CuGenDBv2

Gene ID	Cmc01g0028221
Organism	Cucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
Description	R3H-assoc domain-containing protein
Genome location	CMiso1.1chr01:29503063..29507169
RNA-Seq Expression	Cmc01g0028221
Synteny	Cmc01g0028221
Gene Ontology terms	GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
InterPro domains	IPR025952 - R3H-associated N-terminal domain IPR036867 - R3H domain superfamily IPR039629 - R3H domain-containing protein 4

Homology

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GenBank top hits

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Alignment

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XP_038896192.1 R3H domain-containing protein 4 [Benincasa hispida]

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e value

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Alignment

A0A0A0K5V5 R3H-assoc domain-containing protein

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A0A1S3BS51 uncharacterized protein LOC103492685

5.2e-139

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A0A6J1DA21 uncharacterized protein LOC111018421 isoform X1

5.6e-117

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A0A6J1HB10 R3H domain-containing protein 4-like

7.4e-117

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A0A6J1KSN3 R3H domain-containing protein 4-like

2.8e-116

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SwissProt top hits

e value

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Q2KIL7 R3H domain-containing protein 4

8.1e-04

25.66

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        R   P P  LP   L      R  +  +K  F+        L  K   RKS +R  N + L+ L+    A      G  APP           + T  E 
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Query:  WDKFRSIDMDKEAKIIGVFEN---SSSKRKGHIDADKM-----AFL--NAWRRIECRTREALRRS-FRAELVEGYEESIRSFISDTCKEDVLIMRVQDPF
        W+ F +   +++ +++   E+   S ++R+G    +       A+     ++RI  R R  L+RS    E +E +EE +  F S    + V    + + F
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Query:  HRLLLHGVCEFYNLDSVTV-LESKNK
         RLLLH +C++ +L S +  LE K +
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G03250.1 unknown protein

1.5e-82

61.2

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        MA+T+V++R+      SL  DP  GDT  SRG+S+EKKIE LESL G+V+NR+SRRWLNDR+LMELVPRL+A+EIRGLFAPPPWGDDV P+ FS+TN  +
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        WDKFR+IDMDKEA I+     SS ++KG +D DK+A LNAWRRI+CRTR+ALRRSF  EL+EGYE  I  FI +  + DVL ++VQDPFHRLLLHGVCE+
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Query:  YNLDSVTVLESKNKGSTKMTRITRRKKA-MVEVPNITLTHFLKMSKEGTW
        +NL S T  E   + + K T I  +K     E P+I+L HFL+MSKEG W
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AT1G03250.2 unknown protein

1.4e-80

59.77

Show/hide

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        MA+T+V++R+      SL  DP  GDT  SRG+S+EKKIE LESL G+V+NR+SRRWLNDR+LMELVPRL+A+EIRGLFAPPPWGDDV P+ FS+TN  +
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Query:  HGVCEFYNLDSVTVLESKNKGSTKMTRITRRKKA-MVEVPNITLTHFLKMSKEGTW
        HGVCE++NL S T  E   + + K T I  +K     E P+I+L HFL+MSKEG W
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCTTCCACTGATGTTCTTAAACGAGAAGCGAATCCTTTCCCTTTTTCCCTTCCTAACGATCCACTCAATGGTGATACGGATTCTCGGGGTATGTCAATCGAGAAGAA
GATAGAATTCTTGGAGAGCTTGACTGGGAAGGTTACCAATAGGAAGTCCCGCAGATGGTTAAACGATCGTCTTTTGATGGAGCTTGTTCCTCGCTTGAATGCTGAAGAAA
TTAGAGGGCTGTTTGCTCCACCACCTTGGGGTGATGATGTACGGCCCACAACGTTCTCCATGACTAATGCAGAAGACTGGGACAAGTTCAGGAGTATTGACATGGATAAA
GAGGCTAAGATCATTGGAGTCTTCGAGAACTCATCTTCTAAGAGAAAGGGTCATATTGATGCAGATAAAATGGCTTTCTTGAATGCCTGGCGTAGAATTGAATGTCGAAC
AAGGGAGGCTCTTCGCCGTAGTTTTCGTGCGGAGCTTGTTGAAGGTTATGAGGAGAGCATAAGATCATTTATTTCAGACACTTGTAAAGAAGATGTCTTAATCATGCGAG
TTCAAGATCCATTCCACAGATTATTGCTACATGGAGTTTGTGAGTTCTACAATTTGGATTCTGTGACCGTTCTGGAGTCAAAGAACAAGGGCTCTACGAAGATGACAAGG
ATAACAAGGAGGAAGAAGGCCATGGTTGAGGTCCCAAATATAACTCTGACCCATTTCCTTAAAATGTCCAAAGAAGGAACATGGTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

