; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc03g0062841 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc03g0062841
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationCMiso1.1chr03:3187224..3187832
RNA-Seq ExpressionCmc03g0062841
SyntenyCmc03g0062841
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0036923.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]6.3e-7994.94Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRSGETVSRHFNI LLAVLRLYEEL+KRPVPNCLGALDGTYIKVNVPA 
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI TNVLGVCDTKGDFVYVL GWEGSAADSRILRD IS+ENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

KAA0042501.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-7894.94Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRS ETVSR+FNI LLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPA 
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI TNVLGVCDTKGDFVYVL+GWEGSAADSRILRD ISRENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

KAA0051443.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.8e-7995.57Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRSGETVSRHFNI LLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVP  
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI TNVLGVCDTKGDFVYVL GWEGSAADSRILRD ISRENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

KAA0062150.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-7894.94Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRSGETVSRHFNI LLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKV+VPA 
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI T+VLGVCDTKGDFVYVL GWEGSAADSRILRD ISRENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

KAA0062587.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.8e-7995.57Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRSGETVSRHFNI LLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPA 
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI TNVLGVCDTKGDFVYVL GWEGSAADS+ILRD ISRENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7T1V5 Retrotransposon protein3.1e-7994.94Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRSGETVSRHFNI LLAVLRLYEEL+KRPVPNCLGALDGTYIKVNVPA 
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI TNVLGVCDTKGDFVYVL GWEGSAADSRILRD IS+ENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

A0A5A7TLQ0 Retrotransposon protein6.8e-7994.94Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRS ETVSR+FNI LLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPA 
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI TNVLGVCDTKGDFVYVL+GWEGSAADSRILRD ISRENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

A0A5A7U6C1 Retrotransposon protein1.4e-7995.57Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRSGETVSRHFNI LLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVP  
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI TNVLGVCDTKGDFVYVL GWEGSAADSRILRD ISRENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

A0A5A7V4C6 Retrotransposon protein6.8e-7994.94Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRSGETVSRHFNI LLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKV+VPA 
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI T+VLGVCDTKGDFVYVL GWEGSAADSRILRD ISRENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

A0A5A7V6J9 Retrotransposon protein1.4e-7995.57Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE
        MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKN VIQREFVRSGETVSRHFNI LLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPA 
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAE

Query:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        DRPTFRTRKGEI TNVLGVCDTKGDFVYVL GWEGSAADS+ILRD ISRENGLQVPKG
Subjt:  DRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein8.4e-1328.49Show/hide
Query:  FAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRP-------VPNCL-------------
        F  LC++L+    L  T  + +EE VAMFL +  H+     +   F R+ ETV R F   L A   L  + I+ P       +P  L             
Subjt:  FAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRP-------VPNCL-------------

Query:  -GALDGTYIKVNVPAEDRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVP
         GA+DGT++ V V  + +  +  R    + N++ +CD K  F Y+  G  GS  D+ +L+  I++++  + P
Subjt:  -GALDGTYIKVNVPAEDRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVP

AT3G55350.1 PIF / Ping-Pong family of plant transposases1.1e-0434.33Show/hide
Query:  VPNCLGALDGTYIKVNVPAEDRPTFRTRKGE--ITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRD
        +PNC GA+D T+I +N+PA +        GE   +  +  V D    F+ V+ GW GS  D  +L++
Subjt:  VPNCLGALDGTYIKVNVPAEDRPTFRTRKGE--ITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRD

AT5G28950.1 unknown protein1.4e-1547.37Show/hide
Query:  NCLGALDGTYIKVNVPAEDRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISR-ENGLQVPK
        +C+GA+D T+I   V  +  P+FR RKG+I+ N+L  C+   +F+YVL GWEGSA DS++L D ++R  N L VP+
Subjt:  NCLGALDGTYIKVNVPAEDRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISR-ENGLQVPK

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)1.9e-2536.26Show/hide
Query:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPN-------------CLGA
        MD+  F  LC LL+    L  T  + +E  +A+FL ++ H+++   +Q  F  SGET+SRHFN  L AV+ + ++   +P  N             C+G 
Subjt:  MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPN-------------CLGA

Query:  LDGTYIKVNVPAEDRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG
        +D  +I V V  +++  FR   G +T NVL        F YVL GWEGSA+D ++L   ++R N LQVP+G
Subjt:  LDGTYIKVNVPAEDRPTFRTRKGEITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGATAGGCGAACATTCGCAATTCTATGCCATTTACTTAGAAATGTCGCTGGTCTTTCTTCAACTGAAATTGTCGATGTTGAGGAAATGGTAGCAATGTTCTTGCACGT
CCTCGCTCATGACGTGAAGAACTGCGTCATACAACGAGAATTTGTACGCTCCGGTGAGACAGTATCTCGACATTTCAACATCGCATTGTTGGCTGTTCTTCGACTGTACG
AGGAGTTGATAAAGAGACCTGTTCCGAATTGCCTTGGCGCGTTAGACGGGACGTACATAAAGGTCAACGTCCCTGCAGAAGATCGGCCTACTTTCAGAACGCGTAAGGGG
GAAATTACCACAAACGTTCTTGGGGTCTGTGACACGAAAGGGGATTTCGTTTATGTCCTCGTCGGTTGGGAAGGATCTGCAGCAGACTCGCGGATCCTACGTGATGTGAT
TTCACGAGAAAATGGACTACAAGTGCCAAAGGGTATATCTTGTTTATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGATAGGCGAACATTCGCAATTCTATGCCATTTACTTAGAAATGTCGCTGGTCTTTCTTCAACTGAAATTGTCGATGTTGAGGAAATGGTAGCAATGTTCTTGCACGT
CCTCGCTCATGACGTGAAGAACTGCGTCATACAACGAGAATTTGTACGCTCCGGTGAGACAGTATCTCGACATTTCAACATCGCATTGTTGGCTGTTCTTCGACTGTACG
AGGAGTTGATAAAGAGACCTGTTCCGAATTGCCTTGGCGCGTTAGACGGGACGTACATAAAGGTCAACGTCCCTGCAGAAGATCGGCCTACTTTCAGAACGCGTAAGGGG
GAAATTACCACAAACGTTCTTGGGGTCTGTGACACGAAAGGGGATTTCGTTTATGTCCTCGTCGGTTGGGAAGGATCTGCAGCAGACTCGCGGATCCTACGTGATGTGAT
TTCACGAGAAAATGGACTACAAGTGCCAAAGGGTATATCTTGTTTATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDRRTFAILCHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNCVIQREFVRSGETVSRHFNIALLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVNVPAEDRPTFRTRKG
EITTNVLGVCDTKGDFVYVLVGWEGSAADSRILRDVISRENGLQVPKGISCL