; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc11g0301351 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc11g0301351
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionReverse transcriptase
Genome locationCMiso1.1chr11:21575390..21575650
RNA-Seq ExpressionCmc11g0301351
SyntenyCmc11g0301351
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR043128 - Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
IPR043502 - DNA/RNA polymerase superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
ADN34002.1 ty3-gypsy retrotransposon protein, partial [Cucumis melo subsp. melo]6.4e-3892.86Show/hide
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KAA0033475.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-3792.86Show/hide
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KAA0052348.1 putative gag-pol polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-3792.86Show/hide
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KAA0067347.1 ty3-gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-4197.67Show/hide
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TYK01903.1 putative gag-pol polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-3792.86Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SWD4 Reverse transcriptase6.9e-3892.86Show/hide
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A0A5A7UAV9 Reverse transcriptase6.9e-3892.86Show/hide
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A0A5A7VJJ3 Ty3-gypsy retrotransposon protein7.9e-4297.67Show/hide
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A0A5D3BQD5 Reverse transcriptase6.9e-3892.86Show/hide
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E5GC03 Ty3-gypsy retrotransposon protein (Fragment)3.1e-3892.86Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P0CT34 Transposon Tf2-1 polyprotein1.9e-1642.35Show/hide
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        +R+ +DY+ LNK    N YPLP I+ L  ++QG+T+F+K D +S YH +R++  D  K+AFR   G +E++VM +G++ AP  F+
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P0CT41 Transposon Tf2-12 polyprotein1.9e-1642.35Show/hide
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P31843 RNA-directed DNA polymerase homolog1.2e-2360.71Show/hide
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        +R+CIDYR L K+T+KNKYP+PR+DDLFD+L  AT F+K D RSGY Q+RI   D PK    +RYG +EF VM FGLTNA   F
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Q7LHG5 Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein5.8e-1849.4Show/hide
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        RLC+DYR LNK T+ + +PLPRID+L  ++  A +F+  D  SGYHQ+ ++  D  K AF +  G YE+ VM FGL NAP  F
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Q99315 Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein5.8e-1849.4Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGCTTATGTATTGACTACAGGGAGTTGAATAAGATAACTGTTAAGAACAAATATCCTTTGCCCAGGATCGATGATCTATTTGACCAGTTACAGGGAGCTACAGTGTT
CTCTAAGAACGACCATCGGTCAGGATATCATCAGTTAAGGATTAAGGATAGTGATGTACCGAAAATAGCCTTTCGTTCTAGATATGGGCATTATGAGTTTATTGTGATGT
CCTTCGGTTTGACGAATGCTCCAATAGTGTTTAGGGTTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCGCTTATGTATTGACTACAGGGAGTTGAATAAGATAACTGTTAAGAACAAATATCCTTTGCCCAGGATCGATGATCTATTTGACCAGTTACAGGGAGCTACAGTGTT
CTCTAAGAACGACCATCGGTCAGGATATCATCAGTTAAGGATTAAGGATAGTGATGTACCGAAAATAGCCTTTCGTTCTAGATATGGGCATTATGAGTTTATTGTGATGT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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