; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc04g0103791 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc04g0103791
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationCMiso1.1chr04:21021429..21022079
RNA-Seq ExpressionCmc04g0103791
SyntenyCmc04g0103791
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0036923.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.1e-8896.51Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
        MIHESDLVCRQSTRMDR+TFAIL HLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEEL+KRPVPNCLG
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG

Query:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
        ALDGTYIKVNVP GDRPTFRTRKGEIATN+LGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAIS+ENGLQVPKG
Subjt:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

KAA0051443.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-8897.09Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
        MI+ESDLVCRQSTRMDR+TFAIL HLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG

Query:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
        ALDGTYIKVNVP GDRPTFRTRKGEIATN+LGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
Subjt:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

KAA0062150.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]3.1e-8795.93Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
        MIHESDLVC QSTRMDR+TFAIL HLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG

Query:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
        ALDGTYIKV+VP GDRPTFRTRKGEIAT++LGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
Subjt:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

KAA0062587.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]9.5e-8997.09Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
        MIHESDLVCRQSTRMDR+TFAIL HLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG

Query:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
        ALDGTYIKVNVP GDRPTFRTRKGEIATN+LGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADS+ILRDAISRENGLQVPKG
Subjt:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

KAA0068154.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.1e-8892.47Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVP----
        MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVP    
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVP----

Query:  ----------NCLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
                  NCLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
Subjt:  ----------NCLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7T1V5 Retrotransposon protein1.0e-8896.51Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
        MIHESDLVCRQSTRMDR+TFAIL HLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEEL+KRPVPNCLG
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG

Query:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
        ALDGTYIKVNVP GDRPTFRTRKGEIATN+LGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAIS+ENGLQVPKG
Subjt:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

A0A5A7U6C1 Retrotransposon protein7.9e-8997.09Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
        MI+ESDLVCRQSTRMDR+TFAIL HLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG

Query:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
        ALDGTYIKVNVP GDRPTFRTRKGEIATN+LGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
Subjt:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

A0A5A7V4C6 Retrotransposon protein1.5e-8795.93Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
        MIHESDLVC QSTRMDR+TFAIL HLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG

Query:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
        ALDGTYIKV+VP GDRPTFRTRKGEIAT++LGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
Subjt:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

A0A5A7V6J9 Retrotransposon protein4.6e-8997.09Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
        MIHESDLVCRQSTRMDR+TFAIL HLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLG

Query:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
        ALDGTYIKVNVP GDRPTFRTRKGEIATN+LGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADS+ILRDAISRENGLQVPKG
Subjt:  ALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

A0A5A7VL61 Retrotransposon protein1.0e-8892.47Show/hide
Query:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVP----
        MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVP    
Subjt:  MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVP----

Query:  ----------NCLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
                  NCLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
Subjt:  ----------NCLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein7.4e-1528.95Show/hide
Query:  IHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRP-------
        + +    C Q  RM    F  L ++L+    L  T  + +EE VAMFL +  H+   R +   F R+ ETV R F  VL A   L  + I+ P       
Subjt:  IHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRP-------

Query:  VPNCL--------------GALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVP
        +P  L              GA+DGT++ V V    +  +  R    + NI+ +CD K  F Y+  G  GS  D+ +L+ A   ++   +P
Subjt:  VPNCL--------------GALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVP

AT5G28730.1 unknown protein1.8e-1330.18Show/hide
Query:  IHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLGA
        I+ +++ C+   RM  + F  L  +L    GL S+  + ++E VA+FL + A +   R I   F  + ET+ R F+ VL A+ RL  E I+   P  +  
Subjt:  IHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLGA

Query:  LDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVP
        L     ++       P      G  + N+L +CD    F Y   G  GS  D+R+L  AIS +    VP
Subjt:  LDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVP

AT5G28950.1 unknown protein8.8e-1648.68Show/hide
Query:  NCLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISR-ENGLQVPK
        +C+GA+D T+I   V     P+FR RKG+I+ N+L  C+   +F+YVL+GWEGSA DS++L DA++R  N L VP+
Subjt:  NCLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISR-ENGLQVPK

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)5.0e-2737.29Show/hide
Query:  CRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPN-----------
        C ++ RMD+  F  L  LL+    L  T  + +E  +A+FL ++ H+++ R +Q  F  SGET+SRHFN VL AV+ + ++   +P  N           
Subjt:  CRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPN-----------

Query:  --CLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG
          C+G +D  +I V V V ++  FR   G +  N+L        F YVLAGWEGSA+D ++L  A++R N LQVP+G
Subjt:  --CLGALDGTYIKVNVPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATACACGAGTCAGATCTTGTGTGTCGGCAAAGCACGCGGATGGATAGGCAAACATTCGCAATTCTATACCATTTACTTAGAAATGTGGCTGGTCTTTCTTCAACTGA
AATTGTCGATGTTGAGGAAATGGTAGCAATGTTCTTGCACGTCCTCGCTCATGACGTGAAGAACCGCGTCATACAACGAGAATTTGTACGCTCCGGTGAGACAGTATCTC
GACATTTCAACATCGTATTGTTGGCTGTTCTTCGACTGTACGAGGAGTTGATAAAGAGACCTGTTCCGAATTGCCTAGGCGCGTTAGACGGGACGTACATAAAGGTCAAC
GTCCCCGTAGGAGATCGGCCTACTTTCAGAACGCGTAAGGGGGAAATTGCCACAAACATTCTTGGGGTCTGTGACACGAAAGGGGATTTCGTTTATGTCCTCGCCGGTTG
GGAAGGATCTGCAGCAGACTCGCGGATCCTACGTGACGCGATTTCACGAGAAAATGGACTACAAGTGCCAAAGGGTATATCTTCTTTATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATACACGAGTCAGATCTTGTGTGTCGGCAAAGCACGCGGATGGATAGGCAAACATTCGCAATTCTATACCATTTACTTAGAAATGTGGCTGGTCTTTCTTCAACTGA
AATTGTCGATGTTGAGGAAATGGTAGCAATGTTCTTGCACGTCCTCGCTCATGACGTGAAGAACCGCGTCATACAACGAGAATTTGTACGCTCCGGTGAGACAGTATCTC
GACATTTCAACATCGTATTGTTGGCTGTTCTTCGACTGTACGAGGAGTTGATAAAGAGACCTGTTCCGAATTGCCTAGGCGCGTTAGACGGGACGTACATAAAGGTCAAC
GTCCCCGTAGGAGATCGGCCTACTTTCAGAACGCGTAAGGGGGAAATTGCCACAAACATTCTTGGGGTCTGTGACACGAAAGGGGATTTCGTTTATGTCCTCGCCGGTTG
GGAAGGATCTGCAGCAGACTCGCGGATCCTACGTGACGCGATTTCACGAGAAAATGGACTACAAGTGCCAAAGGGTATATCTTCTTTATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MIHESDLVCRQSTRMDRQTFAILYHLLRNVAGLSSTEIVDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAVLRLYEELIKRPVPNCLGALDGTYIKVN
VPVGDRPTFRTRKGEIATNILGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDAISRENGLQVPKGISSL