; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc04g0096521 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc04g0096521
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationCMiso1.1chr04:10840605..10841255
RNA-Seq ExpressionCmc04g0096521
SyntenyCmc04g0096521
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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KAA0062150.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.5e-8998.26Show/hide
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KAA0062587.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]4.6e-9199.42Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7T1V5 Retrotransposon protein4.9e-9198.84Show/hide
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A0A5A7TLQ0 Retrotransposon protein9.3e-9098.26Show/hide
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A0A5A7U6C1 Retrotransposon protein1.1e-9098.84Show/hide
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A0A5A7V4C6 Retrotransposon protein7.1e-9098.26Show/hide
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A0A5A7V6J9 Retrotransposon protein2.2e-9199.42Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9M2U3 Protein ALP1-like7.5e-0435.29Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein5.2e-1628.95Show/hide
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AT3G55350.1 PIF / Ping-Pong family of plant transposases5.3e-0535.29Show/hide
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AT5G28730.1 unknown protein1.3e-1431.36Show/hide
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        I+ +++ C+   RM    F  LC +L    GL S+  + ++E VA+FL + A +   R I   F  + ET+ R F+ VL A+ RL  E I+   P  +  
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AT5G28950.1 unknown protein6.7e-1648.68Show/hide
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AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)7.7e-2837.85Show/hide
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        C ++ RMD+  F  LC LL+    L  T  + +E  +A+FL ++ H+++ R +Q  F  SGET+SRHFN VL AV+ + ++   +P  N           
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          C+G +D  +I V V   ++  FR   G +  NVL        F YVLAGWEGSA+D ++L  A++R N LQVP+G
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AATTGTCGATGTTGAGGAAATGGTAGCAATGTTCTTGCACGTCCTCGCTCATGACGTGAAGAACCGCGTCATACAACGAGAATTTGTACGCTCCGGTGAGACAGTATCGC
GACATTTCAACATCGTATTGTTGGCTGTTCTTCGACTGTACGAGGAGTTGATAAAAAGACCTGTTCCGAACTGCCTTGGCGCGTTAGACGGGACGTACATAAAGGTGAAC
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GGAAGGATCTGCAGCAGACTCGCGGATCCTACGTGATGCGATTTCACGAGAAAATGGACTACAAGTGCCAAAGGGTATATCATGTTTATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATACACGAGTCAGATCTTGTGTGTCGGCAAAGCACGCGGATGGATAGGCGAACATTCGCAATTCTATGCCATTTACTTAGAAATGTCGCTGGTCTTTCTTCAACTGA
AATTGTCGATGTTGAGGAAATGGTAGCAATGTTCTTGCACGTCCTCGCTCATGACGTGAAGAACCGCGTCATACAACGAGAATTTGTACGCTCCGGTGAGACAGTATCGC
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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