; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc06g0163261 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc06g0163261
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionReverse transcriptase
Genome locationCMiso1.1chr06:12516345..12516713
RNA-Seq ExpressionCmc06g0163261
SyntenyCmc06g0163261
Gene Ontology termsGO:0006278 - RNA-dependent DNA biosynthetic process (biological process)
GO:0006508 - proteolysis (biological process)
GO:0015074 - DNA integration (biological process)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0003964 - RNA-directed DNA polymerase activity (molecular function)
GO:0004190 - aspartic-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000477 - Reverse transcriptase domain
IPR043128 - Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
IPR043502 - DNA/RNA polymerase superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0026271.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-5896.61Show/hide
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KAA0037259.1 ty3-gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-61100Show/hide
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KAA0053357.1 gag protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-5896.61Show/hide
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KAA0054785.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-5896.61Show/hide
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KAA0058809.1 ty3-gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-5896.61Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SQU8 Reverse transcriptase5.9e-5996.61Show/hide
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A0A5A7T7B6 Ty3-gypsy retrotransposon protein5.7e-62100Show/hide
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A0A5A7TXM6 Reverse transcriptase5.9e-5996.61Show/hide
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A0A5A7UZ62 Reverse transcriptase5.9e-5996.61Show/hide
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A0A5D3E4J1 Ty3-gypsy retrotransposon protein5.9e-5996.61Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P04323 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.63.7e-2643.44Show/hide
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P0CT34 Transposon Tf2-1 polyprotein2.4e-2543.59Show/hide
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P0CT41 Transposon Tf2-12 polyprotein2.4e-2543.59Show/hide
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P20825 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 2972.2e-2643.1Show/hide
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P31843 RNA-directed DNA polymerase homolog2.8e-3459.46Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GTGTTCTCCAAGATTGATCTTCGGTCGGGATATCATCAGCTAAGGATTAAGGATGGTGATGTACCGAAGACGGCCTTTCGTTCTAGATACGGACACTATGAGTTT
ATTGAGATGTCTTTTGGTTTGACGAATGCTCCGGCAGTGTTTATGGACTTGATGAACAGAGTGTTTAGGGAGTTCCTAGACACTTTTGTGATCGTGTTTATTGAT
GACATCTTGATATATTCCAAGACGGAGGTCGAGCATGAGGGTTTGGGTTTGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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