CuGenDBv2

Gene ID	Cmc08g0222481
Organism	Cucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
Description	Reverse transcriptase
Genome location	CMiso1.1chr08:11336460..11336960
RNA-Seq Expression	Cmc08g0222481
Synteny	Cmc08g0222481
Gene Ontology terms	GO:0006278 - RNA-dependent DNA biosynthetic process (biological process) GO:0006508 - proteolysis (biological process) GO:0015074 - DNA integration (biological process) GO:0043227 - membrane-bounded organelle (cellular component) GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function) GO:0003964 - RNA-directed DNA polymerase activity (molecular function) GO:0004190 - aspartic-type endopeptidase activity (molecular function) GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domains	IPR001584 - Integrase, catalytic core IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily IPR036397 - Ribonuclease H superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

AAO45752.1 pol protein [Cucumis melo subsp. melo]

8.4e-87

97.55

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVS+CLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

KAA0047043.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

3.8e-87

98.16

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

KAA0053631.1 ty3-gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

8.4e-87

97.55

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVS+CLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

KAA0058463.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

4.9e-87

98.16

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

KAA0065438.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

3.8e-87

98.16

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5A7SZD6 Pol protein

4.1e-87

97.55

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVS+CLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

A0A5A7TU00 Pol protein

1.8e-87

98.16

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

A0A5A7URG5 Pol protein

2.4e-87

98.16

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

A0A5A7VCT0 Pol protein

1.8e-87

98.16

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

A0A5A7VDP3 Pol protein

4.1e-87

97.55

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        MKREVAEFVS+CLVCQQVKAPRQKPA LLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
        VSIVSDRDARFTSKFWK LQTAMGTRLDFSTAF PQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSW

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

P0CT34 Transposon Tf2-1 polyprotein

6.8e-31

40.24

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        +++++ E+V  C  CQ  K+   KP   LQP+   E  WE++SMDFIT LP +  G+  ++VVVDR +K A  VP   + TA + A+++   ++   G P
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV
          I++D D  FTS+ WKD        + FS  +RPQTDGQTER NQ +E +LR      P +WV
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV

P0CT35 Transposon Tf2-2 polyprotein

6.8e-31

40.24

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        +++++ E+V  C  CQ  K+   KP   LQP+   E  WE++SMDFIT LP +  G+  ++VVVDR +K A  VP   + TA + A+++   ++   G P
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV
          I++D D  FTS+ WKD        + FS  +RPQTDGQTER NQ +E +LR      P +WV
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV

P0CT36 Transposon Tf2-3 polyprotein

6.8e-31

40.24

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        +++++ E+V  C  CQ  K+   KP   LQP+   E  WE++SMDFIT LP +  G+  ++VVVDR +K A  VP   + TA + A+++   ++   G P
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV
          I++D D  FTS+ WKD        + FS  +RPQTDGQTER NQ +E +LR      P +WV
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV

P0CT41 Transposon Tf2-12 polyprotein

6.8e-31

40.24

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        +++++ E+V  C  CQ  K+   KP   LQP+   E  WE++SMDFIT LP +  G+  ++VVVDR +K A  VP   + TA + A+++   ++   G P
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV
          I++D D  FTS+ WKD        + FS  +RPQTDGQTER NQ +E +LR      P +WV
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV

Q9UR07 Transposon Tf2-11 polyprotein

6.8e-31

40.24

Show/hide

Query:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP
        +++++ E+V  C  CQ  K+   KP   LQP+   E  WE++SMDFIT LP +  G+  ++VVVDR +K A  VP   + TA + A+++   ++   G P
Subjt:  MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVP

Query:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV
          I++D D  FTS+ WKD        + FS  +RPQTDGQTER NQ +E +LR      P +WV
Subjt:  VSIVSDRDARFTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWV

Arabidopsis top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAAGAGGGAAGTAGCAGAATTTGTTAGTAGATGCTTGGTGTGTCAGCAGGTTAAGGCACCAAGGCAGAAACCAGCGGATTTATTACAACCCTTGAGCATACCGGAATG
GAAGTGGGAAAACGTGTCCATGGATTTCATTACAGGGCTGCCGAGAACTCTGAGGGGTTTTACAGTGATTTGGGTTGTGGTGGACAGACTTACCAAATCAGCGCACTTCG
TTCCGGGTAAATCCACCTATACTGCTAGTAAGTGGGCACAGCTGTACATGTCTGAGATAGTGAGATTACATGGGGTGCCAGTGTCGATTGTTTCTGATAGAGATGCCCGT
TTCACTTCCAAATTCTGGAAGGATTTGCAGACTGCTATGGGCACGAGGTTAGACTTTAGTACAGCTTTCCGTCCACAGACTGACGGTCAGACTGAGCGTCTGAACCAAGT
TTTAGAGGATATGTTGCGAGCGTGTGCATTGGAATTTCCAGGTAGCTGGGTCCTGAGTTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MKREVAEFVSRCLVCQQVKAPRQKPADLLQPLSIPEWKWENVSMDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVPVSIVSDRDAR
FTSKFWKDLQTAMGTRLDFSTAFRPQTDGQTERLNQVLEDMLRACALEFPGSWVLS

Cmc08g0222481 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome