; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc08g0224571 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc08g0224571
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionReverse transcriptase
Genome locationCMiso1.1chr08:14797151..14797984
RNA-Seq ExpressionCmc08g0224571
SyntenyCmc08g0224571
Gene Ontology termsGO:0006278 - RNA-dependent DNA biosynthetic process (biological process)
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GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001584 - Integrase, catalytic core
IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily
IPR036397 - Ribonuclease H superfamily
IPR041588 - Integrase zinc-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0035204.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]1.5e-14492.06Show/hide
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KAA0053208.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]7.5e-157100Show/hide
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TYK00135.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]7.5e-157100Show/hide
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TYK24364.1 putative polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-14493.14Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SVA8 Reverse transcriptase7.1e-14592.06Show/hide
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A0A5A7TDX1 Reverse transcriptase9.3e-14593.14Show/hide
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A0A5A7UDI5 Pol protein3.7e-157100Show/hide
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A0A5D3BM42 Pol protein3.7e-157100Show/hide
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A0A5D3DL91 Reverse transcriptase9.3e-14593.14Show/hide
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P0CT35 Transposon Tf2-2 polyprotein6.2e-2927.86Show/hide
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P0CT36 Transposon Tf2-3 polyprotein6.2e-2927.86Show/hide
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P0CT41 Transposon Tf2-12 polyprotein6.2e-2927.86Show/hide
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Q9UR07 Transposon Tf2-11 polyprotein6.2e-2927.86Show/hide
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        + E  Q +   + + +D     ++ +P D+ +   ++ + H     +HPG   +   +   + W+ +++++ ++V  C  CQ  K+   +P G LQP+  
Subjt:  LVETGQGEVFPISSDEDLMFEGRLCVPEDSAVKTELLTEAHSSPFTMHPGSTKMYQDLRCVYWWRNMKREVADFVSRCLVCQQVKTPRQRPAGLLQPLSV

Query:  LGWKWESMSMDFITGLPKTLKGYTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWGQLYMTEIVRLHGIPVSIVSDRDARFTSK
            WES+SMDFIT LP++  GY  ++VVVDR +K A  VP   + TA +  +++   ++   G P  I++D D  FTS+
Subjt:  LGWKWESMSMDFITGLPKTLKGYTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWGQLYMTEIVRLHGIPVSIVSDRDARFTSK

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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