; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc07g0187901 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc07g0187901
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationCMiso1.1chr07:5942867..5949369
RNA-Seq ExpressionCmc07g0187901
SyntenyCmc07g0187901
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034201 - RNPS1, RNA recognition motif
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0052366.1 serine/arginine-rich splicing factor SR45 [Cucumis melo var. makuwa]1.7e-16490Show/hide
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XP_008465435.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor SR45 [Cucumis melo]3.7e-17598.39Show/hide
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XP_022136031.1 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X2 [Momordica charantia]1.8e-15893.78Show/hide
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XP_031740559.1 serine/arginine-rich splicing factor SR45 [Cucumis sativus]1.7e-17296.78Show/hide
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XP_038899577.1 serine/arginine-rich splicing factor SR45-like [Benincasa hispida]6.1e-17096.51Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KZM9 RRM domain-containing protein2.2e-17397.05Show/hide
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A0A1S3CPA3 serine/arginine-rich splicing factor SR451.8e-17598.39Show/hide
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A0A5D3CC44 Serine/arginine-rich splicing factor SR458.3e-16590Show/hide
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A0A6J1C2C4 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X16.4e-15792.53Show/hide
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A0A6J1C2D4 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X28.9e-15993.78Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q15287 RNA-binding protein with serine-rich domain 17.8e-1942.25Show/hide
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Q28E41 RNA-binding protein with serine-rich domain 17.1e-2043.41Show/hide
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Q3KPW1 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-B6.0e-1942.64Show/hide
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        ++ RRS  SGS SSSRSR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S +P P R+   +  RRSR+     KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
Subjt:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR

Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQRESSPRRKLPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P    + P      M R+     RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q4R5N1 RNA-binding protein with serine-rich domain 17.8e-1942.25Show/hide
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        +R RRS  SGS SS+RSRS S S S SS+ + S S S S S S SRS SSS+S S S SS S +P P R+   +  RRSR+   P KR     ++ SP  
Subjt:  SRGRRSPPSGSGSSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRTPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPPRKPSPVR

Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRT-VNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
        +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
Subjt:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRT-VNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR

Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQRESSPRRKLPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P P           M R+     RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR453.3e-9465.69Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SR+PP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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Query:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQRESSPRRKLP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS
        +  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE+SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    S
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        P  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+  G
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 452.4e-9565.69Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SR+PP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        +  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE+SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    S
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        P  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+  G
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AT1G16610.2 arginine/serine-rich 459.9e-9465.24Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SR+PP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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Query:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDMKRQRESSPRRKLPSPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPL
        +  PKRD PK +N   DAEKD   R+    PR +L SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    SP 
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Query:  ARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRSAG
         RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+  G
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AT1G16610.3 arginine/serine-rich 453.1e-9565.69Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SR+PP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
Subjt:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRTPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPP

Query:  RKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTV
         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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Query:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQRESSPRRKLP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS
        +  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE+SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    S
Subjt:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQRESSPRRKLP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS

Query:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRSAG
        P  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+  G
Subjt:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRSAG

AT2G29210.1 splicing factor PWI domain-containing protein2.7e-0648.85Show/hide
Query:  KRQRESSPRRKLPSPRRR---SPVARRGGSP---RRQPDSPRRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRR--PASPMRGGRSPSPLARRHRSPPRPSPRRIRG
        +R R  S RR L SPRRR   SP   R  SP    R+P    RR    P RR  SP    SPP RRR  P+ P R  RSPSP ARRHRSP  P+ +R   
Subjt:  KRQRESSPRRKLPSPRRR---SPVARRGGSP---RRQPDSPRRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRR--PASPMRGGRSPSPLARRHRSPPRPSPRRIRG

Query:  SPV--RRRSPPPPRRRTPP------RRARSPPRR-----SPVVRR-RSRSPIRRPARSRS------RSFSPRRS
        SP   R RSPPP RRR  P      RR+ SPP R     SP+ RR RS SP+ R  RSRS      RS SP RS
Subjt:  SPV--RRRSPPPPRRRTPP------RRARSPPRR-----SPVVRR-RSRSPIRRPARSRS------RSFSPRRS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGGTCAGGTTCCTCCTCACGTTCCCGCTCATTCTCCGGCTCTGATTCCCGTTCCAGTTCCCGCTCGCGCTC
CAGGTCTGCATCTGTGTCCCGCTCACGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCTTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGTAGCAGGACACCCCCTCCTCAGAGAA
AGAGTCCGACTGAAACTGCTCGGAGGTCTCGTGCTTCACCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAATCACTTGTTCTTCAC
ATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATTTTCAGTAATTTTGGCGAAGTCGTCAATGTCGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTAAACCTTCC
TAAAGGATATGGATATGTTGAATTTAAAACGAGATCTGACGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATACGAGCAAGATTTACAT
TACCTCAAAGACAAAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACTGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGAGAAGGATGACATG
AAAAGACAGAGAGAATCTTCTCCTCGTCGAAAACTTCCTTCACCTAGAAGGCGCTCGCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCTGACTCTCCACGCCG
TCGTCCGGAGTCTCCTCCACGCCGCCGTGTAGAATCTCCTTTTCGTCGCGATTCTCCTCCTCCTAGAAGGAGGCCCGCATCACCCATGAGGGGCGGCCGTTCCCCATCGC
CTTTGGCAAGACGACATCGATCTCCTCCAAGGCCCTCCCCAAGAAGAATTCGTGGAAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGCACACCACCTCGA
CGTGCTCGTAGTCCTCCAAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGAAGAAGTCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGCTCCCGATCGTTTTCACCACGGAGGTCGGC
CGGGCGCTGCCGGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAAGATATTTCTTTTGTTTCCTCTCTTTAACTTTTTGGTCATTTCACCCCCACCGATTTACATCTCGACCATTTTTCTGTGTCGCTTCTCCTTTTCGTTGTCCCTGACG
GGTTTTAGTTAGGGTTTCAATCTTCACTCTGCCCCCATTGCCGGCCATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGGTCAGGTTCCTCCTCACGTTCCC
GCTCATTCTCCGGCTCTGATTCCCGTTCCAGTTCCCGCTCGCGCTCCAGGTCTGCATCTGTGTCCCGCTCACGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCTTCGTCTTCGTCTCTC
TCTCGCAGCGGTAGTTCTCGTAGCAGGACACCCCCTCCTCAGAGAAAGAGTCCGACTGAAACTGCTCGGAGGTCTCGTGCTTCACCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCC
GCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAATCACTTGTTCTTCACATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATTTTCAGTAATTTTGGCG
AAGTCGTCAATGTCGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTAAACCTTCCTAAAGGATATGGATATGTTGAATTTAAAACGAGATCTGACGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATG
GATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATACGAGCAAGATTTACATTACCTCAAAGACAAAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACTGTTCCAAAGAGAGATGG
TCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGAGAAGGATGACATGAAAAGACAGAGAGAATCTTCTCCTCGTCGAAAACTTCCTTCACCTAGAAGGCGCTCGCCTGTTG
CTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCTGACTCTCCACGCCGTCGTCCGGAGTCTCCTCCACGCCGCCGTGTAGAATCTCCTTTTCGTCGCGATTCTCCTCCTCCT
AGAAGGAGGCCCGCATCACCCATGAGGGGCGGCCGTTCCCCATCGCCTTTGGCAAGACGACATCGATCTCCTCCAAGGCCCTCCCCAAGAAGAATTCGTGGAAGTCCTGT
TCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGCACACCACCTCGACGTGCTCGTAGTCCTCCAAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGAAGAAGTCGTTCACCTATTAGAA
GACCAGCTCGATCACGCTCCCGATCGTTTTCACCACGGAGGTCGGCCGGGCGCTGCCGGTAGGCGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGCATCACCTAGTCCACGCAAGGT
TCCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGAAGAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCGCCTCCTCGTAAGCCATAAACAACTCTTCACATCT
CTCCCTCCCTCTCTCTAAATTCTCTTGTTCTATGTGTATTCCGAAAAATGCGACGTTTTGTTTTCTTCCTGACCTGGTAAAGAGCTTTCTTGTACCAAAAATATTTGGAT
TTAATCCCCATTTTGGTTTGTTTGTAGTTAGTTTGTCTTTCTGTTACTAATTGGATTAAAAAGATTTAGATAATACTTTGTTCTAAATGCAGTCTGTAGTATTATTACAC
TTCTACTACTATTGAAAGGTCCAGACATGGACCGTTACCCCTTTTCCTCGAGGGTTTTAGAGACTATATTCCTTTTTTGATATTGTTTTTGTTAATTCTCTTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRTPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPPRKPSPVRESLVLH
IDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDM
KRQRESSPRRKLPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPPR
RARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRSAGRCR