; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmaCh11G017470 (gene) of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1 genome

Gene IDCmaCh11G017470
OrganismCucurbita maxima Rimu (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionCold regulated protein 27, putative isoform 2
Genome locationCma_Chr11:11591856..11595623
RNA-Seq ExpressionCmaCh11G017470
SyntenyCmaCh11G017470
Gene Ontology termsGO:0009409 - response to cold (biological process)
GO:0042752 - regulation of circadian rhythm (biological process)
InterPro domainsIPR044678 - Cold-regulated protein 27/28


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7022450.1 hypothetical protein SDJN02_16181, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]4.4e-13595.35Show/hide
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XP_023529516.1 uncharacterized protein LOC111792349 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]8.9e-13695.35Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1EIL3 uncharacterized protein LOC111434473 isoform X16.1e-10680.23Show/hide
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A0A6J1EPK3 uncharacterized protein LOC111434473 isoform X22.5e-10780.54Show/hide
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A0A6J1GJA3 uncharacterized protein LOC111454842 isoform X23.1e-9471.94Show/hide
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A0A6J1JEE3 uncharacterized protein LOC111486142 isoform X24.3e-11283.66Show/hide
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A0A6J1JIM0 uncharacterized protein LOC111486142 isoform X11.1e-11083.33Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8L8T7 Cold-regulated protein 271.9e-0830.46Show/hide
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            + P   E         + +    S   A S +Q+    R+   I     EVSDQNFV+     + G   ++K++K    S+SS+ DQVVP  +
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Q8L983 Cold-regulated protein 283.3e-0829.36Show/hide
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        LQ+  WQK N G+                           KQ  LET        + S R    N+  +Y    + Q    C  E  T  +E S QNF +
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            E  G + + KR ++A++D S+   DQVVP +
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G33980.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold regulated gene 27 (TAIR:AT5G42900.2)2.3e-0929.36Show/hide
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        LQ+  WQK N G+                           KQ  LET        + S R    N+  +Y    + Q    C  E  T  +E S QNF +
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            E  G + + KR ++A++D S+   DQVVP +
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AT4G33980.2 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown2.3e-0929.36Show/hide
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            E  G + + KR ++A++D S+   DQVVP +
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AT5G42900.1 cold regulated gene 271.4e-0930.46Show/hide
Query:  THWTDEKHRSYLGSLEASFVQELHQYRRLQALSSKQKMRCRP---SMPHISSSELMVLQDASWQKANIGRNDPLL--ERVADSPAILDDVWINRFRSAGK
        T WT+EKH  YL S+EASFV +L  Y  L AL   + +       S    S  +  VL D  WQK N+ + +  +      +S   L   WI  ++   K
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AT5G42900.2 cold regulated gene 271.4e-0930.46Show/hide
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        T WT+EKH  YL S+EASFV +L  Y  L AL   + +       S    S  +  VL D  WQK N+ + +  +      +S   L   WI  ++   K
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            + P   E         + +    S   A S +Q+    R+   I     EVSDQNFV+     + G   ++K++K    S+SS+ DQVVP  +
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AT5G42900.3 cold regulated gene 278.1e-1030.1Show/hide
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Query:  QCTLETPDLIEESGSFSDRRHLRNTKNSYRFARSSQQIPPCCR--ESYTIITEVSDQNFVDNHPGEVSGGMPTAKRLKKA-SSDSSANDQVVPYKR
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Sequences Show/hide sequences
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ATAA
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TGGTTCTTTAGAAGCATCTTTTGTTCAAGAGTTGCATCAATATAGACGCTTGCAAGCTTTGTCCTCAAAACAGAAAATGCGTTGCAGGCCGAGCATGCCTCATATATCTT
CTTCAGAGTTGATGGTCCTTCAAGATGCCTCCTGGCAGAAGGCTAACATTGGGAGGAATGATCCTTTATTGGAAAGGGTAGCCGATTCTCCTGCTATTTTAGACGATGTT
TGGATAAATCGTTTTCGTTCTGCAGGAAAACAGTGTACTCTGGAGACTCCTGATCTCATTGAAGAATCTGGAAGTTTTAGTGATAGGAGACACTTAAGAAACACGAAAAA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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