; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc02g0055391 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc02g0055391
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionRetrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
Genome locationCMiso1.1chr02:22197335..22198165
RNA-Seq ExpressionCmc02g0055391
SyntenyCmc02g0055391
Gene Ontology termsGO:0015074 - DNA integration (biological process)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001584 - Integrase, catalytic core
IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily
IPR025724 - GAG-pre-integrase domain
IPR036397 - Ribonuclease H superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0041601.1 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa]5.8e-14994.93Show/hide
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TYK26360.1 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa]5.8e-14994.93Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7VIT8 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-942.8e-14994.93Show/hide
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A0A5D3C0D7 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-942.8e-14994.93Show/hide
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A0A5D3CT53 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-944.3e-15095.29Show/hide
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A0A5D3D7V8 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-942.8e-14994.93Show/hide
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A0A5D3DT06 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-942.8e-14994.93Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P04146 Copia protein3.3e-1425.33Show/hide
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           C  C   KQ  L F   K  +   R   ++HSD+ GP    T+    Y+V+F+D F+ +   Y +K++S +   + +F       F+  +  L  DN
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          EY  + +  F  ++G     + PHT Q
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P10978 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-946.4e-1827.19Show/hide
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        VP+L  NL+S   L   G    F++   ++         G +R  G L+   + ++    ++A   +     WH R+GH S + L+ L   + ++     
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            C  C   KQH +SF  S+       DL++SD+ GP    ++ G +Y+V FIDD SR  W+Y LK + ++ + + +F  ++  +    +K LR+DN 
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Query:  LEYKDSTLLSFLSQQGTLVQRSCPHTSQ
         EY       + S  G   +++ P T Q
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Q12193 Transposon Ty1-BR Gag-Pol polyprotein7.4e-1424.7Show/hide
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        SL + HT   PN+ ++L+S+ +L  + +T  F+ N   V +   G  +    K G  + +    + P +IS P      T   T ++     H  L HA+
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        ++ +R+  S+ N N+IT F          + + C +C + K       K + +  ++    F  +H+DI+GP          Y++ F D+ ++F W+Y L
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Query:  KHR--SKLSRTYIEFANMIRTQFSCPIKTLRTDNALEYKDSTLLSFLSQQG
          R    +   +      I+ QF   +  ++ D   EY + TL  FL + G
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Q94HW2 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE12.4e-3332.98Show/hide
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        +TS+++ ++   P      +   D + + I+H G  +++T S  LNL +   VPN+  NL+SV +LC+  G++V F     QV+D  TG  +   +    
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        L+E       P+S+ A  +   T+  WH RLGH +   L  +I   S++ LN   KF+  +C +C + K + + FS+ST    R  + I+SD+W  +P  
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Q9ZT94 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE21.6e-3232.04Show/hide
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        +TS+++ ++   P      +   D + + ITH G+ + P    SL+L     VPN+  NL+SV +LC+   ++V F     QV+D  TG  +   +    
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        L+E  + S Q   +  ++P + +    WH RLGH S   L  +IS ++L  +       +C +C + K H + FS ST    +  + I+SD+W  +P  +
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
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Sequences Show/hide sequences
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