGCTCGGTTGATTGGCACTCCTACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTCTAAATTGACTTATTATACTCCTTCA
TATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGTAGCATTACGAGTAACTCCTCAACCGGGAGTTCCACTCGAGGAAGCAGGGGCCGCTGTAGCTGCTGCTGAATCTTCT
ACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTAACCAGTCTTGATCGTTACGTTACAAAGGACGATGCTATGGATGTTCCCCCTGGAGAAGAAAATCAATAT
ATTGCTTATCTAGCTGCTTGTCCCCTAGACCCTTTTGAAGAAGGTTCTGCTCTACGTGCTCTCTCTACGTCTGGAGTATTTGCGAATCCCTACTGCTTATATTCA
AACACTTTCCAAGGCCCGCCTCATGGTATCCAGGTTGAAAGAGAGAAATTGAAGAAGTATGGTAGCCCTCTATTGGGATGTACTATTAAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

SIQARLCLNLHGRRKSGSPATTSVDPTKSLNLVAARSLINDSPATRSMKNLSKIVSLISDSPATRSRDPTLFSNLVARLIGTPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPS
YETKDTDILVALRVTPQPGVPLEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYVTKDDAMDVPPGEENQYIAYLAACPLDPFEEGSALRALSTSGVFANPYCLYS
NTFQGPPHGIQVEREKLKKYGSPLLGCTIK

CmaCh08G006430 (gene) of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1 genome