; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc08g0221991 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc08g0221991
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationCMiso1.1chr08:10196019..10197107
RNA-Seq ExpressionCmc08g0221991
SyntenyCmc08g0221991
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0033290.1 putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-15286.77Show/hide
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KAA0035620.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.4e-15180.12Show/hide
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KAA0046727.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]8.1e-15280.43Show/hide
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KAA0062747.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]3.6e-16891.08Show/hide
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XP_008455792.1 PREDICTED: putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo]6.3e-181100Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3C1U8 putative nuclease HARBI13.1e-181100Show/hide
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A0A5A7SQU2 Putative nuclease HARBI17.9e-15386.77Show/hide
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A0A5A7TXW1 Retrotransposon protein3.9e-15280.43Show/hide
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A0A5D3BDX0 Retrotransposon protein1.1e-15180.12Show/hide
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A0A5D3DG22 Retrotransposon protein1.7e-16891.08Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein7.3e-3434.94Show/hide
Query:  MDRRCFAILCHLLRTTAGLVETEVIDVEEMVAMFLHILAHDVKNRMIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAGFRLHDELLKKPQ-------PVTNSCTDPRWK
        M   CF  LC++L+T   L  T  I +EE VAMFL I  H+   R +   F R+ ETV R F  VL A   L  + ++ P        P         W 
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Query:  WFENCLGALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATNVLGACDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRHNGLKVPKG-YYYLCDAGYPNAEGFLAPYR
        +F   +GA+DGT++ V V    +  Y  R    + N++  CD K  F ++  G  GS  D+ +L+ A    +   +P    YYL D+GYPN +G LAPYR
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Query:  GE-----RYHLSEWRGESNAPTTAREFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGR
               RYH+S++      P    E FN  H+S R+VIER F + K +
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AT5G12010.1 unknown protein1.2e-1724.16Show/hide
Query:  MDRRCFAILCHLLRTTAGLVET---EVIDVEEMVAMFLHILAHDVKNRMIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAGFRLHDELLKK--PQPVTNSCTDPRWKW-
        M +  F ++C  L +     +T     I V + VA+ +  LA     R++ ++F   G  +S    +VL     + D L+ K    P   S  + R ++ 
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Query:  ----FENCLGALDGTYI-----KVNVSATDRPRY--RTRKGEVATNVLGACDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAI--SRHNGLKVPKGYYYLCDAGY
              N +G++  T+I     K++V++    R+  R +K   +  +    + KG F  +  GW GS  D ++L  ++   R N   + KG +     G+
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Query:  PNAEGFLAPYRGERYHLSEWRGESNAPTTAREFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRWAILRGKSYYPVDVQCRTIMACCLLHNLINR-----------EMT
        P  +  L PY  +              T  +  FN K S  + V + AFG LKGRWA L+ ++   +      + ACC+LHN+              E+ 
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Query:  NSEIIEINYIEASNEWSEWRDQLAHTM
        + E++  N + + N     RD ++H +
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AT5G28950.1 unknown protein6.2e-1736.52Show/hide
Query:  WKWFENCLGALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATNVLGACDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRH-NGLKVP---KGYYYLCDAGYPNAEGF
        + +F++C+GA+D T+I   VS    P +R RKG+++ N+L AC+   +F++VL GWEGSA DS++L DA++R+ N L VP   +    + +    N +  
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Query:  LAPYRGERYHLSEWR
        L     +R + ++WR
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AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)3.5e-2843.28Show/hide
Query:  FVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRHNGLKVPKGYYYLCDAGYPNAEGFLAPYRGERYHLSEWRGESNAPTTAREFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRWAI
        F++VL GWEGSA DSR+L DA+ +          +YL D G+ N   FLAP+RG RYHL E+ G+   P T  E FN++H S RNVIER FG+ K R+AI
Subjt:  FVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRHNGLKVPKGYYYLCDAGYPNAEGFLAPYRGERYHLSEWRGESNAPTTAREFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRWAI

Query:  LRGKSYYPVDVQCRTIMACCLLHNLINREMTNSE
         +    +    Q   ++ C  LHN + +E  + E
Subjt:  LRGKSYYPVDVQCRTIMACCLLHNLINREMTNSE

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)1.4e-4837.29Show/hide
Query:  MDRRCFAILCHLLRTTAGLVETEVIDVEEMVAMFLHILAHDVKNRMIQREFVRSGETVSRHFNIVLLAGFRLHDELLKKPQPVTNSCT----DPRWKWFE
        MD+  F  LC LL+T   L  T  I +E  +A+FL I+ H+++ R +Q  F  SGET+SRHFN VL A   +  +     QP +NS T    DP   +F+
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Query:  NCLGALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATNVLGACDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRHNGLKVPKGYYYLCDAGYPNAEGFLAPYRGERY
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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