; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc01g0014251 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc01g0014251
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionZinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like
Genome locationCMiso1.1chr01:11118543..11119508
RNA-Seq ExpressionCmc01g0014251
SyntenyCmc01g0014251
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0009228 - thiamine biosynthetic process (biological process)
GO:0009791 - post-embryonic development (biological process)
GO:0046540 - U4/U6 x U5 tri-snRNP complex (cellular component)
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GO:0008972 - phosphomethylpyrimidine kinase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily
IPR025525 - hAT-like transposase, RNase-H fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK03730.1 zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3-like [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-17798.44Show/hide
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A0A5D3DZY7 Putative transposase2.8e-17798.13Show/hide
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B9FJG3 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 11.2e-3431.44Show/hide
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P08770 Putative AC transposase2.0e-3131.72Show/hide
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Q0JMB2 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 48.0e-2829.21Show/hide
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         WN+TY+ML AA+ + + F  LE    +Y    +P+ EDW        FLK+ Y  TL I  +   + T+N+ FH   V+Q  ++      + ++ G+  
Subjt:  RWNSTYMMLEAAVKFEKAFDRLEDEDASYRHDMSPNKEDWTNARMLIRFLKVFYDVTLKISGS--LYTTSNLVFHQITVVQNCIRLNAGSANALLVGMAN

Query:  NMKAKFEKYWGNNEKNNLLLYVAIVLDPRKKLRFVSFCLKNFFSPEVAESMGNVVEQYCRRLFHEYS
         +  KF+KYW   +  N++L +A+ +DPR K++ V F     + P  A     +V+     L+ EY+
Subjt:  NMKAKFEKYWGNNEKNNLLLYVAIVLDPRKKLRFVSFCLKNFFSPEVAESMGNVVEQYCRRLFHEYS

Q6AVI0 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 21.2e-3431.94Show/hide
Query:  TLTVDN-ASSNDTAVA----YLLKRFNKGLLFGGEFLRVRCCAHILNLIVTDAFKEHNDCIDRIRYAVRFIRSSPARFLKFKKCIELEKIACKSYVCLDV
        T+T+DN  SS+D   A    YL  + N  L+  G+   VRC AHILN +  D     +  I  IR +++FI++SP+R  KF +     +I     +CLDV
Subjt:  TLTVDN-ASSNDTAVA----YLLKRFNKGLLFGGEFLRVRCCAHILNLIVTDAFKEHNDCIDRIRYAVRFIRSSPARFLKFKKCIELEKIACKSYVCLDV

Query:  PTRWNSTYMMLEAAVKFEKAFDRLEDEDASYRHDMSPNKEDWTNARMLIRFLKVFYDVTLKISGSLYTTSNLVFHQITVVQNCIRLNAGSANALLVGMAN
         T+WN+TY+ML AA+ +++AF  LE  D +Y    +P+ EDW        +LK+ YD    I  +   TSNL FH+   +Q  +    G  + +   +A 
Subjt:  PTRWNSTYMMLEAAVKFEKAFDRLEDEDASYRHDMSPNKEDWTNARMLIRFLKVFYDVTLKISGSLYTTSNLVFHQITVVQNCIRLNAGSANALLVGMAN

Query:  NMKAKFEKYWGNNEKNNLLLYVAIVLDPRKKLRFVSFCLKNFFSPEVAESMGNVVEQYCRRLFHEYST-----------TRSGSRQGCSSTSTTSTQIVS
        +M  +F+KYW   +  NL+L +A+V+DPR K++ V F     +  E A+ +  VV+     L+ EY                G+    S   T +T   +
Subjt:  NMKAKFEKYWGNNEKNNLLLYVAIVLDPRKKLRFVSFCLKNFFSPEVAESMGNVVEQYCRRLFHEYST-----------TRSGSRQGCSSTSTTSTQIVS

Query:  GLDVNIDFDSN-ENVGEDFVYDTIVEEFEDDSTTP
        G D  +DFD     +       + +E++ D+S TP
Subjt:  GLDVNIDFDSN-ENVGEDFVYDTIVEEFEDDSTTP

Q75HY5 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 39.1e-3230.64Show/hide
Query:  TLTVDN-ASSNDTAVAYLLKRFNK---GLLFGGEFLRVRCCAHILNLIVTDAFKEHNDCIDRIRYAVRFIRSSPARFLKFKKCIELEKIACKSYVCLDVP
        T+T+DN  SS+D   A ++   +     ++  G+   VRC AHILN +  D     +  I  IR +++FI++S     KF +     +I     +CLDV 
Subjt:  TLTVDN-ASSNDTAVAYLLKRFNK---GLLFGGEFLRVRCCAHILNLIVTDAFKEHNDCIDRIRYAVRFIRSSPARFLKFKKCIELEKIACKSYVCLDVP

Query:  TRWNSTYMMLEAAVKFEKAFDRLEDEDASYRHDMSPNKEDWTNARMLIRFLKVFYDVTLKISGSLYTTSNLVFHQITVVQNCIRLNAGSANALLVGMANN
        T+WN+TY+ML AA+ +++ F  LE  D  Y    +P+ EDW        +L + YD    I  +   TSN+ FH+   +Q+ +       + +    A  
Subjt:  TRWNSTYMMLEAAVKFEKAFDRLEDEDASYRHDMSPNKEDWTNARMLIRFLKVFYDVTLKISGSLYTTSNLVFHQITVVQNCIRLNAGSANALLVGMANN

Query:  MKAKFEKYWGNNEKNNLLLYVAIVLDPRKKLRFVSFCLKNFFSPEVAESMGNVVEQYCRRLFHEYSTTRSGSRQGCSSTSTTSTQIVSGLDVNIDFD
        M  +F+KYW   +  NL+L +A+V+DPR K++ V F      S E A+ +  VV+     L+ EY+T    +R    + ++ +    +G D  +DFD
Subjt:  MKAKFEKYWGNNEKNNLLLYVAIVLDPRKKLRFVSFCLKNFFSPEVAESMGNVVEQYCRRLFHEYSTTRSGSRQGCSSTSTTSTQIVSGLDVNIDFD

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G42170.1 BED zinc finger ;hAT family dimerisation domain8.5e-2526.5Show/hide
Query:  NKGLLFGGEFLRVRCCAHILNLIVTDAFKEHNDCIDRIRYAVRFIRSSPARFLKFKKCIELEKIACKSYVCLDVPTRWNSTYMMLEAAVKFEKAFDRLED
        N G+L  G+ +   C A     +  D  ++  D I  IR +V+ +++S +   +F +  E  ++  +  + LD  T+WN+TYMML AA + ++ F  L+ 
Subjt:  NKGLLFGGEFLRVRCCAHILNLIVTDAFKEHNDCIDRIRYAVRFIRSSPARFLKFKKCIELEKIACKSYVCLDVPTRWNSTYMMLEAAVKFEKAFDRLED

Query:  EDASYRHDMSPNKEDWTNARMLIRFLKVFYDVTLKISGSLYTTSNLVFHQITVVQNCIRLNAGSANALLVGMANNMKAKFEKYWGNNEKNNLLLYVAIVL
         D  Y+    P+ EDW +   L  FLK  ++    +  +   ++   FH++   Q+ +       +  + G+A  M+ K +KYW      +L+L +A+V+
Subjt:  EDASYRHDMSPNKEDWTNARMLIRFLKVFYDVTLKISGSLYTTSNLVFHQITVVQNCIRLNAGSANALLVGMANNMKAKFEKYWGNNEKNNLLLYVAIVL

Query:  DPRKKLRFVSFCLKNFFSPEVAESMGNVVEQYCRRLFHEY--------STTRSGSRQGCSS-----TSTTSTQIVSGLDVNID
        DPR K++ V F     F  +  +++   V+     LF EY        +T+  G   G S        TT   + S LD  +D
Subjt:  DPRKKLRFVSFCLKNFFSPEVAESMGNVVEQYCRRLFHEY--------STTRSGSRQGCSS-----TSTTSTQIVSGLDVNID


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACTTTGACAGTTGATAATGCAAGTTCGAATGACACTGCTGTTGCTTATCTTTTAAAGAGATTCAATAAAGGATTATTGTTTGGTGGGGAATTTCTGCGTGTTCGTTG
TTGTGCCCATATATTGAATCTTATAGTAACTGATGCTTTTAAGGAACATAATGATTGTATTGATAGGATTCGATATGCTGTGCGATTTATAAGGTCTTCTCCTGCTCGTT
TTTTGAAATTTAAAAAGTGCATTGAACTTGAAAAAATTGCTTGTAAGAGTTATGTGTGTCTTGATGTTCCTACAAGATGGAACTCCACATATATGATGCTTGAAGCTGCT
GTTAAGTTTGAAAAAGCTTTTGATAGATTAGAAGATGAAGATGCCTCGTATAGACATGATATGTCACCGAATAAGGAAGATTGGACAAACGCTAGGATGTTAATACGATT
TTTAAAAGTATTTTATGATGTCACATTAAAGATTTCAGGTTCTTTGTATACTACTTCGAACTTGGTTTTCCATCAGATTACAGTGGTTCAGAATTGTATACGTTTGAATG
CGGGTAGTGCAAATGCATTGTTAGTTGGAATGGCTAATAACATGAAGGCAAAATTCGAGAAATATTGGGGAAACAATGAAAAGAATAATTTGTTGTTGTATGTTGCTATT
GTGTTGGATCCTCGAAAGAAATTAAGATTTGTATCTTTTTGTTTGAAAAATTTTTTTAGTCCCGAGGTTGCTGAATCCATGGGAAATGTAGTGGAACAATATTGTAGACG
TCTCTTTCATGAGTATAGTACTACTCGAAGTGGGAGTAGACAAGGATGTAGTAGTACTAGTACAACTAGTACACAAATTGTTTCAGGCTTGGATGTTAATATTGATTTTG
ATTCGAATGAAAATGTGGGGGAAGATTTTGTCTACGACACGATTGTTGAGGAATTTGAAGATGATTCTACTACACCTTTCGAATAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGACTTTGACAGTTGATAATGCAAGTTCGAATGACACTGCTGTTGCTTATCTTTTAAAGAGATTCAATAAAGGATTATTGTTTGGTGGGGAATTTCTGCGTGTTCGTTG
TTGTGCCCATATATTGAATCTTATAGTAACTGATGCTTTTAAGGAACATAATGATTGTATTGATAGGATTCGATATGCTGTGCGATTTATAAGGTCTTCTCCTGCTCGTT
TTTTGAAATTTAAAAAGTGCATTGAACTTGAAAAAATTGCTTGTAAGAGTTATGTGTGTCTTGATGTTCCTACAAGATGGAACTCCACATATATGATGCTTGAAGCTGCT
GTTAAGTTTGAAAAAGCTTTTGATAGATTAGAAGATGAAGATGCCTCGTATAGACATGATATGTCACCGAATAAGGAAGATTGGACAAACGCTAGGATGTTAATACGATT
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ATTCGAATGAAAATGTGGGGGAAGATTTTGTCTACGACACGATTGTTGAGGAATTTGAAGATGATTCTACTACACCTTTCGAATAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MTLTVDNASSNDTAVAYLLKRFNKGLLFGGEFLRVRCCAHILNLIVTDAFKEHNDCIDRIRYAVRFIRSSPARFLKFKKCIELEKIACKSYVCLDVPTRWNSTYMMLEAA
VKFEKAFDRLEDEDASYRHDMSPNKEDWTNARMLIRFLKVFYDVTLKISGSLYTTSNLVFHQITVVQNCIRLNAGSANALLVGMANNMKAKFEKYWGNNEKNNLLLYVAI
VLDPRKKLRFVSFCLKNFFSPEVAESMGNVVEQYCRRLFHEYSTTRSGSRQGCSSTSTTSTQIVSGLDVNIDFDSNENVGEDFVYDTIVEEFEDDSTTPFE