CuGenDBv2

Gene ID	CmaCh08G006580
Organism	Cucurbita maxima Rimu (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
Description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
Genome location	Cma_Chr08:3918538..3919226
RNA-Seq Expression	CmaCh08G006580
Synteny	CmaCh08G006580
Gene Ontology terms	GO:0009853 - photorespiration (biological process) GO:0019253 - reductive pentose-phosphate cycle (biological process) GO:0009507 - chloroplast (cellular component) GO:0000287 - magnesium ion binding (molecular function) GO:0004497 - monooxygenase activity (molecular function) GO:0016984 - ribulose-bisphosphate carboxylase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR017443 - Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal IPR033966 - RuBisCO IPR036376 - Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily IPR036422 - RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

AER00139.1 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit, partial [Porpax reticulata]

1.8e-58

74.57

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP+YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++V +GEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN        + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

ALI92140.1 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit, partial [Pyrenacantha thomsoniana]

1.1e-58

75.14

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN L      + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

BAJ16761.1 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit, partial [Alangium sp. SH-2010]

1.8e-58

75.14

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KL YYTPSYETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN L      + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

P31202.2 RecName: Full=Ribulose bisphosphate carboxylase large chain; Short=RuBisCO large subunit; Flags: Precursor [Salacia pallescens]

1.8e-58

74.57

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN        + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

QBB68490.1 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit [Korthalsella latissima]

1.4e-58

75.14

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN L      + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A075BZL3 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

8.7e-59

75.58

Show/hide

Query:  KASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYPL
        KASVGFKAGVKD KLTYYTPSYETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYPL
Subjt:  KASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYPL

Query:  DPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        D FEEGSVTN L      + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  DPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

A0A0S0ZNZ2 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

5.1e-59

75.14

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN L      + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

E0D930 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

8.7e-59

75.14

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KL YYTPSYETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN L      + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

E0D932 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

8.7e-59

75.14

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KL YYTPSYETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN L      + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

G8FKU2 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

8.7e-59

74.57

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP+YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++V +GEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN        + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

P28441 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

5.3e-61

74.57

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN        + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

P31202 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (Fragment)

2.4e-61

74.57

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN        + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

Q32701 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

3.1e-61

74.57

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV  AESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++  AGEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN        + GFKALRAL   G+   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

Q3BAN4 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

4.0e-61

74.57

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++V  GEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN        + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

Q9BA49 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

1.2e-60

73.99

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVKD KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++   GEENQYIAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN        + GFKALRAL    +   P   YS TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00490.1 ribulose-bisphosphate carboxylases

6.6e-59

71.1

Show/hide

Query:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP
        TKASVGFKAGVK+ KLTYYTP YETKDTDILAA +VTPQPGVPPEEAGAAV AAESSTGTWTTVWTD LTSLDRY  +   ++   GEE Q+IAY+ AYP
Subjt:  TKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAYP

Query:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK
        LD FEEGSVTN        + GFKAL AL    +   P   Y+ TFQGPPHGIQVER+KL KYGRPLL CTIK
Subjt:  LDPFEEGSVTNWLPLW---LIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGTCTTTCCTTCCGGAGTTCAGTCTCTTTCCTACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTCTAAATTGACTTATTATACTCCTTCATATGAAACCAA
AGATACTGATATCTTGGCAGCATTACAAGTAACTCCTCAACCAGGAGTTCCACCCGAGGAAGCAGGGGCCGCTGTAGCTGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAA
CTGTGTGGACCGATGAGCTTACCAGTCTTGATCGTTACGTTACAAAGGACGATGCTATGGATGTTCCCGCTGGAGAAGAAAATCAATATATTGCTTATCTAGCTGCTTAT
CCCCTAGACCCTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACTGGCTTCCATTGTGGTTAATTGGATTCAAGGCTCTACGTGCTCTCTCTACATCTGGAGTATTTGCGAATCCCTA
CTGCTTATATTCAAACACTTTCCAAGGCCCGCCTCATGGTATCCAGGTTGAAAGAGAGAAATTGAAGAAGTATGGTCGCCCTCTATTGGAATGTACTATTAAATAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MSFLPEFSLFPTKASVGFKAGVKDSKLTYYTPSYETKDTDILAALQVTPQPGVPPEEAGAAVAAAESSTGTWTTVWTDELTSLDRYVTKDDAMDVPAGEENQYIAYLAAY
PLDPFEEGSVTNWLPLWLIGFKALRALSTSGVFANPYCLYSNTFQGPPHGIQVEREKLKKYGRPLLECTIK

CmaCh08G006580 (gene) of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1 genome