; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc09g0242851 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc09g0242851
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionReverse transcriptase
Genome locationCMiso1.1chr09:5231808..5232122
RNA-Seq ExpressionCmc09g0242851
SyntenyCmc09g0242851
Gene Ontology termsGO:0006278 - RNA-dependent DNA biosynthetic process (biological process)
GO:0006508 - proteolysis (biological process)
GO:0015074 - DNA integration (biological process)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0003964 - RNA-directed DNA polymerase activity (molecular function)
GO:0004190 - aspartic-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR043128 - Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
IPR043502 - DNA/RNA polymerase superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0032146.1 ty3-gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.3e-4285.86Show/hide
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KAA0046150.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]2.3e-4284.85Show/hide
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KAA0055932.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]8.0e-4385.86Show/hide
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TYK14391.1 ty3-gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.3e-4285.86Show/hide
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TYK22181.1 ty3-gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.1e-4387.88Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SQ54 Ty3-gypsy retrotransposon protein1.1e-4285.86Show/hide
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A0A5A7TSL8 Pol protein1.1e-4284.85Show/hide
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A0A5A7UJ81 Reverse transcriptase3.9e-4385.86Show/hide
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A0A5D3CRH9 Ty3-gypsy retrotransposon protein1.1e-4285.86Show/hide
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A0A5D3DES2 Reverse transcriptase1.0e-4387.88Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P04323 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.66.6e-1635.42Show/hide
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        R+ +DYR+LN++ V + +P+P +D++  +L     F+ I+L   +HQ+ +    + +T F +++GHYE++ M FGL NA A F   MN + + LL+
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P20825 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 2971.7e-1636.46Show/hide
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P31843 RNA-directed DNA polymerase homolog9.2e-2655.56Show/hide
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        +R+C+DYR L KV +KN YP+PR+DDLF++L  AT F+K++LR  Y Q+RI   D P+TT  +RYG +EF VM FGLTNA A F +LMN V  + LD F
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Q7LHG5 Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein2.7e-1744.68Show/hide
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Q99315 Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein2.7e-1744.68Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGCCTTTGCGTTGATTACAGAGAGCTGAATAAGGTGATAGTCAAGAACCACTATCCACTACCCAGAATTGATGACTTGTTTAATCAGTTACAAGGAGCCACTATATT
CTCTAAGATTGAATTACGTTTAGACTATCACCAGTTAAGGATTAGAGACAATGATATTCCTAGAACTACTTTTCGTTCCAGATATGGGCATTACGAGTTCATTGTGATGT
CTTTTGGCTTGACCAATGCTCATGCTGTATTTATGGATCTAATGAACAGGGTGTTTAAGGATTTATTAGACACTTTTGGTCATAGTTTTTATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCGCCTTTGCGTTGATTACAGAGAGCTGAATAAGGTGATAGTCAAGAACCACTATCCACTACCCAGAATTGATGACTTGTTTAATCAGTTACAAGGAGCCACTATATT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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