CuGenDBv2

Gene ID	Cmc06g0165571
Organism	Cucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
Description	Reverse transcriptase
Genome location	CMiso1.1chr06:17472482..17472982
RNA-Seq Expression	Cmc06g0165571
Synteny	Cmc06g0165571
Gene Ontology terms	GO:0006278 - RNA-dependent DNA biosynthetic process (biological process) GO:0006508 - proteolysis (biological process) GO:0015074 - DNA integration (biological process) GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function) GO:0003964 - RNA-directed DNA polymerase activity (molecular function) GO:0004190 - aspartic-type endopeptidase activity (molecular function) GO:0008194 - UDP-glycosyltransferase activity (molecular function) GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domains	IPR001584 - Integrase, catalytic core IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily IPR036397 - Ribonuclease H superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KAA0032248.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

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KAA0060745.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

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KAA0063083.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

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A0A5A7SNR3 Reverse transcriptase

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A0A5A7SSL3 Reverse transcriptase

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A0A5A7TAT0 DNA/RNA polymerases superfamily protein

4.7e-83

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A0A5A7V4E4 Reverse transcriptase

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A0A5A7V4U5 Pol protein

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SwissProt top hits

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P0CT34 Transposon Tf2-1 polyprotein

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P0CT35 Transposon Tf2-2 polyprotein

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P0CT36 Transposon Tf2-3 polyprotein

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P0CT41 Transposon Tf2-12 polyprotein

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Q9UR07 Transposon Tf2-11 polyprotein

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Arabidopsis top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGATTTTATTACGGGACTGCCCAAGACCCTAAAGGGCTATACGGTGATCTGGGTTGTTGTCGACAGACACACGAAGTCGGCCCATTTCGTGCCAGGGAAATCCACTTA
CACTGCCAGTAAGTGGGGGCAGTTATATATGACAGAGATTGTGAGACTACATGGAGTACCCGTATCCATCATTTCAGACAGAGACGCTCGTTTCACATCGAAGTTCTGGA
AAGGACTTCAACTTGCATTAGGTACGAGGTTGGACTTCAGCACGACATTCCACCCTCAGACTGATGGTCAGACAGAGAGAGTGAACCAGATTTTGGAAGATATGCTGCGG
GCCTGCGTGCTAGAGTTTTCAGGAAGTTGGGACTCTCATCTGCATCTGATGGAGTTTGCCTATAATAACAGCTACCAGGCTACTATCAGTATGGCACCGTTCGAGGCTCT
GTATGGCAAGTGCTGTAGATCCCTGTCTGCTGGGGCGAGGTTGGAGAGCAGAGGATGCTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

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ACVLEFSGSWDSHLHLMEFAYNNSYQATISMAPFEALYGKCCRSLSAGARLESRGC

Cmc06g0165571 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome