; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc08g0228101 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc08g0228101
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionReverse transcriptase
Genome locationCMiso1.1chr08:21819123..21819842
RNA-Seq ExpressionCmc08g0228101
SyntenyCmc08g0228101
Gene Ontology termsGO:0006278 - RNA-dependent DNA biosynthetic process (biological process)
GO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0006508 - proteolysis (biological process)
GO:0015074 - DNA integration (biological process)
GO:0016020 - membrane (cellular component)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
GO:0003964 - RNA-directed DNA polymerase activity (molecular function)
GO:0004190 - aspartic-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000477 - Reverse transcriptase domain
IPR043128 - Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
IPR043502 - DNA/RNA polymerase superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0026271.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-11398.59Show/hide
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KAA0047433.1 ty3-gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-11398.59Show/hide
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KAA0051051.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]3.4e-11398.12Show/hide
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KAA0053357.1 gag protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-11398.59Show/hide
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KAA0053368.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]4.4e-11398.12Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SPZ2 Pol protein5.6e-11498.59Show/hide
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A0A5A7SQU8 Reverse transcriptase2.1e-11398.12Show/hide
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A0A5A7TV57 Ty3-gypsy retrotransposon protein5.6e-11498.59Show/hide
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A0A5A7UC07 Reverse transcriptase1.6e-11398.12Show/hide
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A0A5A7UFS9 Reverse transcriptase5.6e-11498.59Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P04323 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.63.7e-4640.48Show/hide
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        V++DDI+++S +  EH + L +V + L    L  +  K EF  ++ +FLGHV++   +  +P KIEA+  +  P+   E+++FLGL GYYR+F+ NF+ I
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        A P+T+  +K
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P20825 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 2972.6e-4740Show/hide
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        R+ IDYR+LN++T+ +RYP+P +D++  +L     F+ IDL  G+HQ+ + +  + KTAF ++ GHYE++ M FGL NAPA F   MN + R  L+   +
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        V++DDI+I+S +  EH   +++V   L D  L  +  K EF  K+ +FLGH+V+   +  +P K++A+  +  P+   E+R+FLGL GYYR+F+ N++ I
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        A P+T   +K
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Q7LHG5 Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein1.7e-4340.16Show/hide
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        V++DDILI+S++  EH +HL  VL+ L++  L  K  K +F  ++  FLG+ +   +++    K  A+ D+  P TV + + FLG+  YYRRF+ N S+I
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        A P+       +Q T K    + +L +    LC     VP N K
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Q8I7P9 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon opus1.8e-4539.23Show/hide
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        R+ +D++ LN VT+ + YP+P I+     L  A  F+ +DL SG+HQ+ +K+ D+PKTAF +  G YEF+ + FGL NAPA+F  +++ + RE +     
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        V+IDDI+++S+    H ++LR+VL +L    L     K  F   QV FLG++V+   +  DP K+ A+++   P++V E++ FLG+  YYR+F+++++++
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        A PLT LTR
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Q99315 Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein2.2e-4340.16Show/hide
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        RLC+DYR LNK T+ + +PLPRID+L  ++  A +F+ +DL SGYHQ+ ++  D  KTAF +  G YE+ VM FGL NAP+ F   M   FR+    FV 
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        A P+       +Q T K    + +L      LC     VP N K
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
ATMG00860.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein1.4e-1943.27Show/hide
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        HL +VLQ    ++ YA   K  F   Q+++LG  H++S   VS DPAK+EA+  W  P   +E+R FLGL GYYRRFV+N+ +I  PLT+L +K +   T
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Query:  QLTS
        ++ +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGTCTATGCATTGACTATAGGGAGTTAAATAAGGTAACCGTTAAGAACAGATATCCCTTGCCCAGGATCGACGATCTATTTGACCAGTTGCAGGGAGCCACAGTGTT
CTCTAAGATTGATCTTCGGTCGGGATACCATCAGCTGAGGATTAAGGATGGTGATGTACCAAAGACAGCATTTCGTTCCAGGTATGGACACTACGAGTTTATTGTGATGT
CTTTTGGTTTGACGAATGCTCCGGCAGTGTTTATGGACTTGATGAACAGAGTGTTTAGGGAGTTCCTAGATACTTTTGTGATCGTGTTTATCGACGATATCTTGATATAC
TCCAAGACGGAGGCCGAACATGAGGAGCATTTACGTATAGTTTTGCAAACACTTCGGGATAATAAGTTGTATGCAAAGTTCTCGAAATGGGAGTTTTGGCTGAAGCAGGT
GTCCTTTCTGGGCCACGTGGTTTCTAAGGCTAGAGTCTCGGTGGATCCAGCTAAGATAGAGGCAGTCACCGATTGGACCCGACCTTCCACAGTCAGTGAGGTTCGTAGCT
TTCTGGGTTTAGCAGGTTATTATCGACGGTTTGTGGAGAACTTTTCTCGTATAGCTACCCCTCTTACTCAGTTGACCAGGAAGGGAGCTACCCCTCTTACTCAGTTGACC
AGTACCACTAAACTGTTATGTAGGGTACCCCTGAATAGGAAGTTAACTGTTGTTCCGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCGTCTATGCATTGACTATAGGGAGTTAAATAAGGTAACCGTTAAGAACAGATATCCCTTGCCCAGGATCGACGATCTATTTGACCAGTTGCAGGGAGCCACAGTGTT
CTCTAAGATTGATCTTCGGTCGGGATACCATCAGCTGAGGATTAAGGATGGTGATGTACCAAAGACAGCATTTCGTTCCAGGTATGGACACTACGAGTTTATTGTGATGT
CTTTTGGTTTGACGAATGCTCCGGCAGTGTTTATGGACTTGATGAACAGAGTGTTTAGGGAGTTCCTAGATACTTTTGTGATCGTGTTTATCGACGATATCTTGATATAC
TCCAAGACGGAGGCCGAACATGAGGAGCATTTACGTATAGTTTTGCAAACACTTCGGGATAATAAGTTGTATGCAAAGTTCTCGAAATGGGAGTTTTGGCTGAAGCAGGT
GTCCTTTCTGGGCCACGTGGTTTCTAAGGCTAGAGTCTCGGTGGATCCAGCTAAGATAGAGGCAGTCACCGATTGGACCCGACCTTCCACAGTCAGTGAGGTTCGTAGCT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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SKTEAEHEEHLRIVLQTLRDNKLYAKFSKWEFWLKQVSFLGHVVSKARVSVDPAKIEAVTDWTRPSTVSEVRSFLGLAGYYRRFVENFSRIATPLTQLTRKGATPLTQLT
STTKLLCRVPLNRKLTVVP