; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc09g0240031 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc09g0240031
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionReverse transcriptase
Genome locationCMiso1.1chr09:2127604..2128095
RNA-Seq ExpressionCmc09g0240031
SyntenyCmc09g0240031
Gene Ontology termsGO:0006278 - RNA-dependent DNA biosynthetic process (biological process)
GO:0006508 - proteolysis (biological process)
GO:0015074 - DNA integration (biological process)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0003964 - RNA-directed DNA polymerase activity (molecular function)
GO:0004190 - aspartic-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0008194 - UDP-glycosyltransferase activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001584 - Integrase, catalytic core
IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily
IPR036397 - Ribonuclease H superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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KAA0032541.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.8e-8190.8Show/hide
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KAA0039482.1 ty3-gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]5.5e-8398.05Show/hide
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KAA0040542.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa]1.8e-8190.8Show/hide
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KAA0063083.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.8e-8190.8Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SNR3 Reverse transcriptase3.5e-8392.02Show/hide
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A0A5A7SSL3 Reverse transcriptase8.6e-8290.8Show/hide
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A0A5A7TAT0 DNA/RNA polymerases superfamily protein8.6e-8290.8Show/hide
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A0A5A7V4U5 Pol protein8.6e-8290.8Show/hide
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A0A5D3CTI4 Ty3-gypsy retrotransposon protein2.7e-8398.05Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P0CT34 Transposon Tf2-1 polyprotein1.2e-1933.11Show/hide
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P0CT41 Transposon Tf2-12 polyprotein1.2e-1933.11Show/hide
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Q7LHG5 Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein7.4e-2240Show/hide
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Q99315 Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein2.2e-2139.31Show/hide
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Q9UR07 Transposon Tf2-11 polyprotein1.2e-1933.11Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AAGGACTTCAGCTTGCATTGAGCACGAGGTTAGATTTTAATACAGCCTTTCATCATCAGACTGATGGTCAAACAGAAAGGTTGAACCAGATTTTAGAAGATATGCTGCGA
GCTTGTGTGCTAGAGTTTTCAGGAAGTTGGGACTCTCACTTGCACTTGATGGAGTTTGCCTATAATAACAGCTACCAAGCTACCATTAGCATGGCACCTTTTGAGGCTCT
GTATGTTAGGTGTTGTAGATCTCTCGTATGTTGGGGTGAGGTTGGTGAGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGACTTCATTACAGGTTTGCCTAAGACCTTGAAGGGGTATACGGTCATTTGGGTCTTTGTCAATAGGCTCACGAAATCAGCTCACTTTATTTCTGGAAAATCCACTTA
CACTGCCAGTAAGTGGGGACAGCTATATATGACCGAGATAGTGAGACCGCATGGAGTACCTATATCCATCGTTTCTGACAGAGATGCTCGTTTCACATCAAAGTTCTGTA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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