; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc04g0099221 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc04g0099221
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionRetrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
Genome locationCMiso1.1chr04:14981880..14982692
RNA-Seq ExpressionCmc04g0099221
SyntenyCmc04g0099221
Gene Ontology termsGO:0015074 - DNA integration (biological process)
GO:0016020 - membrane (cellular component)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0004812 - aminoacyl-tRNA ligase activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001584 - Integrase, catalytic core
IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily
IPR025724 - GAG-pre-integrase domain
IPR036397 - Ribonuclease H superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0040517.1 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa]1.8e-14291.7Show/hide
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TYJ98155.1 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa]7.1e-14492.06Show/hide
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TYK23446.1 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa]6.0e-14392.06Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TG30 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-948.5e-14391.7Show/hide
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A0A5A7TZC4 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-942.6e-14492.42Show/hide
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A0A5A7U9P9 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-941.3e-14391.7Show/hide
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A0A5D3BI36 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-943.5e-14492.06Show/hide
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A0A5D3DIH5 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-942.9e-14392.06Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P04146 Copia protein6.1e-1322.84Show/hide
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        +  +G        L ++ V +  + S      + ++ W+ R GH S  KL  +   N  +  +          +   CLN K A+ P       T I  +
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P10978 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-948.5e-1529.86Show/hide
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        W+ R+GH S + L+ L   + ++         C  C   KQ  +SF TS+       DL++ D+ GP    ++ G +Y+V FIDD SR  W+Y LK + +
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        + + + +F  ++  +    +K LR+DN  EY       + S  G
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Q12193 Transposon Ty1-BR Gag-Pol polyprotein1.4e-1223.45Show/hide
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        +LLDS     +  +   ++++S   S P I   D    NIP                 S+ + HT   PN+ ++L+S+ +L  + +T  F+ N  +  D 
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             I    K G  F  +S +   PS+IS P      T   T ++     +  L HA+ + +R+ +   ++ + N +    +  + + C +C + K   
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              + +    S +PF  +H DI+GP          Y++ F D+ ++F W+Y L  R E  +   +      I+ QF   +  ++ D   EY + TL 
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         FL + G
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Q94HW2 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE17.4e-3532.62Show/hide
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Q9ZT94 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE23.7e-3433.22Show/hide
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        +  G+    L+E       + S  ++P + +    W+ RLGH S   L  +IS NH    LN + K +  +C +C + K   + FS ST  S KP + I+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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