CuGenDBv2

Gene ID	Cmc02g0054541
Organism	Cucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
Description	Protein Ycf2
Genome location	CMiso1.1chr02:21607182..21607391
RNA-Seq Expression	Cmc02g0054541
Synteny	Cmc02g0054541
Gene Ontology terms	GO:0009570 - chloroplast stroma (cellular component) GO:0016020 - membrane (cellular component) GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function) GO:0005524 - ATP binding (molecular function) GO:0016887 - ATPase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR008543 - Uncharacterised protein family Ycf2

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

YP_009179124.1 hypothetical protein RF2 [Salix babylonica]

3.4e-26

88.41

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        +NLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EKGKKRSLCLKKC++K QMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

YP_009469293.1 hypothetical chloroplast RF21 [Byrsonima coccolobifolia]

1.5e-26

89.86

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++KEQMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

YP_009469381.1 hypothetical chloroplast RF21 [Byrsonima crassifolia]

1.5e-26

89.86

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++KEQMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

YP_009493397.1 Ycf2 [Banisteriopsis caapi]

1.5e-26

89.86

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++KEQMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

YP_010160710.1 Ycf2 [Eugenia brasiliensis]

1.5e-26

89.86

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++KEQMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A2L1IP69 Protein Ycf2

7.5e-27

89.86

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++KEQMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

A0A2L1IPE8 Protein Ycf2

7.5e-27

89.86

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++KEQMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

A0A2U8U5P8 Protein Ycf2

7.5e-27

89.86

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++KEQMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

A0A411D8E5 Protein Ycf2

1.7e-26

88.41

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        +NLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EKGKKRSLCLKKC++K QMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

A0A7M1CHE4 Protein Ycf2

1.7e-26

88.41

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        +NLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EKGKKRSLCLKKC++K QMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A4GYV4 Protein Ycf2

3.8e-28

86.96

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        +NLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++K QMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

B1NWJ3 Protein Ycf2

2.9e-28

86.96

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++K QMYRTFQRD+ FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

Q09WV7 Protein Ycf2

1.7e-28

88.41

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKR LCLKKCL+K QMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

Q0ZIV6 Protein Ycf2

2.2e-28

86.96

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNLHQYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLC+KKC++K QMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

Q49KT6 Protein Ycf2

6.5e-28

86.96

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSEGKNL+QYL FNSN GLIHTPCSEKYLP EK KKRSLCLKKC++K QMYRTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00860.1 Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core

1.7e-23

79.71

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSE K+LHQYL FNSN GLIHTPCSEKYL   + KKRSLCLKKC+ K QM RTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

ATCG01280.1 Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core

1.7e-23

79.71

Show/hide

Query:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK
        MNLSDSE K+LHQYL FNSN GLIHTPCSEKYL   + KKRSLCLKKC+ K QM RTFQRDS FSTLSK
Subjt:  MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAATTTATCTGATTCAGAGGGGAAGAACTTGCATCAGTATCTCACTTTCAATTCGAACACGGGTTTGATTCACACTCCATGTTCTGAGAAATATTTACCACCCGAAAA
AGGAAAAAAACGGAGTCTTTGTCTAAAGAAATGTCTTAAGAAAGAGCAGATGTATAGAACCTTTCAACGAGATAGTACTTTTTCAACTCTCTCAAAATGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MNLSDSEGKNLHQYLTFNSNTGLIHTPCSEKYLPPEKGKKRSLCLKKCLKKEQMYRTFQRDSTFSTLSK

Cmc02g0054541 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome