; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmaCh09G011090 (gene) of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1 genome

Gene IDCmaCh09G011090
OrganismCucurbita maxima Rimu (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
Descriptionextensin-3-like
Genome locationCma_Chr09:6068339..6068788
RNA-Seq ExpressionCmaCh09G011090
SyntenyCmaCh09G011090
Gene Ontology termsGO:0006334 - nucleosome assembly (biological process)
GO:0000786 - nucleosome (cellular component)
GO:0016020 - membrane (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_022936365.1 extensin-3-like isoform X1 [Cucurbita moschata]4.5e-3977.09Show/hide
Query:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKS---------------PPPPEVKKSPPPPPP
        M PPSIIVHLVIAV VVALS SST+AEGYD+YYSPPPPV YS       S PPP  YSPPPPKKDDEYKS               PPPPEVKKSPPPPPP
Subjt:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKS---------------PPPPEVKKSPPPPPP

Query:  RKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPP--------PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
        RKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPP+PKKSPPPPPP KKSPPPPP        PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
Subjt:  RKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPP--------PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY

XP_022936366.1 extensin-like isoform X2 [Cucurbita moschata]1.2e-3678.79Show/hide
Query:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPP
        M PPSIIVHLVIAV VVALS SST+AEGYD+YYSPPPPV YS       S PPP  YSPPPPKKDDEYKSPPPP  KKSPPP    KK PPPP  KKSPP
Subjt:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPP

Query:  PPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPR---------KKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
        PPPPRKK PPPPAPKKSPPPPPPR         KKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
Subjt:  PPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPR---------KKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY

XP_022936367.1 extensin-1-like isoform X3 [Cucurbita moschata]5.0e-3882.69Show/hide
Query:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPP
        M PPSIIVHLVIAV VVALS SST+AEGYD+YYSPPPPV YS       S PPP  YSPPPPKKDDEYKSPPPP  KKSPPP    KK PPPP  KKSPP
Subjt:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPP

Query:  PPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
        PPPPRKK PPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPP PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
Subjt:  PPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY

XP_022976650.1 extensin-3-like [Cucurbita maxima]1.5e-55100Show/hide
Query:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKK
        MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKK
Subjt:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKK

Query:  SPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
        SPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
Subjt:  SPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY

XP_023535874.1 extensin-3-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.3e-3574.72Show/hide
Query:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSP-------PPPAYYSPPPPKKDDEYKS---------------PPPPEVKKSPPPPPP
        MGPPSIIVHLVIAV V ALS S+T+AEGYDDYYSPPPPV YS P       PP  YYSPPPPKKDDE KS               PPPPEVKKSPPPPPP
Subjt:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSP-------PPPAYYSPPPPKKDDEYKS---------------PPPPEVKKSPPPPPP

Query:  RKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPP--------PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYY
        RKK PPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPP+PKKSPPPPPP KKSPPPPP        PKKSPPPPSP YK PPPPPSPYY
Subjt:  RKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPP--------PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYY

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1F841 extensin-like isoform X25.9e-3778.79Show/hide
Query:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPP
        M PPSIIVHLVIAV VVALS SST+AEGYD+YYSPPPPV YS       S PPP  YSPPPPKKDDEYKSPPPP  KKSPPP    KK PPPP  KKSPP
Subjt:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPP

Query:  PPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPR---------KKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
        PPPPRKK PPPPAPKKSPPPPPPR         KKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
Subjt:  PPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPR---------KKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY

A0A6J1FDF6 extensin-3-like isoform X12.2e-3977.09Show/hide
Query:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKS---------------PPPPEVKKSPPPPPP
        M PPSIIVHLVIAV VVALS SST+AEGYD+YYSPPPPV YS       S PPP  YSPPPPKKDDEYKS               PPPPEVKKSPPPPPP
Subjt:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKS---------------PPPPEVKKSPPPPPP

Query:  RKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPP--------PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
        RKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPP+PKKSPPPPPP KKSPPPPP        PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
Subjt:  RKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPP--------PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY

A0A6J1FDF9 extensin-1-like isoform X32.4e-3882.69Show/hide
Query:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPP
        M PPSIIVHLVIAV VVALS SST+AEGYD+YYSPPPPV YS       S PPP  YSPPPPKKDDEYKSPPPP  KKSPPP    KK PPPP  KKSPP
Subjt:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYS-------SPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPP

Query:  PPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
        PPPPRKK PPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPP PKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
Subjt:  PPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY

A0A6J1IK20 extensin-3-like7.4e-56100Show/hide
Query:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKK
        MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKK
Subjt:  MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKK

Query:  SPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
        SPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
Subjt:  SPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY

A0A6J1IP49 extensin-3-like1.3e-3196.43Show/hide
Query:  YYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPP
        YYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPP PKKSPP
Subjt:  YYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPP

Query:  PPSPVYKSPPPP
        PP P  KSPPPP
Subjt:  PPSPVYKSPPPP

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGTCCTCCGTCTATCATTGTCCATCTTGTTATCGCAGTTTGCGTGGTAGCTTTAAGCTCATCATCCACAACTGCTGAAGGCTACGACGACTACTATTCTCCT
CCTCCACCTGTCAAATACTCTTCGCCGCCACCACCTGCCTACTACTCTCCTCCACCTCCTAAGAAGGACGACGAATACAAATCTCCTCCTCCACCGGAAGTAAAG
AAGTCTCCTCCACCACCACCTCCACGAAAGAAGCCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCC
GCACCAAAGAAATCTCCTCCTCCACCGCCGCCACGAAAGAAGTCTCCACCTCCGCCACCGCCAAAGAAGTCTCCTCCGCCACCCTCGCCCGTGTACAAGTCGCCT
CCTCCCCCACCATCGCCTTACTACTACTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGGTCCTCCGTCTATCATTGTCCATCTTGTTATCGCAGTTTGCGTGGTAGCTTTAAGCTCATCATCCACAACTGCTGAAGGCTACGACGACTACTATTCTCCT
CCTCCACCTGTCAAATACTCTTCGCCGCCACCACCTGCCTACTACTCTCCTCCACCTCCTAAGAAGGACGACGAATACAAATCTCCTCCTCCACCGGAAGTAAAG
AAGTCTCCTCCACCACCACCTCCACGAAAGAAGCCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCC
GCACCAAAGAAATCTCCTCCTCCACCGCCGCCACGAAAGAAGTCTCCACCTCCGCCACCGCCAAAGAAGTCTCCTCCGCCACCCTCGCCCGTGTACAAGTCGCCT
CCTCCCCCACCATCGCCTTACTACTACTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPP
APKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY