; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc04g0105921 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc04g0105921
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationCMiso1.1chr04:23938204..23938725
RNA-Seq ExpressionCmc04g0105921
SyntenyCmc04g0105921
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0044609.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.5e-7082.84Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLL VLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
        GTYIKVNVPAGDRPTFRT KGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDA+SRENGLQVPKG
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG

KAA0048329.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-7284.62Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
        GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG

KAA0067584.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]3.6e-7282.46Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLL VLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKGIS
        GTYIKVNVPAGDRPTFR CKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDA+SRENGLQVPKG+S
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKGIS

TYK10672.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.3e-7184.02Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWK FE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
        GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG

TYK27061.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.5e-7082.84Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLL VLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
        GTYIKVNVPAGDRPTFRT KGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDA+SRENGLQVPKG
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TTQ6 Retrotransposon protein7.3e-7182.84Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLL VLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
        GTYIKVNVPAGDRPTFRT KGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDA+SRENGLQVPKG
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG

A0A5A7U4G2 Retrotransposon protein6.0e-7384.62Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
        GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG

A0A5A7VJQ1 Retrotransposon protein1.7e-7282.46Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLL VLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKGIS
        GTYIKVNVPAGDRPTFR CKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDA+SRENGLQVPKG+S
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKGIS

A0A5D3CHC3 Retrotransposon protein1.1e-7184.02Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWK FE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
        GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG

A0A5D3D7X8 Retrotransposon protein7.3e-7182.84Show/hide
Query:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD
        MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLL VLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFE                          NCLGALD
Subjt:  MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALD

Query:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
        GTYIKVNVPAGDRPTFRT KGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDA+SRENGLQVPKG
Subjt:  GTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein1.3e-0826.51Show/hide
Query:  VAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALDG
        VAMFL +  H+   R +   F R+ ETV R F  VL     L  + I+ P          R + + +         P R   + QR +      +GA+DG
Subjt:  VAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALDG

Query:  TYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVP
        T++ V V    +  +       + N++ +CD K  F Y+  G  GS  D+ +L+ A   ++   +P
Subjt:  TYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVP

AT5G28950.1 unknown protein5.1e-1646.99Show/hide
Query:  RVYFNLQNCLGALDGTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSR-ENGLQVPK
        R+Y   ++C+GA+D T+I   V     P+FR  KG+I+ N+L  C+   +F+YVL+GWEGSA DS++L DAL+R  N L VP+
Subjt:  RVYFNLQNCLGALDGTYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSR-ENGLQVPK

AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)7.6e-0470.83Show/hide
Query:  FVYVLAGWEGSAADSRILRDALSR
        F+YVL+GWEGSA DSR+L DAL +
Subjt:  FVYVLAGWEGSAADSRILRDALSR

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)3.4e-2032.74Show/hide
Query:  VAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALDG
        +A+FL ++ H+++ R +Q  F  SGET+SRHFN VL  V+ + ++                            +  P   S   +      ++C+G +D 
Subjt:  VAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALDG

Query:  TYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG
         +I V V   ++  FR   G +  NVL        F YVLAGWEGSA+D ++L  AL+R N LQVP+G
Subjt:  TYIKVNVPAGDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGTAGCAATGTTCTTGCACGTCCTTGCTCATGACGTGAAGAACCGCGTCATCCAACGGGAATTTGTACGGTCCGGTGAGACAGTATCTCGACATTTTAACATCGTATT
GTTGGTTGTTCTTCGACTGTACGAGGAGTTGATAAAGAGACCTGTTCCGGTAACAAGTAACTGCAATGATCAACGTTGGAAGTGTTTCGAGGTGGGCATCATAGAAGTTC
ACTATATTTCACCTTTACGTACGTCGCACTTATTTCAACGTGTTTATTTCAACCTGCAGAACTGCCTTGGCGCGTTAGACGGGACGTACATAAAGGTCAACGTCCCTGCA
GGAGATCGGCCTACATTCAGAACGTGTAAGGGGGAAATTGCCACAAACGTTCTAGGGGTCTGTGACACGAAAGGAGATTTCGTTTATGTCCTCGCCGGTTGGGAAGGATC
CGCAGCAGACTCACGGATCCTACGTGATGCGCTTTCACGAGAAAATGGACTACAAGTGCCAAAGGGTATATCTTCTTTATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGTAGCAATGTTCTTGCACGTCCTTGCTCATGACGTGAAGAACCGCGTCATCCAACGGGAATTTGTACGGTCCGGTGAGACAGTATCTCGACATTTTAACATCGTATT
GTTGGTTGTTCTTCGACTGTACGAGGAGTTGATAAAGAGACCTGTTCCGGTAACAAGTAACTGCAATGATCAACGTTGGAAGTGTTTCGAGGTGGGCATCATAGAAGTTC
ACTATATTTCACCTTTACGTACGTCGCACTTATTTCAACGTGTTTATTTCAACCTGCAGAACTGCCTTGGCGCGTTAGACGGGACGTACATAAAGGTCAACGTCCCTGCA
GGAGATCGGCCTACATTCAGAACGTGTAAGGGGGAAATTGCCACAAACGTTCTAGGGGTCTGTGACACGAAAGGAGATTTCGTTTATGTCCTCGCCGGTTGGGAAGGATC
CGCAGCAGACTCACGGATCCTACGTGATGCGCTTTCACGAGAAAATGGACTACAAGTGCCAAAGGGTATATCTTCTTTATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNIVLLVVLRLYEELIKRPVPVTSNCNDQRWKCFEVGIIEVHYISPLRTSHLFQRVYFNLQNCLGALDGTYIKVNVPA
GDRPTFRTCKGEIATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRENGLQVPKGISSL