; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc08g0227611 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc08g0227611
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationCMiso1.1chr08:20831988..20832638
RNA-Seq ExpressionCmc08g0227611
SyntenyCmc08g0227611
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7T1V5 Retrotransposon protein2.4e-9097.67Show/hide
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A0A5A7TLQ0 Retrotransposon protein4.6e-8997.09Show/hide
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A0A5A7U6C1 Retrotransposon protein5.5e-9097.67Show/hide
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A0A5A7V4C6 Retrotransposon protein3.5e-8997.09Show/hide
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A0A5A7V6J9 Retrotransposon protein1.1e-9098.26Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9M2U3 Protein ALP1-like7.5e-0435.29Show/hide
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        +PNC GA+D T+I +N+PA +        GE   +  +  V D    F+ V+AGW GS  D  +L+++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein8.8e-1629.47Show/hide
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        + +    C Q  RM    F  LC++L+    L  T  + +EE VAMFL +  H+   R +   F R+ ETV R F  VL A   L  + I+ P       
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        +P  L              GA+DGT++ V V    +  +  R    + N++ +CD K  F Y+  G  GS  D+ +L+  I++Q+  + P
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AT3G55350.1 PIF / Ping-Pong family of plant transposases5.3e-0535.29Show/hide
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        +PNC GA+D T+I +N+PA +        GE   +  +  V D    F+ V+AGW GS  D  +L+++
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AT5G28730.1 unknown protein2.8e-1431.36Show/hide
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        I+ +++ C+   RM    F  LC +L    GL S+  + ++E VA+FL + A +   R I   F  + ET+ R F+ VL A+ RL  E I+   P  +  
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        L     ++       P      G  + NVL +CD    F Y   G  GS  D+R+L  AIS      VP
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AT5G28950.1 unknown protein6.7e-1648.68Show/hide
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        +C+GA+D T+I   V     P+FR RKG+I+ N+L  C+   +F+YVL+GWEGSA DS++L DA++R  N L VP+
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AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)1.5e-2838.42Show/hide
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        C +N RMD+  F  LC LL+    L  T  + +E  +A+FL ++ H+++ R +Q  F  SGET+SRHFN VL AV+ + ++   +P  N           
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          C+G +D  +I V V   ++  FR   G +  NVL        F YVLAGWEGSA+D ++L  A++R+N LQVP+G
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AATTGTCGATGTTGAGGAAATGGTAGCAATGTTCTTGCACGTCCTCGCTCATGACGTGAAGAACCGCGTCATACAACGAGAATTTGTACGCTCCGGTGAGACAGTATCTC
GACATTTCAACATCGTATTGTTGGCTGTTCTTCGACTATACGAGGAGTTGATAAAAAGACCTGTTCCGAACTGCCTTGGCGCGTTAGACGGGACATACATAAAGGTGAAC
GTCCCCGCAGGAGATCGGCCTACTTTCAGAACGCGTAAGGGGGAAATTGCCACAAACGTTCTTGGGGTCTGTGACACGAAAGGGGATTTCGTTTATGTCCTCGCCGGTTG
GGAAGGATCTGCAGCAGACTCGCGGATCCTACGTGATGCGATTTCACGACAAAATGGACTACAAGTGCCAAAGGGTATATCATGTTTATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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