CuGenDBv2

Gene ID	Cmc08g0226721
Organism	Cucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
Description	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
Genome location	CMiso1.1chr08:19126069..19126497
RNA-Seq Expression	Cmc08g0226721
Synteny	Cmc08g0226721
Gene Ontology terms	GO:0015074 - DNA integration (biological process) GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function) GO:0016740 - transferase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR013103 - Reverse transcriptase, RNA-dependent DNA polymerase

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KAA0050719.1 putative gag-pol polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]

1.5e-45

70.21

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KAA0067243.1 retrotransposon protein, putative, Ty1-copia sub-class [Cucumis melo var. makuwa]

2.2e-44

69.5

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TYK13826.1 putative polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]

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TYK21886.1 reverse trancriptase [Cucumis melo var. makuwa]

8.0e-47

96.94

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TYK25306.1 putative gag-pol polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]

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TrEMBL top hits

e value

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A0A5A7UB25 Putative gag-pol polyprotein

7.3e-46

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A0A5A7VGM4 Retrotransposon protein, putative, Ty1-copia sub-class

1.1e-44

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A0A5D3CTV2 Putative polyprotein

7.3e-46

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A0A5D3DE69 Reverse trancriptase

3.9e-47

96.94

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A0A5D3DNU1 Putative gag-pol polyprotein

7.3e-46

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

P04146 Copia protein

6.2e-18

36.43

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        +NT L + + N TW++ ++P N+ ++ S+W++ +K +  G +  RYKARLVA+G+TQK  +D+ E F+                        MDV T FL
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        +G L++ IYM  P+G  +    D VC L+K+IYGL Q+ R
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P10978 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94

1.1e-27

48.53

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P92520 Uncharacterized mitochondrial protein AtMg00820

5.3e-09

43.42

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        M   L +L +N+TW LV  P NQ ++  KW++K K  + G +  R KARLVAKG+ Q+EG+ F E +S ++   TI
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Q94HW2 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1

8.1e-18

39.69

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Q9ZT94 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2

9.6e-19

41.22

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT4G23160.1 cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 8

2.5e-22

40.29

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        +++   TW +   PPN++ I  KW+YKIK ++ G  + RYKARLVAKGYTQ+EG+DF E FS                        +D++  FL+G+L++
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         IYM  P GY  +  + +    VC+L KSIYGL Q+ RQ
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ATMG00820.1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

3.8e-10

43.42

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAATACATGGTTGCTCTCTTTACAAAAAAATCAGACATGGTCATTAGTTCAAAAGCCTCCTAATCAAAGACTCATTCAATCAAAGTGGATTTACAAAATCAAGGCAGA
TACAAAAGGCGACAGTAAGCCTAGGTATAAGGCTAGGTTGGTAGCCAAGGGCTACACTCAGAAGGAGGGAGTTGATTTTCATGAGATTTTCTCTCGGATGATGGATGTCA
CCACAATATTCCTTCATGGAGAATTGGAGAAGGTGATTTACATGGCTCAACCTAAGGGCTATAAGTTGAAGGGTAAGGAAGACATGGTTTGTCATCTTCACAAGTCTATC
TATGGACTGACACAATCTCCAAGACAAGTTTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

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YGLTQSPRQV

Cmc08g0226721 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome