; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc04g0090311 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc04g0090311
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22A
Genome locationCMiso1.1chr04:2523985..2528711
RNA-Seq ExpressionCmc04g0090311
SyntenyCmc04g0090311
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004136307.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22 [Cucumis sativus]1.0e-9395.31Show/hide
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XP_008466294.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A [Cucumis melo]2.9e-9699.46Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]2.7e-9497.34Show/hide
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XP_022940964.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita moschata]2.2e-9194.71Show/hide
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XP_022981880.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita maxima]1.3e-9195.72Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein5.0e-9495.31Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A1.4e-9699.46Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.3e-9497.34Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.0e-9194.71Show/hide
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like6.1e-9295.72Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ225.2e-7276.59Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R     GG GRRRS+S     PRYRRSPSYG RSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANGNG+K+R
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A1.4e-6171.79Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA+DAI ++DGKNGWRVELS N+       G GGR R G S+ KCYECGE 
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ219.2e-6169.43Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DA+ +LDGKNGWRVELS NS         GGR R GGS++KCYECGE 
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ237.3e-5865.05Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RE+EDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DAI +LDGKNGWRVELS  +   G GR   GR RSGGSD+KCYECGEP
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Query:  ELPYAN
        E PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A8.0e-7378.79Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG GG    R RSRS PRYR+SP+YG  RSYSPR RS   PRRRS SPRGR++SRS PPYR R+E+PYANGNG+KD RRSRS
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 217.0e-5665.46Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR      G G+ RRRS SPR RRSP YG   RS SPRGR   PRRRS++P  RGRS+SRSPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 217.0e-5665.46Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR      G G+ RRRS SPR RRSP YG   RS SPRGR   PRRRS++P  RGRS+SRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein5.7e-7478.79Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG GG    R RSRS PRYR+SP+YG  RSYSPR RS   PRRRS SPRGR++SRS PPYR R+E+PYANGNG+KD RRSRS
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 223.7e-7376.59Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R     GG GRRRS+S     PRYRRSPSYG RSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANGNG+K+R
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        RRSRS
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 223.7e-7376.59Show/hide
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Query:  CYECGEPGHFARECRLRGGGGGGGAGRRRSRS-----PRYRRSPSYG-RSYSPRGRS---PRRRSLSP---RGRSFSRS-PPYRGREELPYANGNGIKDR
        CYECGE GHFARECR R     GG GRRRS+S     PRYRRSPSYG RSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANGNG+K+R
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Query:  RRSRS
        RRSRS
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGTGTATATGTTGGGAATTTGGATCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTATTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACC
GCCAGGCTATGCCTTCATAGATTTTGACGACCCCAGAGATGCACGGGATGCGATTCATGAATTAGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAACTTTCTCACAATTCTAGAG
GTGGTGGAGGTGGCCGTGGAGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCCGGTGGTTCTGATTTGAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAGTGCCGTTTACGT
GGTGGTGGCGGTGGCGGTGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGTTACAGTCCCCGTGGAAGATCTCCAAGACG
TCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTTTAGTAGATCACCTCCATACCGTGGTAGAGAGGAGCTACCTTATGCCAACGGAAATGGCATAAAGGACCGGCGCCGGAGCA
GGAGCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TTGAGCTGCTAGGGTTTTCTCCGGTTTCTTGTAAAGCAATGTCTCGTGTATATGTTGGGAATTTGGATCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTA
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