CuGenDBv2

Gene ID	Cmc08g0224931
Organism	Cucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
Description	Pol protein
Genome location	CMiso1.1chr08:15432081..15432554
RNA-Seq Expression	Cmc08g0224931
Synteny	Cmc08g0224931
Gene Ontology terms	GO:0006278 - RNA-dependent DNA biosynthetic process (biological process) GO:0006508 - proteolysis (biological process) GO:0015074 - DNA integration (biological process) GO:0043227 - membrane-bounded organelle (cellular component) GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function) GO:0003964 - RNA-directed DNA polymerase activity (molecular function) GO:0004190 - aspartic-type endopeptidase activity (molecular function) GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domains	IPR001584 - Integrase, catalytic core IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily IPR036397 - Ribonuclease H superfamily

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

KAA0025425.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

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KAA0041424.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

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KAA0047043.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

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KAA0064005.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]

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A0A5A7SLT0 Pol protein

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A0A5A7TDB5 Pol protein

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A0A5A7TQM3 Reverse transcriptase

4.6e-88

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A0A5A7TU00 Pol protein

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A0A5A7VDP3 Pol protein

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SwissProt top hits

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P0CT34 Transposon Tf2-1 polyprotein

2.4e-25

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         NQ +E +LR      P +W  H+ L++ +YNN+  +   MTPFE ++
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P0CT41 Transposon Tf2-12 polyprotein

2.4e-25

37.16

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         NQ +E +LR      P +W  H+ L++ +YNN+  +   MTPFE ++
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Q7LHG5 Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein

1.8e-25

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        MDF+TGLP T     +I VVVDR +K AHF+  + T  A++   L    I   HG P +I SDRD R     ++ L   +G +   S+A HPQTDGQ+ER
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          Q L  +LRA       +W  +L  +EF YN++   T+G +PFE   G    +P
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Q99315 Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein

6.2e-26

40.65

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        MDF+TGLP T     +I VVVDR +K AHF+  + T  A++   L    I   HG P +I SDRD R     ++ L   +G +   S+A HPQTDGQ+ER
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          Q L  +LRA A     +W  +L  +EF YN++   T+G +PFE   G    +P
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Q9UR07 Transposon Tf2-11 polyprotein

2.4e-25

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Arabidopsis top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGATTTCATTACAGGACTGCCAAGAACTCTGAGAGGTTTTACAGTGATTTGGGTTGTGGTTGACAGACTTACCAAATCAGCGCACTTCGTTCCGGGTAAATCCACCTA
CACCGCTAGTAAGTGGGCACAACTGTACATGTCTGAGATAGTGAGACTACATGGAGTGCCAGTGTCGATTGTTTCTGATAGAGATGCCCGTTTCATTTTCAAATTCTGGA
GGGGTTTGCAGACTGCTATGGGCACGAGGTTAGACTTTAGTACAGCTTTCCATCCACAGACTGATGGTCAGACTGAGCGTCTGAACCAAGTTTTAGAAGATATGTTGCGA
GCGTGTGCATTGGAATTTCCAGGTAGCTGGGACTCCCACTTGCATTTGATGGAATTTGCTTATAATAACAGTTTTCAGGCTACTATTGGCATGACACCATTTGAGGCCTT
GTACGGCAAGTGTTGTAGATCCCCTGTTTGCTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MDFITGLPRTLRGFTVIWVVVDRLTKSAHFVPGKSTYTASKWAQLYMSEIVRLHGVPVSIVSDRDARFIFKFWRGLQTAMGTRLDFSTAFHPQTDGQTERLNQVLEDMLR
ACALEFPGSWDSHLHLMEFAYNNSFQATIGMTPFEALYGKCCRSPVC

Cmc08g0224931 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome