; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc10g0268541 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc10g0268541
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationCMiso1.1chr10:3520177..3524487
RNA-Seq ExpressionCmc10g0268541
SyntenyCmc10g0268541
Gene Ontology termsGO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
GO:0042802 - identical protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7012825.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.8e-9396.3Show/hide
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TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]7.7e-97100Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]1.6e-97100Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]1.1e-9598.94Show/hide
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XP_023004543.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like [Cucurbita maxima]1.4e-9397.34Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ217.6e-98100Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X13.7e-97100Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X11.1e-9195.19Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like4.7e-9296.81Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like6.6e-9497.34Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ228.7e-5969.7Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ212.4e-6471.5Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A3.8e-5465.79Show/hide
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        M RVY+GNLDPRVT R+LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDDRRDA DAI+ +DGKNGWRVELS N+  G GG  R          G  + KCYE
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ212.7e-5264.55Show/hide
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        M R+Y+GNLDPRVT  +LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDD+RDA DA++ LDGKNGWRVELS NS   GG    R R       GG ++KCYE
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A8.7e-5968.23Show/hide
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        CGE GHFARECRSRGGS    GG RRS S     PR R+SP+Y   GRRS SPR +  P  R  +P  RGR+YSRSPP   AR   PYANG+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.7e-6571.5Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.7e-6571.5Show/hide
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 212.1e-6370Show/hide
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein6.2e-6068.23Show/hide
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        CGE GHFARECRSRGGS    GG RRS S     PR R+SP+Y   GRRS SPR +  P  R  +P  RGR+YSRSPP   AR   PYANG+
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 226.2e-6069.7Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACTAGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTCGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCC
TCCAGGATATGCGTTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCTTTGGATGGAAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAG
GTGGGGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGCTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAGCCTGGACATTTTGCTCGTGAA
TGCCGTTCACGTGGGGGCTCACGAGGTGTAGGAGGTGGTCTGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGTCGTCGGAGTCCAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAGGAGTAACAG
TCCTCGTGGTAAAAGATCCCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGCGGTCGTAGCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGTCATGCTCGTCGTGCTTCGCCTTATG
CTAATGGAGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTGTCACCTTCTGCAGACTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGACGGACAGTGTCGTTTTCATTTCTTATCACCGGCTGATCTCTTACAACTCTTTGTCGATTCCG
CGAGATCTTTGTCTTGGCGGTTCTTCGCTCATTCGTTACAATGACTAGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTCGAAGATGAATTTCGAA
TGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCGTTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCTTTGGATGGA
AAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAGGTGGGGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGCTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAA
ATGTTATGAATGTGGTGAGCCTGGACATTTTGCTCGTGAATGCCGTTCACGTGGGGGCTCACGAGGTGTAGGAGGTGGTCTGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGTCGTC
GGAGTCCAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAGGAGTAACAGTCCTCGTGGTAAAAGATCCCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGCGGTCGTAGCTACAGCAGA
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