; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc09g0241661 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc09g0241661
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionRetrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
Genome locationCMiso1.1chr09:3845171..3845755
RNA-Seq ExpressionCmc09g0241661
SyntenyCmc09g0241661
Gene Ontology termsGO:0015074 - DNA integration (biological process)
GO:0016020 - membrane (cellular component)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR043502 - DNA/RNA polymerase superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0050089.1 putative mitochondrial protein [Cucumis melo var. makuwa]2.1e-9792.78Show/hide
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KAA0057482.1 putative mitochondrial protein [Cucumis melo var. makuwa]2.1e-9793.3Show/hide
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TYK23446.1 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa]3.6e-9792.78Show/hide
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TYK26219.1 putative mitochondrial protein [Cucumis melo var. makuwa]3.6e-9793.3Show/hide
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XP_016903443.1 PREDICTED: uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like [Cucumis melo]7.3e-9893.3Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S4E5D2 uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like3.5e-9893.3Show/hide
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A0A5A7TG30 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-941.7e-9792.78Show/hide
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A0A5A7U9B9 Putative mitochondrial protein1.0e-9792.78Show/hide
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A0A5A7UNP5 Putative mitochondrial protein1.0e-9793.3Show/hide
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A0A5D3DIH5 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-941.7e-9792.78Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P04146 Copia protein7.2e-3241.57Show/hide
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        +    ++ DN+  I IA+N   H+R KHI+   HF    + +N + L+ + T  Q  DIFTK LP  RF +LR KL L
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P10978 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-945.2e-3040.34Show/hide
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         ++G+ Q+   +++CD++SAI ++ N ++H RTKHI+   H+I   +   +L +  +ST E P D+ TK +P  +F
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P92519 Uncharacterized mitochondrial protein AtMg008102.8e-2050Show/hide
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Q94HW2 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE13.1e-3542.86Show/hide
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Q9ZT94 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE21.5e-3442.47Show/hide
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        M  P   H+ A+ R+LRY+ GT  H +     ++L L  YSDADWA D  D  ST GY  YLG   ISW S KQ  V RSSTE+EYR++A+T++EL W+ 
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         LL ++G+      +++CDN  A  +  N +FH R KHI  D HFI + + S  L +  VST +Q  D  TK L    F     K+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G23160.1 cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 86.2e-3946.02Show/hide
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        AP+  H  AV++IL YIKGT+G  L +SSQ+ + L  +SDA +      RRST GYC +LG SLISW+S KQ VVS+SS E+EYRAL+  T E++WL   
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          ++ +P    TLL CDN +AI IA N +FHERTKHIE+DCH +    +    L       ++ D       P  R
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ATMG00240.1 Gag-Pol-related retrotransposon family protein3.0e-0944.83Show/hide
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        +A +T    AV ++L Y+KGT+G  L +S+ S L L  ++D+DWA  P  RRS TG+C
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ATMG00810.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein2.0e-2150Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCTCCTCAAACCATCCATTTTACTGCCGTACTACGTATCCTTCGCTATATCAAGGGGACTTTGGGGCATGAACTTCAGTTTTCTTCTCAATCCTCTCTTGTATT
ATTTGGCTATTCTGATGCAGATTGGGCTGAGGATCCCACTGATCGGCGTTCTACAACAGGCTACTGCTTCTACTTAGGCGATTCTCTCATTTCTTGGCGTAGTAATAAAC
AAAGTGTTGTCTCTCGTTCTAGTACTGAATCAGAATATCGTGCTCTTGCTGATACTACCGCTGAACTGTTATGGCTTCGTTGGCTTCTTGCTGATATGGGTGTTCCCCAG
CAGGGTTCCACTCTCCTCCATTGTGATAATCGTAGTGCCATCCAAATTGCCCACAATGATATTTTCCATGAGCGTACAAAGCACATCGAAAATGATTGTCACTTCATTTT
TCATCATCTCTTGAGTAACACACTTCTTTTGCAACCTGTCTCCACCACTGAGCAACCAGATGATATCTTCACCAAAGCCTTACCATTTACTCGCTTCAATCAATTGCGTA
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTGCTCCTCAAACCATCCATTTTACTGCCGTACTACGTATCCTTCGCTATATCAAGGGGACTTTGGGGCATGAACTTCAGTTTTCTTCTCAATCCTCTCTTGTATT
ATTTGGCTATTCTGATGCAGATTGGGCTGAGGATCCCACTGATCGGCGTTCTACAACAGGCTACTGCTTCTACTTAGGCGATTCTCTCATTTCTTGGCGTAGTAATAAAC
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CAGGGTTCCACTCTCCTCCATTGTGATAATCGTAGTGCCATCCAAATTGCCCACAATGATATTTTCCATGAGCGTACAAAGCACATCGAAAATGATTGTCACTTCATTTT
TCATCATCTCTTGAGTAACACACTTCTTTTGCAACCTGTCTCCACCACTGAGCAACCAGATGATATCTTCACCAAAGCCTTACCATTTACTCGCTTCAATCAATTGCGTA
CAAAACTCAAGCTGACAGCTACTCTATCACCTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAPQTIHFTAVLRILRYIKGTLGHELQFSSQSSLVLFGYSDADWAEDPTDRRSTTGYCFYLGDSLISWRSNKQSVVSRSSTESEYRALADTTAELLWLRWLLADMGVPQ
QGSTLLHCDNRSAIQIAHNDIFHERTKHIENDCHFIFHHLLSNTLLLQPVSTTEQPDDIFTKALPFTRFNQLRTKLKLTATLSP