GAATGAGCTTACACAAGAAAAGAAAATAAAATAAAACAAAATTGGTTGAAGGTGGGTCGGGTCGCGTATCGAGGGTAGCTTTGACTTTTGCCATATGAGGAGTCGGTCTC
GGTGGCGGTGTGCGGCGGAGAAAGACGTCGTCTTCTCAATCTCATCTGAAACAGAATATTCTTCCGAATCTAATCCTTCTCTCTGTTCCTCTTCCCAATTTCTAAGGCTC
TGTTTCTTCTTCTTTTTCAATCCTTTGATTCGATCTTGCCCTAATTTTCCCATCTCCATCTCCCTCATCTTCATCTTTCGCCGATTCTCCCCTTTCCGTCTTCTCATCCA
ACCTCAAAAAATCACCTTCCCTACAAGATTTTCAATCCCATCCACAACAGGGCAAAACCACCACTTGGGCTTCAATCGGATTCTCTTTTTTCCTCTCTAATCATGGCTTC
CACTGATGTTCTTAAACGAGAAGCGAATCCTTTCCCTTTTTCCCTTCCTAACGATCCACTCAATGGTGATACGGATTCTCGGGGTATGTCAATCGAGAAGAAGATAGAAT
TCTTGGAGAGCTTGACTGGGAAGGTTACCAATAGGAAGTCCCGCAGATGGTTAAACGATCGTCTTTTGATGGAGCTTGTTCCTCGCTTGAATGCTGAAGAAATTAGAGGG
CTGTTTGCTCCACCACCTTGGGGTGATGATGTACGGCCCACAACGTTCTCCATGACTAATGCAGAAGACTGGGACAAGTTCAGGAGTATTGACATGGATAAAGAGGCTAA
GATCATTGGAGTCTTCGAGAACTCATCTTCTAAGAGAAAGGGTCATATTGATGCAGATAAAATGGCTTTCTTGAATGCCTGGCGTAGAATTGAATGTCGAACAAGGGAGG
CTCTTCGCCGTAGTTTTCGTGCGGAGCTTGTTGAAGGTTATGAGGAGAGCATAAGATCATTTATTTCAGACACTTGTAAAGAAGATGTCTTAATCATGCGAGTTCAAGAT
CCATTCCACAGATTATTGCTACATGGAGTTTGTGAGTTCTACAATTTGGATTCTGTGACCGTTCTGGAGTCAAAGAACAAGGGCTCTACGAAGATGACAAGGATAACAAG
GAGGAAGAAGGCCATGGTTGAGGTCCCAAATATAACTCTGACCCATTTCCTTAAAATGTCCAAAGAAGGAACATGGTAGTCTCAATTAGATGAAGAAACTTGGTAGAACC
TTATTATTGCATTGATGTTTGTTACAATAATATTGAAGATTCAATGTTAGGGTGTAATATTTAGACTGTAGGTTCGTACTGTACAGTTGTTGCTATCCTGCTACTGGACC
GATGTGTATTGTAAATTATTCTCTCTTTCTCTTGGCACCAATCGTACTATTCATATCATTTGAACAAGGAAATGCCTTGCTTCCATTATTCAACACATGCCTTCCTCTTC
TAAGTTTCATTGGATTGTTATGATGTTGATCATAGTTATGTGAAATTGTGGGC

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MASTDVLKREANPFPFSLPNDPLNGDTDSRGMSIEKKIEFLESLTGKVTNRKSRRWLNDRLLMELVPRLNAEEIRGLFAPPPWGDDVRPTTFSMTNAEDWDKFRSIDMDK
EAKIIGVFENSSSKRKGHIDADKMAFLNAWRRIECRTREALRRSFRAELVEGYEESIRSFISDTCKEDVLIMRVQDPFHRLLLHGVCEFYNLDSVTVLESKNKGSTKMTR
ITRRKKAMVEVPNITLTHFLKMSKEGTW

Cmc01g0028221 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome